虽然，MAS可提高选择的有效性和遗传改进量，但MAS的效能亦受性状遗传力、选择强度、被选群体大小、遗传标记与QTL的连锁程度等因素的影响。因此，要提高MAS的效能，必须获得与QTL紧密连锁的遗传标记。可以预见，随着更多与QTL紧密连锁遗传标记的发现，MAS在实际育种工作中将会得到更多、更有效的应用。
4精子分离
目前有两种方法可分离精子：一是根据X与Y精子中DNA含量的差异，采用流式细胞装置分离；二是基于性别精子表面膜蛋白的差异，采用涂有单抗吸引能力的颗粒来达到分离目的。精子分离可使繁育体系中多产母猪，少产或不产公猪，这样不仅加快了繁殖速度，而且提高了经济效益。．
5人工授精
据生产实践，采用人工授精技术，l头公猪的与配母猪可以超过自然交配的许多倍甚至数百倍。特别是冷冻精液的长期保存和推广应用，可使精液的利用率大大提高。优秀种公猪配种能力的提高，使之优良遗传基因的遗传显著扩大。大幅度地提高了后代的生产性能，加速了猪品种的改良速度。
6体外受精
体外受精技术，是指充分利用屠宰母猪的卵巢，采集未成熟的卵母细胞使雌、雄配子在体外条件下完成成熟，获能，受精，使之体外培养成熟并经早期培养至可移植阶段。该技术可以充分利用母猪的卵子资源，使胚胎体外生产工厂化。
7胚胎移植
胚胎移植是将良种母猪的早期胚胎，或由体外受精及其他方式获得的优良胚胎移植到生理状态相同的另一母猪体内，使之继续发育成为新个体。实际上是生产胚胎的供体母猪和养育后代的受体母猪分工合作，共同繁殖后代的过程。猪的胚胎移植开始于20世纪50年代，结合细胞分割、显微注射等技术对畜牧生产产生了重要的影响，是猪育种工作的重要手段之一。
8遗传标记
遗传标记的主要目标是寻找重要经济性状(如高产仔数、瘦肉率、抗病性等)位点(QTL)或与之连锁的DNA标记，以提高选择的有效性及遗传改进量。常用的DNA标记有限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增的限制性内切酶片段长度多态性(AFLP)、卫星DNA、小卫星DNA和微卫星DNA等。
9转基因技术
在转基因猪的研究中，显微注射法是最主要的方法之一，并已得到广泛应用。大致可分为以下步骤：(1)目的基因的克隆，表达载体的构建、组装及DNA显微注射液的准备；(2)超排供体或收集卵巢进行卵细胞的体外成熟，体外受精；(3)胚胎的收集和原核的可视化；(4)DNA的显微注射及胚胎直接转移或经体外培养、整合检测，将阳性胚胎转移至同步化受体；(5)子一代繁殖、整合及表达的检测。随着转基因技术及基因治疗技术在异种器官移植中的推广与应用，使该领域的研究空前活跃，可以通过导入有利经济性状基因，提高经济效益。如提高猪的生长速度，改善饲料报酬，提高胴体瘦肉率，增强抗病力，诱发排卵等。转基因猪也可以作为人类疾病研究模型，研究探索人类遗传性疾病的机理及治疗方法。
