但联网审计，包括其试点活动都在近三年内才开始启动，联网审计无论在理论和实践中都存在很多问题，尤其是一些法律、技术、规范等多方面的难题。

　　(1)法律盲区是联网审计的主要障碍之一。比如，按照现有审计法规，审计机关能否具有与被审计单位联网取得数据的权力，有没有随时获取被审计单位数据并进行审计的权力，在发现问题后有没有及时通知被审计单位的权力，被审计单位有没有相对应的义务等。

　　(2)信息系统审计技术急需跟进。在开展联网审计前，应首先对被审计单位的信息系统进行审计；要探索适用范围更广的公网传输机制；要研究数据库技术、联机分析技术、数据挖掘技术等在联网审计中的应用；要通过与重点行业、重点领域的联网，建立审计数据中心，为审计业务提供支持。

　　3．4运用信息技术支撑审计管理的科学化

　　通过审计项目管理系统，审计人员可获得自己所需要的项目信息或上报自己的审计情况；审计组长可对审计人员的审计工作进行指导、监督和协调，并掌握审计进度情况；专职复核人员和业务部门负责人可对审计项目进行监督复核；本级审计机关领导对审计项目进行查询、指导和监督。

　　3．5尽快弥补我国注册会计师的知识结构缺陷

　　如注册会计师考试仅包括会计、审计、税法、经济法、成本与财务管理五部分，没有信息技术知识的要求，会是一个知识结构缺陷。此外，受观念落后的制约，我国目前计算机审计最多停留在计算机辅助审计与会计信息系统审计层面上，对非财务信息系统几乎没有关注。

　　3．6尽快成立我国信息系统审计自律组织——Is审计专业委员会着手研究制定我国Is审计执业规范体系，做好Is审计的推动与管理工作，并由委员会组织培训和执业资格考试，培养一批Is审计师，培育一批可以进行Is审计的事务所。