从理学到医学的这种影响，是直接通过朱熹的再传弟子朱丹溪实现的，许谦为朱熹四传弟子，丹溪在许谦门下，得闻“理气”、“太极”、“心性”之说，极大程度上影响到了日后丹溪学术观点的形成。在丹溪医学中，处处皆可见到理学思想痕迹的存在。朱丹溪著作《格致余论》，借以阐发其“相火论”与“阳有余阴不足论”的重大观点，同时表明自己理学正传之身，而朱丹溪同时又承河间学派的正传(刘河间传荆山浮屠，荆山传罗知悌，罗授朱丹溪)，终成一家之言。

　　宋代的统治者，为了加强他们的封建统治，除了在政治上实行高度的中央集权，在思想上提倡“理学”以外，对医学事业和医疗设施也特别的重视。官方大规模校勘整理并刊行医学典籍，为广大学医者提供了良好的教本。兴办医学校，其考试内容就是经典医书中涉及的理论知识。宋代的文官统治者和儒士们对医学的重视，使医学地位得到了提高。北宋时医理探讨风气日益浓烈，出现了《本草衍义》、《圣济经》等医药理论内容较多的著作。“儒医”对医理探讨起了积极的作用。

　　正是由于上述多种历史原因，促进了此后金元的医学争鸣和医学流派的出现。宋代朝廷在公元1126年被迫南迁，北宋时的文化中心处于金国的统治之下。由于北宋时医学理论探讨已经深入人心，因此在金朝所辖地区的一批民间医生，为解决当时战乱环境出现的医学新问题，开始了新学说的探讨，出现了医学流派之间的理论争鸣。北宋时对《伤寒论》的研究比较多，而伤寒派医家遇外感热病多从伤寒考虑，好用温热药；同时由于对外贸易的发达，外来的香料药也为当时的许多医家所好，《和剂局方》的许多成药，即多香燥之晶。鉴于当时某些医生好补成风、滥用香燥，张子和倡“病由邪生，攻邪已病”，他的攻邪思想落实在发展和丰富了汗、吐、下三种治疗大法上，故创“攻邪派”。金元医家的争鸣，揭开了此后各种医学流派蜂起的序幕。

　　元朝将程朱学说奉为官学，明代正式确立理学的至尊地位。清代帝王继续提倡理学，程朱理学是清代科考的依据，但清代理学已无学理上的进展。明清时期，顾炎武、胡渭、阎若璩等学者，信捷职称论文写作发表网，倾向于客观考察，弃理学教条，转入朴学一途。他们恢复汉学传统，注重对经书和其他历史典籍的考据工作，开展古籍整理和语言文字研究，由校勘而纠正古书传钞刊刻的伪谬，罗辑旧书以免名著失佚等。清代文化一反明代学风的空疏，走向实学，无证不信，注重考据。因而清代学术的主潮不是理学，而是朴学(考据学)。如对《伤寒论》的研究、考据，开启了伤寒学术争鸣之端。宋金以前伤寒诸家，是从研究伤寒病人手，侧重于如何各擅其长，提高疗效，而无争鸣。自明代方有执倡言错简，实施重订，至清代诸家各张其说，由争鸣而渐次形成伤寒内部不同的学术流派，即错简重订派、维护旧论派和辨证论治派。

　　明清两代在中国文化史上的一个重大贡献，便是官方调动巨大人力物力，对几千年浩如烟海的典籍文物进行收集、钩沉、订正、考辨和编纂。明清两代，尤其是清代，在整理古藉方面所做的工作是空前的。在很大程度上促进了中医学术的发展，促进了学术流派的繁荣发展。

　　历史表明，中国古代的文化意识形态启迪和推动了中医药学的发展，对学术流派的形成有着举足轻重的作用。