虽然针对CSCs已有大量的动物实验研究，但目前的结果并不能满足临床的需要，还有很多问题有待解决：CSCs是否受到疾病状态的影响?CSCs在不同分化阶段是同一细胞类型吗?CSCs的移植方式和最佳时机的选择?CSCs自身的稳态平衡及动态变化是如何调控的?如何使用有效的方法获得足够数量的高纯度CSCs?如何提高CSCs移植后的存活率、增殖能力及分化率?如何最有效地追踪CSCs移植后的命运?目前对于CSCs治疗缺血性心肌病的机制存在争议，更多证据倾向于旁分泌机制，但具体的信号通路及作用机制有待进一步探讨和完善。虽然有大量的动物实验证明自体CSCs移植具有广阔的临床应用前景，但开展的临床试验仍较少且观测时间不够长，缺少大样本量的临床试验，这些都需要更进一步的研究和论证。