以改进后，却统治了整整一个世纪。他认为，现在太阳系中的太阳和行星起源于单一的弥散的星云，渐渐地开始聚集并加快旋转，离心力导致巨块飞离中心而形成行星，同样的过程重复而形成了行星的卫星。作为生活在法国大革命时代的自由思想家，他完全抛弃了造物论。拿破伦认为对天堂君主的信仰将鼓励对地上君主的尊敬，当他看到拉普拉斯《天体力学》的巨著中并未涉及到上帝时曾经发问，这个天文学家回答：“陛下，我不需要那个假设。”神学界对此当然感到头疼，但是它对拉普拉斯的厌恶被它对无神论和革命的法兰西的普遍对神不敬的恐怖所淹没。结果它与天文学家们的战斗大多轻描淡写而过。

地质学中科学观念的发展，走了与天文学相反的方向。在天文学中，是渐进发展的理论取代了天体恒定不变的信条，但是在地质学中，却是科学的缓慢发展理论，取代了灾变说。灾变说相信地球曾经有过一段剧烈变化时期。一开始人们曾相信地球的全部历史必须压缩到大约6000年的时间里。为了能够解释沉积岩以及沉淀的熔岩是在这么短的期间形成的，人们必须假设以前一段时间灾难曾频繁发生。从对牛顿时代地质学状况的考察，我们知道地质科学的发展远远落后于天文学的发展。比如在1695年，伍德瓦德(Woodward)还曾这样解释沉积岩的生成：“整个大陆都被变成碎块并溶化在洪水中，地壳则是由洪水过后杂乱无章的泥流沉淀而成。”据莱尔(Lyell)讲，伍德瓦德曾作过这样的讲述：“整个地壳的化石层是在几个月内积存而成的。”在那之前十四年的1681年，后来成为卡尔特修道院院长的汤姆斯(Thomas Burnet)牧师出版了他的《地球圣论；包括对原始地球及其整体变化的描述，这种变化包括已经发生和即将发生直至圆满的所有变化》。他相信赤道原本在黄道的平面上，只是在洪水之后才被推到现在的偏斜位置。(神学上更正确的观点是密尔顿(Milton)的观点，他认为这种倾斜是在亚当和夏娃堕落的时候开始的。)他认为是太阳的热量把地球晒裂后，地下水喷发而出酿成的大洪水。他坚持第二个混乱期是进入千喜年之后。由于他并不相信有永久的地狱惩罚，因此接受他的观点时应该持审慎态度，而不要把它当成正统的神学观点。更令人惊奇的是，他认为关于亚当和夏娃的堕落的故事只是一个寓言，因此，正如《大不列颠百科全书》所说，“国王被迫撤销了他国王议事会议教会文书之职。”慧斯顿(Whiston)后来避免了莱尔关于赤道和其它一些错误，他在1696年出版了一本书，题为《地球的新理论；圣经中主张的六天创世、世界大洪水以及普遍大灾难是与理性和哲学完全以致的》。1680年那颗慧星使他想到可能是慧星造成了大洪水，这在一定程度上启发了他写这本书的灵感。由于他认为上帝创造世界的六天要比通常的六天长，他的正统地位也曾经受到质疑。



不要以为伍德瓦德、伯奈特和慧斯顿在当时不是出色的神学家。恰恰相反，他们是当时最好的神学家，至少洛克(Locke)就非常推崇慧斯顿。

十八世纪的大部分时间都充满了两个学派的争论，一个是把一切都归于水的水成论派，另一个是同样过分看重火山与地震的火成论派。前者不断的收集大洪水的证据，他们特别重视在高海拔的山上发现的海底化石。他们是最正统的，因此正统派的敌手们就千方百计的否认化石是动物的遗体。沃泰尔(Voltaire)就对化石是动物的遗体持有深深的怀疑态度，当他对事实无法否认时，就转而坚持说那是被人们带到山上去的。在这一点上，对教条持灵活态度的非正统派反而比正统派更不科学。

伟大的博物学家巴封(Buffon)在他的1749年出版的《自然史》一书中提出十四个命题，它们都被巴黎大学神学院的神学教师们宣判为“对抗教会的教规、应该受到谴责的。”东西。其中关于地质的一条断言：“地球上现存的山脉与峡谷是由次级因素造成的，随着时间的发展，同样的因素还将毁坏所有大陆、山丘与峡谷，并重新再造。”这里“次级因素”是指上帝创世法则之外的所有因素。而在当时正统派的观点是，所有的山丘和峡谷、海洋和土地的分布在世界被创造时就是我们现在看到的样子，唯一的例外就是死海，它是由奇迹制造的。

巴封无力与巴黎大学神学院争论，被迫宣布放弃他的理论，并被责成发表了如下声明：“我宣布无意对抗圣经，我坚定地相信创世说所说的一切，包括时间顺序和所有事实；我放弃我书中一切关于地球形成以及任何可能与摩西的告诫相冲突的内容。”显然，与加利略对抗的教训并没有使神学家们在天文学之外的领域里变得聪明起来。

第一个阐述现代科学地质学的是哈顿(Hutton)，他的《地球理论》在1788年首次出版，并且在1795年再版了增编本。他假定造成地球表面过去变化的因素现在仍然在起作用，而且没有理由认为这种变化在过去要比现在更活跃。虽然这个假定看起来象是一个原理，但是哈顿在某些方面超出了它的应用范围，在某些方面又对它阐述得不够。他认为沉积岩沉积海底造成的海水对大陆的侵蚀是造成大陆消失的原因，而新大陆的形成则是由于突发灾难的结果，他没有足够考虑陆地突然沉降和慢慢升起在大陆变迁中的作用。但是所有在他之后的地质科学家都认同他的基本方法，那就是用现在还在发生作用的地质变迁的现象去解释过去曾经发生的事情，他们认为在漫长地质年代中产生的巨大变迁的原因，就是现在仍然在缓慢导致海岸线移动、高山起伏而动以及海底升降不停的同一种力量。

与摩西年表的冲突使这个观点在其早期难以为人们接受，对《创世纪》坚信不移的信徒们更对哈顿和他的追随者普雷费尔(Playfair)进行了猛烈的攻击。莱尔(Lyell)在他的《地质原理》中说：“一小撮人对哈顿派原理的激情，以及在争吵中表现的对正义与崇高精神的漠视，并不是哈顿理论的功劳，只是当时英国大众那种普遍的狂热激情的一种反映而已。多年来法国的一批作家们就通过协作性的努力，通过削弱基督教信仰的根基，来削弱教会的影响。他们的成功以及大革命的成果，引起了意志坚定的人们的警觉，但是对于那些胆小的人们，革新带来的恐惧则象梦魂一样萤绕着他们。”直到1795年，英国的富有者都一直把非圣经的原理看作是对财富的侵犯，甚至是把他们拉上断头台的威胁力量。许多年中，英国人的主张还不如大革命之前自由。

由于地质化石资料表明了大量的生物已经消失，所以地质学的进一步发展就与生物学混在一起。如果仅仅考虑世界存在的久远性，通过把“六天”解释成“六个时代”，地质学和神学便可以达成某种共识。但是对动物的生命这样的问题，神学发现它的一贯立场却很难容入科学的框架。在人类堕落之前，动物之间不应该存在互相残杀，所以现存物种都是方舟中保存下来的，除了极少数外，灭绝的物种都是在大洪水中淹死的(这种主张也有它的困境。圣奥古斯丁就因为他自己不知道上帝制造苍蝇的原因而向上帝忏悔。路德则这几乎强词夺理地大胆断言，苍蝇是魔鬼制造的，其目的是为了干扰他撰写有益的论著)。物种是永恒不变的，每一物种都是创世时分别创生的。对这种主张的任何疑义都会招致神学家们的敌意。



神学的困境始于新大陆的发现。美洲远离阿拉拉特山(Mount Ararat)，在那里存在的许多动物却不能在它与阿拉拉特山的中间地带找到。那些动物怎么样才能迁徙如此之远，而又没有在路上留下任何它们的同类？有些人认为是远航者把它们带去的，但是这种假设也有它的困境，虔诚的耶稣会信徒约瑟夫阿考斯塔(JosephAcosts)就为之深深困扰，他献身于将印第安人转化成基督徒，但是他自己的信仰却发生了动摇。在他的《印度群岛自然精神史》一书中不无道理的说：“谁能设想一个远航者会不怕困难，把狐狸带到秘鲁，特别是那种叫做‘艾狎斯