2.3土壤有机质含量提高，更新土壤腐殖质组成
　　施用沼肥可提高土壤中有机质含量，改善有机质组成。沼肥施入土壤后提高了真菌的活性，而真菌同化碳的能力（同化率60%～80%）显著大于细菌（同化率仅20%~40%），因而提高了有机质在土壤中的滞留量。施用沼肥还能更新土壤有机质组成，提高土壤有机质的质量。据试验，施用沼肥土壤中活性有机质提高25%，总腐殖质含量提高11.1%，有机复合度提高60.1%，病虫害减少60%以上，长期施用沼肥的红壤土，不仅有机质总量提高，其易氧化有机碳也比对照高30%~90%，而氧化稳定系数则比对照降低10%～14%，易氧化有机碳与产量呈极显著正相关。而氧化稳定系数则与产量呈极显著负相关。
　　2.4改良土壤理化性状
　　长期施用沼肥对土壤理化性状有良好影响，如增加团聚体的稳定性。沼肥施入土壤后在腐解过程中能产生羧基一类的配位体与土壤粒状表面或氢氧聚合物表面的多价金属离子相结合形成有机—无机复合体，通过其表面的有机胶膜使土粒相互结合而形成团聚体，经脱水后逐渐稳定。在沼肥参与下的土粒团聚作用，可以形成疏松多孔的水稳性团聚体。用沼肥培肥红壤土，其中0.5~2.0mm的微团聚体分别比对照增加8.5%~20.5%。
　　2.5改良被污染土壤及植保生态环境，提高农作物产量
　　施用沼肥可增加土壤腐殖质含量，土壤中的腐殖质与
　　金属离子可形成水溶性或水溶性的络合物及螯合物，从而控制金属微量元素的有效性及毒害，更重要的是秸秆、家畜人粪尿经过充分的厌氧发酵后变成了无毒、无菌、无污染的优质速效肥料，适宜的pH值有效充分地抑制了各种细菌的繁殖，还直接影响和控制了农药在土壤中的持留、降解、生物有效性、流失、挥发等。因此，作物秸秆和人畜粪便填入沼气池，通过发酵产出沼气用于生活，沼气肥施入土壤增加了有机含量及各种微量元素，防止了环境污染，提高了作物产量。据生态点证明：小麦施沼肥22.5t/hm2，病虫害减少60%，小麦增产1 500kg/hm2，玉米增产904.5kg/hm2。
　　
　　3沼肥发展的前景
　　
　　3.1通过沼肥、有机肥与无机肥相结合，增强植保观念
　　沼肥虽然具有养分齐全、稳肥性好、后效长等优点，但养分浓度低、肥效慢，单独施用不能满足作物迅速生长和当季作物夺高产的需要。而化肥虽具有养分浓度高、肥效快的优点，但稳定性差，易流失，难于满足作物持续需肥的特点。有机肥和无机肥配合施用则可以相互取长补短，在以低品位有机肥为主的地方，施用有机肥的目的应以培肥地力为主，以化肥促当季高产。应大力发展养分较高的沼气肥，使沼肥能部分代替化肥及农药施用，降低生产成本，达到农业高产稳产，优质低耗的目的。
　　3.2开辟沼气肥源，培肥地力，增强植保，提高经济效益
　　农村种植业中生产的秸秆、绿肥等有机物质，虽然可以经堆沤处理直接还田，但效益较低、病菌严重，还浪费了大量宝贵有机肥料使环境恶化。通过沼气厌氧发酵，既解决了生活用能，又增加大量有机质肥源，施入土壤形成良性循环，从而大幅度提高了经济效益。
　　3.3发展沼气有利于自然生态平衡
　　发展沼肥，实际上是在有机物被微生物分解这一环节上加以控制，既获得了能源物质，又防止了养分流失，农作物秸秆和有机废物可在生态系统中的物质和能量循环过程中多层次地加以利用。从这个意义上讲，发展沼气可保护自然生态平衡。