2.2 系统的等级层次性和层次关系与层次演化规律
系统既然由于其结构对元素的约束而产生突现性质，从而构成了这个系统的个体或实体。而这些系统个体之间，依同样的逻辑，相互联系，组成结构，出现高层次的突现性质，如此类推，系统形成了多层次的复杂系统。系统哲学家们证明，在宇宙的演化过程中形成多层次系统比形成单层次系统的概率大得多，自然选择、自然淘汰的机制使宇宙具有层次结构，发展就是由低层次向高层次、由简单层次向复杂层次的发展，不同层次有不同的实体、不同突现性质、不同支配规律和不同的语言描述，单层次的本体论和认识论 都是不可能的。还原论必须由突现论和扩展论来加以补充。系统的层次关系规律和层次演化规律，解释了宇宙为什么有以及怎样实现由低级向高级、由简单向复杂的前进上升运动，比起否定之否定规律的解释更有科学性和更有说服力。其实“肯定”、“否定”这些概念用来描述思维运动或精神运动是合适的。假设自然界任何一个事件都有“肯定”与“否定”，从现代逻辑观点看，就是犯了混淆范畴类型的错误，与说“曹操是个质数”所犯的逻辑语法错误相同。而经典辩证法哲学家们对黑格尔讨论绝对精神运动的“肯定”、“否定”或“否定之否定”等概念的重新定义，均不成功。
2.3 系统的适应性自稳定的性质与规律
一般说来，系统不是与环境无关的。如果它与周围环境不断发生物质、能量、信息的交换，则它就是一个开放系统。开放系统具有这样的特征，它在与环境进行物质、能量、信息交换中通过自我调节即自动控制、自我维持，能保持自己在环境中的稳定性和亚稳定性，这叫做系统的适应性自稳定。系统的适应性自稳定性规律指明，系统的基本的变量和状态有一个具有上限或下限的阈值，当外部环境的干扰和内部随机的变化不超过这个阈值时，系统整体总是能够组织自己的“流”来缓和和抵消这种干扰，使其恢复其恒稳状态而与环境相适应。这是任何事物、任何系统都具有的负反馈机制。系统的适应性自稳定规律，包含了并大大发展了经典辩证法中“度量关系的关节线”的概念。
2.4 系统的适应性自组织的性质与规律
当外部环境和内部因素的干扰和变化超过上述所说的稳定域时，系统会走向瓦解，但系统在一定条件下，特别是在远离平衡态和输入负熵的条件下，系统能够通过分叉和突变，通过系统元素之间的非线性相互作用，系统元素之间能自动、自发协同动作，重新组织自己的实体、过程和力，形成新的有序结构，形成描述新的整体特征的序参量，从旧的稳态进展到更能对抗环境的干扰和适应内部变化的新的稳态，由此而决定系统在自然选择下由低级到高级、由简单到复杂，向着更加有序和更多层次的方向演化发展。系统自组织的规律给出了这种演化发展的条件、特征与机制的分析，这是经典辩证法的对立统一规律的泛泛而论所不能加以说明的。于是系统的自组织规律便代替了对立统一规律而成为系统辩证法的核心。
2.5 差异协同律
乌杰教授在他1998年发表于《实践》杂志第20期、21期的论文《系统辩证论》中，将系统的自组织机制从自组织的条件与特征中抽离出来作为基本的系统思想和基本系统规律。它说明，系统的所有元素之间（不仅是对立的元素之间，不仅是“成双”、“成对”的元素之间）的非线性协同作用（不仅是一般的又统一又斗争的作用）是系统存在与发展的机制或“动力”。这里说的差异协同性包括了竞争协同与非竞争协同、对立协同与非对立协同、二元协同与非二元的多元协同。我猜测乌杰教授的这个概念还想要说明在系统的形成、存在和发展中，协同的作用比之竞争更有根本的和决定性的意义。可见差异协同和系统自组织规律包含了并大大发展了系统辩证法的一分为二的对立统一规律，把这个带有一阴一阳、一正一反的古代思维色彩的规律推向一个现代形态的表述，而“一分为二”或对立统一不过是差异协同或“合多为一”、“一分为多”的简化模式。
系统辩证法是关于实在与过程、存在与演化的普遍规律的现代学说。整体突现律和等级层次律说明存在与演化的形式与方向，差异协同与系统自组织规律说明存在与演化的机制与“动力”（如果可以用动力这个词的话）。而系统适应性自稳律说明从存在到演化的关节点。这样看来，它怎能不是辩证法的一种新的形态呢？
3 系统主义的哲学理论体系
哲学有三个基本的领域，这就是本体论、认识论和价值学说。辩证法、认识论和逻辑的统一，其实是本体论、认识论、逻辑三个独立哲学学科的统一，即学科之间的相互交叉和相互渗透。本体论、认识论和价值学说都应作为三个不同的基础哲学学科来分别加以研究。这样上面所说的系统辩证法的基本观点和方法，当运用到这三个基础哲学学科时，就为我们开阔出新的视野和新的境界，由此可以建立起系统主义的哲学理论体系。
3.1 本体论哲学。任何本体论哲学基本上都应由两个部分所组成：一个部分叫存在论，讨论being；另一个部分叫生成论或过程论，讨论becoming或process。由于引进了系统思想和系统辩证观，在讨论存在或实在问题时，我们再也不能将“实体”范畴看作是绝对不变的质料或纯粹无差别的实体，实体不过指的是能独立存在、自我支持而不需要别的载体来支持的自立体，不过是个别特殊的具体系统。我们自然应看到实体是基础的东西，是完全意义的存在；属性、关系与过程则是刻划实体的第二位的、不完全意义的存在；在此建立我们的系统唯物论观点。不过用系统的视野去看存在，“实体是关系与过程的载体”只是问题的一个方面。问题的另一个方面是关系与过程又决定了实 体的本质结构，相互作用乃实体运行的机制，我们完全可以说，“实体是关系的纽结，是过程的一个结构和过程的持续性的表现”。这样，存在或终极实在就被看成是实体—关系—过程三位一体的东西，从而将实体实在论、过程实在论和关系实在论三个学派的学说统一整合起来。至于生成论或过程论，系统主义的本体论深入分析过程的机制，就将“相互作用”划分为四种相互作用：因果决定性的相互作用，随机性的非决定性的相互作用，体现在系统适应性自稳和适应性自组织的广义目的性相互作用，以及将这三者统一起来的协同性相互作用。于是普利高津的结构—功能—涨落机理图，就哲学地化为因果—随机—目的协同作用机理图。
3.2 在价值学说方面，本体论最后一个范畴“目的性”，就是价值论最初的一个范畴。由于自组织系统已经有了明显的目的性，于是就有了价值的萌芽。“目的状态”、“目的环”、“目的点”本身是系统内在价值之所在，而达到目的的手段（条件、事物、行为）就具有了系统的工具价值的意义。生命系统不但有目的，而且这目的发展为“自我”即“自己为了自己的存在”。生存与繁殖就是它的目的价值，而一切有助于维
