神学家们比普通大众更清楚地看到了进化论将会带来的后果。他们指出，人类具有不朽的灵魂而猴子则没有；基督是为了人类而不是为了猴子而死的；人类具有上天赋予的是非观念，而猴子则是完全受本能支配的。如果人类是通过难以察觉的步骤缓慢地由猴子变来的，那么在什么时候他们突然具有了那些重要的神学特征呢？1860年（达尔文《物种起源》发表的第二年），在全英协会上，威尔博福斯（Welberforce）对达尔文主义恐吓说：“自然选择原则和上帝的言辞格格不入。”可惜他的雄辨却徒劳无功，人们相信支持达尔文的胡克斯莱（Huxley）驳倒了他的论证。彻切斯特（Chichester）神学院院长在牛津大学的一次布道会上说：“尽管圣经中明确记载，人类的第一个父母是被上帝创造的，但是有些人却枉顾事实，试图用异想天开的现代进化论取而代之，这种论点毁坏了拯救人类的通盘计划”。坚持对背离正统信条的言行决不宽容的卡莱勒（Carlyle）更攻击达尔文是一个“崇拜下流的使徒。”但是人们却不再害怕教会的不快，动植物种类的进化原理不久就为生物学家所接受。

　　在十九世纪，尽管自由派的领袖们自己也极力避免过分的自由，但是当时的时代却是一个自由的时代。葛莱斯彤（Gladstone）对进化论的态度就是当时非科学界的世俗基督徒的普遍态度。在1864年，两个不相信存在永久的地狱惩罚的神职人员被英国枢密院法律委员会宣判无罪后，葛莱斯彤曾经惊恐地说，如果这个判决的原则被接受，那就意味着“基督教的信仰和它的反对者可以并存。”当达尔文的理论第一次发表时，他以一种对传统的上帝统治论同情的口吻置疑进化论：“按照进化论的说法，世界并不是上帝创造的；而有了不可改变的自然法则，则世界也不需要上帝的统治了。”不过他后来渐渐地修正了他的立场，他对达尔文也没有个人恩怨，在1877年他还亲自拜访了达尔文。整个拜访中他所谈论的只是对保加利亚人暴行的不安，而不是进化论。在他走后，达尔文曾经真诚地说：“这样一个伟大的人物竟特意来看我，这是怎样一种荣耀啊！”至于葛莱斯彤对达尔文的印象如何，历史上并没有记载。

　　人们对于以进化论为基础的神学持怀疑态度，还有另外一个，也是更重要的原因。在十九世纪的六十和七十年代，当进化论的原理刚刚风行时，进步被作为一个普遍的规律而接受。难道我们不是在一年比一年富有？尽管税率在不断降低，我们不是照样享有预算的出超？我们的机器难道不可以堪称奇迹？我们的议会制政府难道不是那些启蒙的外国人争相效法的典范？谁会怀疑这种进步将无限延伸下去？人们有种种理由相信，那个促成这种进步的科学与机械，将会继续产生更加丰盛的果实。在当时的世界，进步似乎是生活的一种普遍现象。

　　但是即使在当时，对于沉于思考者，与进步相对立的力量也是显而易见的。那些导致增长的规律也同样会导致衰退。总有一天，太阳会冷却下来，而地球上的生命也会消亡。动植物的时代不过是过热与过冷两个纪元交替中的一段插曲。并没有一个所谓的宇宙进步的法则，相反，由于能量的不断扩散，整个宇宙只有一个在平衡点上下振荡并缓慢下降趋势。从现在的科学观点看，这是最有可能的趋势，而对于我们这个幻想破灭的一代，这也是最容易被接受的。就我们现在所知，从进化论出发不可能产生一个对宇宙的终极持乐观态度的哲学。

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