在国际投资协定谈判中，所面临的挑战也与贸易谈判基本一致：在使用非歧视原则的利益和保留适当灵活性，以支持国内投资者和生产者并实现在其他特定国内政策目标之间寻求一种可行的平衡。
一、最惠国待遇和国民待遇
最惠国待遇和国民待遇是国际投资协定中应用非歧视原则最常用的两个标准。最惠国待遇包括两个方面：
一是缔约一方的国民或公司在缔约另一方领土内的投资所享受的待遇，不低于任何第三国国民或公司的投资所享受的待遇；
二是缔约一方的国民或公司在缔约另一方领土内与投资有关的活动所享受的待遇，不低于任何第三国国民或公司与投资有关的活动所享受的待遇。
从协定内容看，最惠国待遇的适用范围主要有三方面：
第一是投资所享受的待遇，主要是指投资准入的条件、投资财产、投资的范围、类型、内容等；
第二是与投资有关的活动所享受的待遇，主要指投资者在缔约国的各种经营活动；
第三是由于战争、革命造成损失的补偿。
国际法上的国民待遇是指给予外国人的待遇和给予本国人的待遇一样，即在同样条件下，本国人与外国人所享有的权利和承担的义务相同。在双边投资保护协定中，国民待遇条款往往与最惠国待遇条款并用。一般规定，给予缔约另一方投资者的待遇不低于其本国国民或其境内第三国国民的待遇。
在国际投资协定中，有关履行最惠国待遇和国民待遇义务也存在例外，如通过列举例外清单方式，为东道国的发展目标和区域一体化协定提供政策灵活性，并在公共利益方面实施管制等。
在国际投资协定中，外国投资在东道国的投资准入和建立与贸易协定中的货物和服务进入国内市场流通的市场准入不同，最惠国待遇和国民待遇标准比贸易协定中的待遇标准更为复杂。
在外国投资的准入方面，使用非歧视原则就是一个非常敏感的问题。即使是非歧视原则仅局限于开业后阶段，全面履行国民待遇义务也会限制东道国通过适当的法律、法规差别而保护国内投资者对外竞争的能力。并且，外国投资者在东道国的活动多种多样，仅在开业后阶段就包括一项投资的运作、管理、维持、使用、享受以及处分投资者的投资。因此，投资协定中的非歧视原则下的政策措施，特别是国民待遇义务的使用范围非常宽泛。
在这两个标准中，最惠国待遇不像国民待遇那样，对东道国保护和支持的国内产业造成直接冲击，因而一般争议较少。对东道国政府来说，最重要的是区别对待本国投资和外国投资，而不是区别对待不同国籍的外国投资。
尽管如此，东道国还是希望能够根据其促进本国投资的政策，有选择地控制外国投资进入的类型及其进入的条件。比如，东道国可对每一个投资项目采用审批政策，以选择其认为与国内产业政策相容的外国投资。东道国还能在特定的外国投资者在当地开业并已开始生产后继续向他们提供投资激励或其他利益，而不向其他外国投资者提供。在这种情况下，东道国在投资开业前或开业后阶段就不愿提供全面的最惠国待遇。
对许多东道国来说，在外国投资进入阶段是否适用国民待遇是一个特别敏感的问题。联合国贸发会议（UNCTAD）的研究表明，几乎所有的国际投资协定中的国民待遇，仅与开业后的投资待遇有关。但最近的一些国际投资协定，特别是加拿大和美国的双边投资保护协定以及诸如北美自由贸易协定（NAFTA）等区域投资协定，将国民待遇扩展到投资开业前阶段，这对许多国家来说是一种“革命”。
全面适用国民待遇，将使外国投资者和本国投资者处于完全平等的地位，这在很大程度上消除了东道国拥有的支持和保护国内投资者的措施。例如，在投资开业前阶段，适用完全的国民待遇，东道国就不能为本国投资者保留特定的产业或部门，不能对外国投资附加未对本国投资施加的特定条件。在开业后阶段，适用完全的国民待遇，东道国不能只向本国投资提供补贴或其他利益，不能在环境或就业等领域对外国投资实行比本国投资更严格的管制。因此，为使东道国在投资问题上保留适当程度自主权而给国民待遇原则附加的例外和条件是非常重要的。
在诸多国际投资协定中，实行非歧视原则通常的情况是一些协定给予全面而严格的国民待遇，而另一些协定则较为松散和狭窄。在非歧视原则的全面表述中，国际投资协定要求东道国根据可行的法律法规，在同等条件下，在所涉及的投资的开业、收购（开业前待遇），以及运作、管理、维持、使用、享受及处分投资者的投资（开业后待遇）方面给予所有外国投资者（最惠国待遇）不低于本国投资者（国民待遇）的优惠待遇。
目前，很少有国际投资协定达到这种高水平。大多数国际投资协定只涉及开业后待遇，其关注的是投资保护而不是市场准入。而且大多数协定包含限制非歧视原则适用范围的例外，特别是对国民待遇义务，在某些情况下限制相当严格。
1、“开业前”和“开业后”待遇
大多数国际投资协定在实行最惠国待遇和国民待遇时，在投资“开业前”和“开业后”阶段存在重要差别。
在处理外国投资的开业前（准入和开业）待遇方面，国际投资协定采用两种主要方法：
第一种方法是外国投资的准入要遵循东道国的法律法规，在许多情况下还要求各方应为其他方的投资者在其领域内的投资创造有利条件。这是大多数双边投资条约中采用的规则。如各缔约方应促进其他缔约方投资者的投资，并根据其法律法规准许这些投资的进入。各缔约方应给予这些投资公平和公正待遇，不应通过不合理或歧视性措施损害这些投资的运作、管理、维持、使用、享受及处分投资者的投资。
这些协定并不限制任何一方管制或限制外国投资进入的能力，而且最惠国待遇和国民待遇并不适用于投资开业前阶段。但是，一般来讲，这些协定会在投资进入东道国后的“开业后”阶段，对外国投资适用最惠国待遇和国民待遇。
将最惠国待遇和国民待遇的实行限制在投资开业后阶段可以通过多种方式加以实施。通常的方式是，国际投资协定中明确规定最惠国待遇和国民待遇义务仅适用于已经进入东道国和已在东道国开业的投资。典型的例子是：一缔约方应给予在其领域内的其他缔约方的投资者的投资不低于给予其本国投资者或任何第三国投资者投资的优惠待遇中最优惠的待遇。
对待外国投资准入和开业的第二种方式是，在投资开业前和开业后阶段只适用最惠国待遇，或最惠国待遇和国民待遇同时适用。大多数美国的双边投资协定和最近加拿大的双边投资协定，以及一些包含投资条款的区域一体化协定，如NAFTA和南方共同市场（MERCOSUR），在投资开业前阶段适用了最惠国待遇和国民待遇。当然，在所有情况下，最惠国待遇和国民待遇的利益只涉及协定缔约方的投资者和投资，而不涉及第三国。
从目前来看，尽管这种方法在国际投资协定的适用还不具有普遍性，但UNCTAD注意到，近来在投资开业阶段适用最惠国待遇已经越来越广泛，这种情况表明，市场准入阶段的非歧视待遇对那些希望吸引更多外国直接投资的东道国来讲，日益成为一个重要问题。
国际投资协定中，投资开业前和开业后阶段最惠国待遇和国民待遇的适用通常是列出满足该义务适用的活动范围内的准入和开业。例如，美国双边投资协定范本
