5.优化内部组织架构，完善乡镇卫生院内部控制制度。（1）完善治理结构。依据主管部门的授权范围制定管理层议事规则，明确院委会、工会等机构在决策、执行、监督等方面的职责权限，形成制衡机制。对“三重一大”事项，坚持集体决策和申报审批制度。（2）完善管理责任制度，细化各部门职能，岗位职责。优化业务流程，对医疗、公共卫生服务等业务的流程设计一方面要有利于管理效能提升，另一方面要保证量、质控制有效。（3）完善业务审批、执行相分离的授权控制制度，特别注意规范不相容职务的授权，加强对员工离岗、临时离岗的交接管理，明确责任。（4）完善业绩考核制度，业绩考核不能满足于经济效益指标，医疗业务还应重视床位使用率、次均医疗费、次均药品费，公共卫生服务业务要强调支出效果等效率指标，社会满意度等质量指标。

　　二、当前乡镇卫生院运转仍存在的问题

　　1.乡镇卫生院发展环境有待改善。
　　（1）乡镇卫生院业务的正常开展需接受多个部门的日常监管，但环保、物价、药监、技术监督、安检、防疫等多个相关职能部门的检查均要收费，其中部分部门没有真正帮助纠正和解决问题，而是以收费为目的。作为非营利性的事业性的机构，规费已成为乡镇卫生院的一项经济负担。
　　（2）基本医疗市场环境有待规范。乡镇卫生院处于广大基层农村，与非公立医疗机构（主要包括原乡镇卫生院民营化改制、新建等形式建立的非营利性、营利性的民营医疗机构、个体诊所等）共同构建了农村基本医疗、公共卫生服务市场的供方。但是即使是非营利性的民营医疗机构在现阶段也具有强烈的逐利性动机，部分机构通过广告、发放宣传单等形式夸大疗效、欺诈宣传，对介绍患者至其院就医的乡村医生、公立医疗机构临床医生等一切可能接触患者的人群支付一定比例的送诊业务费，甚至动用医托等方式招揽病员，在治疗过程中大处方、滥检查、巧立明目收费，并尽力鼓吹自己的能力、水平，诋毁其他机构。这种不正当竞争行为干扰了正常的医疗秩序，侵害患者利益。笔者曾调查过一所只有25名（其中临床医生6名，专职市场运作人员8名）员工的民营医疗机构，2010年医疗业务额960万元，当年发生广告宣传费120万元、送诊业务费168万元（按患者医疗费总额的20%支付）。
　　（3）公共卫生服务任务的分配形式有待探讨。公立乡镇卫生院与民营医疗机构均可参与部分公共卫生服务项目。但民营医院有选择权，可以挑肥拣瘦，补助标准高的做，补助低的甚至零补助的不做，医疗业务忙时不做，闲时做。而公立医院往往没得选择。
　　2.部分服务项目经费不足。国家实施的基本公共卫生项目已经有对应的完善的补偿机制，而一些突发的、偶发的服务项目支出则没有固定的补偿方式，发生支出的额度也常常不能正确预计，经常是做义工。而且基本公共卫生项目补助也不包括公共卫生服务人员工资，从而形成了“以医养防”的现象。
　　3.部分业务收费标准过低。乡镇卫生院一些依行政指令开展的项目不能依据正常收费标准进行收费。比如某地由人社局组织退休人员每两年一次免费体检，检查项目包括心电图、B超、血常规、尿常规等14个项目,正常收费标准284元，但财政仅支付40元，尚不足以补偿体检过程中消耗的医用材料，更别说人员工资了。这种赔本买卖业务常常发生。
　　4.各信息系统孤立运行、条块分割，信息孤岛现象严重，增加管理成本及管理难度。目前，以信息化为手段的管理，在乡镇卫生院得到了广泛的应用，各职能管理部门、医疗保险部门也充分运用信息化管理加强了对乡镇卫生院的日常监管。但各信息系统大多独立运行，新农合结算软件、医保结算软件、救助结算软件、离休病人结算软件、药监系统软件、药品招标采购软件等均由不同的职能部门开发、管理，互不兼容。大多数信息均要在不同系统中重复录入，各系统信息也成了信息孤岛，对各系统的维护、升级困难，对本就缺乏信息化人才的乡镇卫生院来说，困难重重。
　　5.医疗保险报销标准差异，医患沟通难度大。目前，基本医疗保险主要包括职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗。一方面三制度报销标准不一致，差异较大，特别是个人缴费标准与收益不成正比，引发群众不理解，增加医患沟通难度。笔者了解到某地居民原本参加新型农村合作医疗保险，每年每人缴费45元，住院报销比例为70%。2010年，因行政区划调整，所在镇与县城驻地区划合并，社区居民只能参加城镇居民基本医疗保险，每年每人缴费提高到110元，住院报销比例却下降为50%。患者对这种缴费提高、收益率却下降的现象常常不满意，也影响了医患关系；另一方面医保制度不配套，如有些收费项目明文规定由医保统筹金支付或部分支付（如一般诊疗费），但是由于职工医保门诊采用个人账户制度，门诊医疗费均从个人账户中支付，不能享受统筹支付。三大医保制度的差异还表现在财政对不同身份、不同人群的补助标准不一致，不同地区的乡镇卫生院面对不同的人群，乡镇卫生院也面对着不同的政府付费补偿方式及标准，影响了正常的收费补偿机制。
　　6.基本药物制度有待进一步完善，药品价格形成机制有待进一步商榷。合理落实国家基本药物制度,满足人民群众的基本医疗需求。基本药物制度的实施，从根本上解决了长期以来“以药养医”、“看病贵”的问题，但是一些习惯用药、甚至个别常用药并不在基本药物目录中。另外，虽说大部分药品的价格是下降了，但也有极少数药品，价格比过去加成之后的价格还要高，基本药物的中标价比市场上同品种的批发价还高的现象屡见不鲜。基本药物制度的效果受到影响。