第二，评估方法和程序。从资产清查程序来看，评估机构在有限的时问内，不可能对目标企业进行彻底的清查，往往只能采取抽样的方法，这会导致部分资产实际状况与账面价值不等，再加上评估方法，评估参数和标准不同，也会引起评估结果存在一定的误差。同时，由于我国资产评估业还处于初始发展阶段，在评估的技术和手段上尚不成熟，导致这种误差更加明显。此外，资产评估机构也有可能在多方干预或自身利益驱使下，出具虚假不实的评估报告。
　　第三，行政影响。有时企业并购行为是在政府的干预下进行的，带有浓厚的行政色彩。
　　(2)融资机制和融资市场不发达
　　企业自有资金规模小，难以满足并购巨额资金需求。所以自有资金不是我国企业并购融资的主要方式，大部分并购所需资金是通过外部融资获得。而外部融资要有一定的融资机制和融资市场作基础。
　　纵观西方国家的并购历程不难发现。企业并购活动的蓬勃发展离不开高速发展的融资机制和融资市场的支持。假设没有垃圾债券的大行其道，难以想像会出现上外世纪8O年代美国并购狂潮。多方筹集资金。以杠杆的方式实现“蛇吞象”，是许多国外中小企业经常采用的并购模式，方便高效的融资手段促成了低廉的融资成本，这正是西方国家并购高速繁荣的重要原因所在。
　　与之形成鲜明对比的是。国内企业融资渠道狭窄，门槛高，筹措资金的方式还是以银行贷款为主，能够通过发行股票，债券融资的企业相对庞大的企业总数来说可谓是凤毛麟角。除此之外，国家对企业外部融资的用途也有着非常严格的规定，一般不允许用于并购。所有这些都加重了企业融资成本负担。
　　(3)高昂的制度成本
　　我国企业面临的并购成本之所以居高不下还有一个独特而重要的原因，那就是高昂的制度成本，集中表现在以下三个方面：
　　第一，相关的法律法规建设不健全。目前，我国还没有一部针对企业并购的核心法律出台，相关的法律法规比较分散，并且效力有限，加之变动比较频繁，往往使企业无所适从，法律法规的缺位使企业并购得不到有保护，同时，易导致不规范行为发生。
　　第二，企业身份歧视。在对待不同性质的企业并购主体方面，国家并未做到真正的一视同仁，而是过多地偏向公有制企业，对它们扶持的力度明显超出对其他企业。这样的制度歧视对非公有制企业影响很大，而在总体上则间接增加了全社会企业的并购成本。
　　第三，资本市场存在诸多缺陷。我国资本市场设计不合理，发育不完善是造成企业并购难以大的瓶颈。以股票市场为例，现在我国股票市场在功能方面实际上是残缺的，除了融资之外，另一个重要的企业价值发现功能还远未能体现出来。

　　2．管理成本上升
　　我国企业并购导致管理费用上升的主要原因表现在以下三个方面：
　　(1)规模不经济。规模经济本质上是一种适应性生产经营规模带来的效率与效益。因此，规模不经济则体现为随着企业生产能力扩大而形成的单位成本提高，收益递减的现象。并购使企业规模增大，而管理费用则随着管理幅度及其层次的增加而增加，由此可见，企业规模不是越小越好，同样也不是越大越好。
　　(2)信息不完全，不对称。企业并购所面临的根本问题之一是如何有效地利用分散在社会中的不同住处以实现企业资源的优化配置。在并购实践中，因信息不完全，不对称而导致主并企业发生财务困难的案例不胜枚举。为获得自己不知道的信息，需要付出昂贵的验证成本。管理费用是一种内部成本，由于企业内部信息交换的不完全，不对称而引起管理费用的提高主要表现为以下两点：一是增加了监督成本。二是增加了激励约束成本。
　　(3)委托代理关系的局限。从理论上讲，主并企业应力图使委托关系的总成本最小，然而在实际并购中，由于企业委托人的需求与受托人的需求不同，其行为动机存在着一定的差距。从受托人方面看，其行为动机一般是希望以尽可能少付出获得尽可能多的收益。为满足其个人需要。在特定情况下受托人可以不择手段，甚至会做出有损于委托人的行为，委托人只得加大监督力度，通过订立合约，激励约束成本以及监督约束手段等方式防范受托人的不规范行为，订立合约，激励约束成本以及监督成本，使得管理费用上升。