直线职能制组织结构的缺点：随着集团公司规模的扩大，集团总部的行政职能负担加大，进而降低工作效率，甚至造成管理失控，增加管理成本；集团总部可能会被日常事务所纠缠，而无暇顾及考虑企业战略发展规划，影响集团总体的长远发展；由于信息不对称的存在，集团总部未必全面了解子公司或三级公司的具体状况，这就给决策的准确性打了折扣，有时甚至出现“失之毫厘，谬以千里”的失误。
　　（二）控股制
　　控股制集团公司组织结构是集团公司总部下设若干子公司，作为母公司，通过股权或者章程协议对子公司进行管理。它的基本特征是：母公司对子公司的控制只能通过股权或章程协议进行，或者通过子公司的董事会和出售公司股份资产来对子公司进行控制，而并不对子公司的日常经营事务进行干预，母公司对子公司承担的是有限责任。在这种情况下，集团公司对子公司和三级公司的监督和控制与直线职能制组织结构相比较为间接，相对来说子公司的自主权较大。控股制组织结构的缺点是：第一，过度分权增加了整个集团生产经营过程中的不协调性，影响规模经济效益的发挥，导致内部资源的重复浪费，造成集团整体实力及市场竞争力下降；第二，各子公司在具体的行为过程中，很有可能追求各自的财务目标，从而影响集团公司总体目标的实现，造成整个集团目标不易协调；第三，由于各子公司有较大自主权，集团公司的权利受到一定影响，对不同单位之间的资源调动将受到各子公司自主权的制约，不利于资源的优化配置。
　　（三）事业部制
　　事业部制把市场机制引入集团内部，按照产品、部门、地区和顾客划分为若干事业部，每个事业部都是实现集团总体目标的基本经营单位，实行独立核算、自负盈亏。在这种模式下，公司总部设立职能机构，负责对事业部进行授权，在事业部之间配置经营资源，同意决策各事业部的发展规划，制定利润指标和进行资金调度等，同时检测和评价各事业部的经营活动和经营业绩，实行集团公司集中领导下的分散经营组织结构模式。其最突出的特点就是“集中决策，分散经营”，即集团总部集中决策，事业部独立经营，这是在组织领导方式上由集权制向分权制转化的一种改革。事业部制组织结构的缺点是：第一，各事业部的独立性决定了其可能存在有悖于集团总部的利益追求，造成各自为政，目标不一致的结果；第二，事业部的设置增加了集团公司和子公司之间的管理梯度，从而导致信息不对称情况的加重，造成管理成本增加；第三，有时会造成集团公司对事业部授权程度难以把握，容易造成极端化，要么过于集权，影响下属公司积极性的调动，要么过于分权，影响集团公司整体利益的实现。
　　
　　三、集团公司财务控制对策
　　（一）预算控制
　　预算是集团公司发挥财务控制职能的有效手段。预算的制定以实现财务管理的目标为前提，根据企业的发展战略规划生产经营活动，并通过计划的形式，具体系统地反映出企业为达到经营目标所拥有的经济资源的配置情况。集团公司根据子公司的组织结构、经营规模以及公司成本控制的特性进行预算控制。
　　（二）制度控制
　　企业集团通过统一制定财务会计制度，来规范成员企业的财务行为；统一财务处理方法和程序，以实现对成员企业财务活动的有效控制。集团公司的财务制度包括：集团内部的财务管理体制制度、资本金管理制度、资产管理制度、成本费用管理制度、收入利润管理制度、财务报告与评价制度。
　　（三）资金控制
　　在资金控制方面，采用结算中心这种方式作为以负责所有机构财务管理、资金结算与调配。通过财务结算中心的运作，企业集团可以做到有效调节资金流向，合理控制集团资金的使用，协调集团内各成员企业的资金分配，盘活集团资金，防止资金闲置，解决企业集团在资金使用上的平均主义问题，提高资金使用效率。同时，集团可以有力地加强对各成员企业资金的监管，减少资金的风险。