如前所述，在莱布尼兹的思想中，我们已经看到了机械论与目的论的调和倾向。然而，以莱布尼兹为代表的唯理论所坚持的是一种外在的自然目的论，仍然带有机械论的色彩。只有到了康德那里，机械性与目的性这两种思维方式的关系才得到了具有说服力的实质性阐明，目的论深化为内在的目的论。

　　三、康德的内在目的论

　　对康德而言，如果我们采取“反思的判断力”的观点，我们就可以设想万物不可能由盲目的偶然性产生，并假设有一个比人类更高的理性(上帝)，他具有直观的知性，能够根据机械规律解释一切，但我们却做不到。(在这种眼光看来，我们必须假定上帝那里，一切才都是必然被决定的。在上帝眼中，没有偶然。)在机械论自然观占主流的情形下，康德提出了目的论自然观。但是康德的自然目的论与前面提到的亚里士多德的自然目的论绝不是一回事。在康德看来，目的性的概念表示一种原因的主体与其结果的关系，但是我们不应当用超自然的原因来解释这种因果关系，因为这样的话，目的性概念就超越于人类的理解之上，变得神秘而遥不可及。康德对于带有物活论倾向和有神论色彩的亚里士多德的目的论的批判表明把目的性的概念直接运用来规定有机的自然世界的做法是不合理的，自然的目的性只是合乎人类主体的合目的性，只是一种主观“反思判断力”而已。

　　一名机械主义者不可能询问事物是为了什么但如果我们是以目的性的方式来思考，那么不去思考一个终极的目的都是不可能的。那么康德自然目的论观点是否与牛顿力学所代表的机械性思维方式相违背呢?为此，在自然统一性问题上康德提出了有关机械论与目的论的二律背反命题：

　　“命题：物质的东西的一切产生都是按照单纯机械规律而可能的。反命题：它们的有些产生按照单纯机械的规律是不可能的。”

　　在康德看来，这对表面上看起来相互矛盾的二律背反的命题其实并不矛盾。这两个命题表面上看之所以矛盾是因为把这两个原则视作知性概念的规定性判断原则，而没有看到目的论原则作为主观反思性判断的特点。我们可以把机械因果性归结为规定的判断力，而把自然目的性归结为反思的判断力。所以，如果我们正确地看待目的论原则，则不仅不会与机械论原则矛盾，而且还可以当作机械论原则在使用过程中的有效补充。

　　况且，机械论原则贯彻到底，往往会得出一种外在的第一推动力，牛顿的做法就是典型的例子。与休谟一样，康德反对超自然的理陛实体，因为神学不应该插足自然哲学。当涉及有机物和作为整体的自然时，就必须在机械论之外引进目的论作为辅助原则了，从而达到对自然最为高度统一的表象。“这种表象决不表明我们对自然总体有了一个知性的概念规定，而只是用来使我们的知性与原理达到主观协调活动的一种反思判断，它表明的毋宁说是主体的人的道德性质。”康德就要为自然本身的目的论寻求自然本身的根据，从而严格地将目的论限制于人的世界。