进入90年代以来，civil society(市民的确立让学者们敏锐的看到随着市场经济的发展可能会促使在中国出现一个类似于西方早期公民社会的阶层，并推动政治社会体制变革，从而使中国走向真正的现代化之路。因此，civil society这样一个极具灵活性和挑战性的概念在90年代的中国学界看来，因为能够作为这个古老国家的现代化进程的工具因而也不可避免的带有了浓郁的本土色彩。
从中国大陆的研究情况来看，公民社会理论的兴起大致可以分为两个阶段：
第一阶段，理论介绍引入阶段。这一阶段主要是从1992年开始到上个世纪末。90年代开始，中国正值政治社会体制转型期。中国的政治体制正从无所不包的、社会力量被的公共领域还是不成熟的。因此，市民社会成为了通用的译法，也被知识界所认可。
到了第二阶段，随着中国社会体制改革的进一步深化，对西方理论的进一步了解，学界逐步对三分法产生了兴趣。当代西方的学者如柯亨和阿拉托提出国家-经济-市民社会来代替国家-市民社会的二分法。主张把经济领域从市民社会中分离出去，认为市民社会主要由社会和文化领域构成。“我们把市民社会理解为经济与国家之间的社会互动领域，它首先是由私人领域（尤其是家庭）、结社的领域（尤其是志愿结社）、社会运动以及各种公共交往形式所构成的”。（）这一观点无疑受到哈贝马斯的影响，反映了西方社会市民社会理论重心的转移。因为经济系统的过分扩张和商业化倾向的影响会阻碍公民社会的独立性。而中国随着民营经济的发展，各种社会团体的兴起，私人自主的社会生活空间初步形成并不断发展，也促使了对这一问题重新审视。
这一时期的市民社会理论有了大量的介绍当代西方理论的文章。按照三分法，如童世骏的第三个向度——与政治、经济关系微妙的市民社会；陈晏清的《市民社会观念的当代演变及其意义》则分析了近、当代市民社会观念难得不同，指出市民社会观念由近代的因商品交换关系而结合起来的私人自律的经济交往领域转为当代自主的理论层面展开研究，而随着公民社会理论家开始对作为一个社会实体的公民社会进行实证的研究，第三部门也开始关注非政府组织或非营利部门的作用及其与国家和市场的关系等理论问题，双方开始寻找理论契合点，两者的关系也更加紧密。
在以前的研究中，公民社会理论的研究倾向与政治哲学方面的，它本身固有的自由主义传统就反对极度扩张的国家权力，认为国家的干预对公民的生活造成极大的威胁，主张国家和公民社会分离。以契约为基础，法治为保障，依靠强有力的公民社会来制衡国家权力，公民社会被抽象为一种理想的模式。而随着凯恩斯主义的失灵，国家对社会的干预减少，公民社会理论得到进一步的拓展。扩大社会自治领域，限制国家活动范围，对于政治民主意义重大。而第三部门的研究正是专注于对社会自治性团体的研究，对社会社团的基本结构、从业人员、对政府社会影响能力和服务能力等等的基本能力，对社区的大的趋势的调查。与公民社会的侧重于理论性相比，在NGO的研究中，实证性研究占主导地位。其实从实证的角度来看，两者都是在看同样的问题，可以说都是想用政府与市场的框架，或是用自身管理的框架，从公共事务的角度，从制度治理角度，从更多的更复杂的管理治理角度来进行研究工作。因此，在研究趋势中，二者结合在了一起。


有学者指出，在中国的“公民社会”的构架中，社会基本结构发生的最根本变化是，由政府－单位－（作为单位人的）个人的单向、单维的关系，转变为多元、互动、社会参与与自组织形式的结构。政府不再是一个全能的部门，它行使国家安全、公共政策、宏观调控等有限职能，并主要通过监督、规范、政策优惠等间接手段调控企业和非营利部门的行为。这一改革过程首先从企业行为的独立开始，改革开发以后，企业逐渐扩大了自主权，形成不同于政府下属的“工厂”的“法人”，而整个社会结构的变化最终还