(3)产出的异质性。医疗卫生服务是对不同的病人进行的专项服务，因而其产出是非常异质的。例如，居民所患疾病的类型各不相同，即使几个病人患同一一类型的疾病，由于所处自然环境、饮食结构、体育锻炼等冈素造成的身体素质的差异和其他条件的影响，医疗机构对这几个病人提供的治疗服务也不完全相同。为解决这一问题，详尽的分类是一种必不可少的手段，如医院的治疗服务通常可分为住院治疗和门诊治疗两大类，每一类又可按各种疾病的类型进行更细的分类，等等。此外，社区服务、志愿者以及家庭护理等其他类型的医疗卫生服务也是产出异质性的一个重要来源，并随着这些活动的日趋增长而渐趋重要。正如前述，产出的异质性增强往往需要更为详细的分类，搜集更加全面的差异信息，而过细的分类和大量的数据搜集工作又会增加核算的工作难度和工作量，不利于基层核算工作的开展实施。当然，由于医疗技术水平的提高和医药行业的快速发展以及许多诊断服务资本密集型的性质，使医疗卫生服务的质量迅速提高，其变化非常巨大。这种变化对医疗卫生服务的产出核算产生了深远的影响。例如，一些手术由于从“开刀”转向使用“激光疗法”，因而原来需要住院几天的一些手术经改进后，现在仅需在医院呆几个小时，并且这几个小时还是为了保证病人不会受到任何来自手术的不良影响的继续观察时间，可这并不意味着该病人给医疗卫生部门带来的产出比过去那些必须住院几天的病人少。事实正好相反，现在病人比过去康复更快，并发症也更少。考虑了这些质量变化后，医疗卫生部门的产出应该是大大增加了，但如果用住院时间或治疗时间测算结果却正好相反，这表明目前并无较好的产出测算方式。

(4)产出低估。由于我国的经济发展还处于相对较低的水平，医疗保险的水平低，个人的承受能力十分有限，医院的医疗服务价格不可能完全按照医疗项目的实际成本去定价，因而导致价格水平偏低，而偏低的价格必然导致产出低估。此外，岳希明、张曙光(2002)也指出，由于过去长期采用物质产品平衡表体系，使我国服务业的统计基础非常薄弱，而服务业单位量大且面广，新兴服务业大量出现，因此导致漏统的现象十分严重。例如，在我国医疗卫生服务中有很多零星的和个人提供的医疗卫生服务(如私人看护等)，由于对其没有系统和完整的统计，因此常规统计难以准确核算，造成核算数据偏低。