与摩西年表的冲突使这个观点在其早期难以为人们接受，对《创世纪》坚信不移的信徒们更对哈顿和他的追随者普雷费尔（Playfair）进行了猛烈的攻击。莱尔（Lyell）在他的《地质原理》中说：“一小撮人对哈顿派原理的激情，以及在争吵中表现的对正义与崇高精神的漠视，并不是哈顿理论的功劳，只是当时英国大众那种普遍的狂热激情的一种反映而已。多年来法国的一批作家们就通过协作性的努力，通过削弱基督教信仰的根基，来削弱教会的影响。他们的成功以及大革命的成果，引起了意志坚定的人们的警觉，但是对于那些胆小的人们，革新带来的恐惧则象梦魂一样萤绕着他们。”直到1795年，英国的富有者都一直把非圣经的原理看作是对财富的侵犯，甚至是把他们拉上断头台的威胁力量。许多年中，英国人的主张还不如大革命之前自由。

　　由于地质化石资料表明了大量的生物已经消失，所以地质学的进一步发展就与生物学混在一起。如果仅仅考虑世界存在的久远性，通过把“六天”解释成“六个时代”，地质学和神学便可以达成某种共识。但是对动物的生命这样的问题，神学发现它的一贯立场却很难容入科学的框架。在人类堕落之前，动物之间不应该存在互相残杀，所以现存物种都是方舟中保存下来的，除了极少数外，灭绝的物种都是在大洪水中淹死的（这种主张也有它的困境。圣奥古斯丁就因为他自己不知道上帝制造苍蝇的原因而向上帝忏悔。路德则这几乎强词夺理地大胆断言，苍蝇是魔鬼制造的，其目的是为了干扰他撰写有益的论著）。物种是永恒不变的，每一物种都是创世时分别创生的。对这种主张的任何疑义都会招致神学家们的敌意。

　　神学的困境始于新大陆的发现。美洲远离阿拉拉特山（Mount Ararat），在那里存在的许多动物却不能在它与阿拉拉特山的中间地带找到。那些动物怎么样才能迁徙如此之远，而又没有在路上留下任何它们的同类？有些人认为是远航者把它们带去的，但是这种假设也有它的困境，虔诚的耶稣会信徒约瑟夫阿考斯塔（JosephAcosts）就为之深深困扰，他献身于将印第安人转化成基督徒，但是他自己的信仰却发生了动摇。在他的《印度群岛自然精神史》一书中不无道理的说：“谁能设想一个远航者会不怕困难，把狐狸带到秘鲁，特别是那种叫做‘艾狎斯’的、我所见过的最肮脏的那种？同样地，谁能解释他们携带了老虎和狮子？这种想法简直可笑之至。很难设想一个被迫出航的远航者，在自己的生命都时时被风暴所威胁时，会带着狼和狐狸到海上并对其奚心照料与饲养。”这类问题导致神学家们做出新的解释：这种肮脏的艾狎斯狐狸和其它笨拙的野兽，是偶然由太阳用淤泥制造的。不幸的是并没有证据显示这和方舟有关。但是即使你接受他们这种说法，也无法解释许多现象。比如说那些运动迟缓、懒慢的南美树赖，是如何从阿拉拉山达到遥远的南美洲的？

　　在整个十九世纪，所有这些难题引发了宗教信仰者的思维。比如由《上帝存在之必要》等书的作者、苏格兰神学家威廉基勒斯徘（William Gillespie）所着的《 地质学的神学，一如休米勒（Hugh Miller）等人所例证》一书就是一个例子，这本书在1859年，亦即达尔文的《物种起源》问世的同一年出版。它谈到“地质学家的引起恐慌的假说，”并谴责他们“善于莽撞攻击而怯于深刻思考。”作者考虑的主要是休米勒在《岩石的证据》中提出的问题，休米勒在那本书中坚称：“在人类获罪、受惩罚之前那段没记载的年代中，动物在创造之初就处在与现在完全相同的互相杀戮的状态。”休米勒还生动、不无恐怖地描述了在人类存在之前，那些已经灭绝的动物互相杀戮、残害时所使用的工具。具有深深的宗教信仰的他，很难理解为什么造世主要把这种痛苦加在这些无辜的生灵身上。尽管面对这些证据，基勒斯徘还是大胆地重新确认了正统的观点：低级动物遭难与死亡是由人类的罪恶造成的，他还引用圣经中“人带来了死亡，”一句话，来证明在亚当吃苹果之前动物是不死的。在引用了休米勒描述灭绝动物互相残杀的文字后他惊呼，仁慈的造世主不可能创造那样的怪物。到此为止，我们可以同意他的观点，但是他的进一步论点就难以理解了。他似乎在试图否认地质学的证据，但是最后他失败了，他承认大概存在这样一种怪物，但是它们不是上帝直接创造的。它们一开始是无辜的动物，只是后来被魔鬼引入歧途；或者象猛猡猪一样，它们的灵魂被恶魔占据了。这样就可以解释为什么圣经中记载了关于猛猡猪的故事，猛猡猪是许多东西的绊脚石。

　　埃德蒙古斯（Edmund Gusse）的父亲、自然学家古斯曾做过一个奇怪的尝试，以图保留正统教义在生物学中的地位。他全盘接受地质学家的关于世界具有漫长历史的论证，但是坚持造物主在创造这个世界时，就把它创造得“似乎”已经具有漫长的历史。在逻辑上没有办法“证明”这个理论是错误的。神学家们断定，亚当和夏娃生有肚脐，使他们看起来就象正常出生的人一样。岩石也被填充了化石，使它们看起来就象是由火山活动和沉积造成的一样。但是如果这种假设是成立的，创世的时间就可以定在任何一点。我们可能都是在五分钟之前才存在的，只要赋予我们以造好的记忆、穿上有窟窿的袜子并且长着需要理的头发就行了。因此尽管这在逻辑上是可能的，但是却不会有人相信它。古斯痛苦的发现，尽管他的假设在逻辑无懈可击，但是却没有人接受这种对神学与科学数据调和的理论。神学家们根本不理睬他。神学家采取的做法是通过放弃许多原本属于他们的领地，来确保他们仍然拥有的领地牢不可破。

　　动植物通过遗传和变异而逐渐进化的原理，在很大程度上是借地质学而发展起来的，它可分成三个部份。第一，事实非常确切地表明，越简单的生命形成的时间就越早，而结构越复杂的生命登上生命舞台的时间就越晚。第二，后期的、具有高级组织结构的生命并不是同时出现的，而是由早期的低级形式通过一系列的改进而形成的，这就是生物学中通常所说的“进化”理论。第三就是对进化机制的研究，亦即研究变异的原因，以及为什么某种生命的幸存要以其它生命的消亡为代价，这种研究还非常不完善。尽管对它的机制还存在着怀疑，进化论的普遍原理已经被生物学家们广泛接受。达尔文的主要历史贡献在于他提出了一种进化机制，即自然选择，是它使进化论更可信。尽管他的假设仍然被认为是对的，但是现代科学家们已经不象当时的人们那样对它那么满意了。

　　在1830年首次出版的莱尔的《地质学原理》一书，用地质学证据充分肯定了地球和生命在很久以前就已经存在，因此受到正统宗教的强烈攻击，但是在它的早期版本中并不倾向于有机进化的假说。莱尔在书中认真地讨论了拉马克的理论，并以科学的观点将其否定。在达尔文的《物种起源》（1859年）发表以后的出版的版本中，莱尔谨慎的倾向于进化理论。

　　达尔文的理论基本上是自由经济世界中，马尔萨斯人口论在动植物研究上的一个推展。尽管所有的生物都繁殖得非常迅速，但是大部分在达到生殖年龄之前就死掉了。一条雌性鳕鱼一年可产九百万只卵，如果所有的卵都能成活并进一步产卵，几年之内海洋就会被鳕鱼填满，而大陆也会被洪水吞没。除了大象之外，人类是自然增长速度最慢的动物，即使这样世界人口也在大约二十五年内就增加一倍。如果人类依此速度增长，两个世纪后，世界的人口将达到五千亿之多。但是我们发现，作为一种规律，事实上动植物的总量几乎是不变的；在多数时间内，人口总数也变化不大。因此，无论是在同一物种之内还是在不同物种之间，都存在一种恒定的竞争，而这种竞争中的失败者将会死亡。由此而来，如果一个物种中的某些成员在某些方面强于其它成员，它们就更有可能生存下来。如果这种优势是后天获得的，便不会直接传给它们的后代，但是如果是先天的，就可能、至少部分的传给它们的后裔。拉马克认为，长颈鹿的脖子就是它们伸长了去吃高枝上的叶子而形成的，并且这种后天的特征可以遗传下去；与此相反，达尔文派的观点，至少在经过魏斯曼改造后的观点是：出生时脖子就较长的长颈鹿比较不容易挨饿，因此更容易活下来并繁殖后代，它们的后代也可能会有较长的、甚至比父母还长的脖子。如此下去，长颈鹿就会逐渐发展出它们固有的特征，直到形成最适宜生存的脖子长度为止。

　　偶然变化在达尔文的进化论中起着主导作用，但是究竟是什么原因造成的这些变化，达尔文自己也坦诚他不知道。观察表明，即使同一父母的后裔也不一定就很相象。驯养动物的特性已经被通过人为选择而大大改变：人工驯养的奶牛产奶量高，驯服的赛马跑得快，放牧的羊也能产出较多的毛。这种事实充分表明了选择在进化中的作用，它们为达尔文理论提供了最直接的证据。不错，饲养员不能把鱼变成袋鼠，也不能把袋鼠变成猴子，但是经过极其漫长的岁月，诸如此类的巨大变化却是可以发生的。许多证据表明，动植物来自共同的祖先。化石资料显示，现存许多非常不同的物种之间的过渡种类在过去曾经存在过，比如已经绝迹的飞龙类动物，就介于鸟类和爬行类动物之间。胚胎学家还发现，胎胚在生长过程中，重复着早期的进化过程，哺乳类的胎儿在其发育的某一阶段具有发育不全的鳃，而这个发育不全的鳃并没有任何功用，因此只能解释为返祖现象。从不同侧面论证的结果，使生物学家相信，是进化和自然选择带来了物种的变化。

　　当这个新原理刚刚出现时，许多信仰宗教的人们，在证据面前不得不对它表示信服，同时也希望自己的宗教信仰能得以保留，但是神学家们则很快预感到了它将带来的严重后果。缺乏逻辑知识的人们，尤其是在十九世纪时，在接受一种改变时，往往不去设想那种改变可能引发的其它变化，在这种环境中，进化论当然就比较容易被人们接受。当一种革新可能带来的所有结果，都按逻辑同时呈现在人们的面前时，那种对于习惯的巨大冲击，往往使人们容易把它全盘否认。但是，如果你把革新的后果一个一个的相隔一、二十年呈现给人们时，他们就会被引诱着跟随你前进，而没有太多的抵制。尽管十九世纪的文化与政治的伟人们，在时机明显成熟时，也希望能够引发变革，但是他们往往不是去进行革命性的突变。革新者的这种审慎而有效的态度，反而使十九世纪成为一个发展迅速的世纪。