2对生态系统（包括环境）的影响
　　生态系统是各种动物、植物与环境的一种动态平衡系统，而转基因食品是人为对特定物种进行干预，改变其性状，因而也改变了该物种在食物链和生态系统中的位置，引起一系列不可预料和复杂的变化。
　　2.1转基因技术本身的不足
　　虽然基因技术发展可以将DNA进行切割，将一异源基因引入另一生物，但不能完全准确地预见作用后产生的新的蛋白质的性状是否完全吻合我们的要求。
　　2.2物种多样性的破坏
　　基因技术加上商业营销将使某类作物如超级水稻为某一公司垄断供应种子，使原来多个品种减少为同一基因的单一品种，当真菌、病毒、虫害侵袭这种植物时，会发生严重的产量减产，也引起生态平衡的变化。
　　2.3基因的污染
　　转基因技术可能使某些基因流入自然界，引起难以预料的影响；基因化的生物、细菌、病毒等进入环境，保存或恢复是不可能的，其较化学或核污染严重，危害是不可逆转的。
　　2.4引进自然界不存在的新物种
　　转基因技术可能使自然界不存在的新物种出现，如超级杂草、超级昆虫等，可能对地壤、野生近缘种、普通作物、相邻的植物及环境造成破坏。
　　2.5环保的影响
　　有资料证明，基因化的农作物对除草剂具有抵抗力，实际耐用药量高于正常的3倍，农民知道其对除草剂有抵抗力，会直接或不直接地提高除草剂等化学药物的使用量。
　　2.6生态系统的破坏
　　转基因技术使某种物种的性状改变，如A昆虫以B植物为食物，我们认为改变B植物为转基因抗虫植物，提高了B植物产量，但A昆虫因缺乏食物使虫的密度大幅下降，引起以A昆虫为食物的天敌C生物的生存危机，进而引起整个生态平衡的破坏，将来可能暴发某种虫害大面积流行等。
　　
　　3对转基因风险的预防
　　3.1严格控制境外转基因食品进入
　　对国外转基因食品进入我国必须严格按照相关程序审批，可以在WTO框架下采取必要的技术、措施进行限制，这方面检验检疫系统应有较大作为空间。
　　3.2加强国内市场控制
　　虽然我国农业部已发布一系列对转基因食品的管理措施，但是我国国内市场的管理是较为混乱，如转基因水稻还未批准上市，但有众多报道转基因水稻已流入市场。因此，必须完善这方面的法规，严格执法，重罚甚至采用刑法严惩不法商人，当然这也依赖于整体执法环境的改善。
　　3.3加强转基因生物的检测技术研究
　　目前国内有众多机构对转基因生物的检测技术进行研究，但食物加工从原料到成品经过多个加工环节，要严格区分转基因成分存在较大困难，可采用以下检测方法：①检测转基因成分所独有的DNA序列。采用人工检测或仪器检测对碱基对进行测定，可精确确定转基因成分。②采用PCR技术进行检测。《国门时报》曾报道，检验检疫科学院采用“亲合吸附-PCE Hyb-ELISA”检测方法，能特异的检测35S启动子和Nos终止子核酸系列，这2种核酸系列存在目前已知的绝大部分转基因成分中。③基因ID法进行检测。由John B. Fugan于2000年提出的新方法，或采用异酸胍盐抽提法以避免DNA的降解和污染。④农作物身份识别系统。美国ADM公司称他们建立了一套农作物身份识别系统，可以保证向国外供应农产品时，不含转基因作物。
　　3.4加强对转基因作物投入商业应用的安全性评价
　　在关系到生命安全的事情上，必须慎之又慎。加强审批程序，要求特定品种转基因作物上市前必须做好必要的科学研究，提供相关材料，进行必要的安全性评价、风险评估。