起义初期．阿拉法特有利用哈马斯向以色列施加压力的考虑。哈马斯策划了一系列针对以色列人的自杀性爆炸事件，造成大量伤亡。美国、以色列以及国际社会向阿拉法特施加压力．要他打击哈马斯等激进势力。2001年l0月阿拉法特宣布哈马斯的军事组织卡桑旅为非法组织，关闭哈马斯的所有办事机构。阿拉法特曾经承受很大的压力，下令法塔赫安全部队两次软禁亚辛，抓捕哈马斯人员，关押一段时间后．看到以色列没有积极反应，又释放出来。阿拉法特考虑到哈马斯的民意支持，一直没有坚决使用武力镇压哈马斯。

　　2002年9月，法塔赫为缓和巴以局势，提出筹建“民族团结领导集体”和停止攻击以色列境内目标的建议。哈马斯拒绝同意，亚辛当天在加沙说：“以色列士兵既然在这里袭击我，我就必须在那里(以境内)袭击他。”

　　阿巴斯担任巴勒斯坦自治政府总理期间．为推动路线图计划，通过停火协议压制哈马斯的活动，还截获了哈马斯的数笔海外资金，共达300万美元。哈马斯指责阿巴斯不能代表巴勒斯坦人民．但表示尽量避免与法塔赫安全部队的武力对抗。

　　2003年5月．哈马斯制造了两起大规模的自杀式爆炸，使路线图计划刚实行两个月便陷于停顿。以色列推行单边行动计划，极大地损害了巴勒斯坦人民的利益。

　　阿克萨起义爆发以来，巴勒斯坦各派之间比较正式的停火谈判进行了四次，均以失败告终其中哈马斯的反对是主要因素。亚辛提出“三不”方针(不解除武装，不同意停火，不加入巴勒斯坦新政府)来对抗法塔赫领导的自治政府。阿克萨起义后期，阿拉法特已经无法控制哈马斯，法塔赫影响力正在丧失。阿拉法特的支持率已从巴以冲突前的65％下降到当时的33％，而哈马斯和伊斯兰圣战组织的支持率却由16％上升为25％。

　　2004年3月，亚辛被以色列军队暗杀，哈马斯受到很大震动．加上以色列的严厉军事打击，哈马斯无法渗人以色列境内进行还击。这使哈马斯面临成立以来最严重的生存危机，它调整战略，和法塔赫进行了加入联合政府的谈判，但没有成功。

　　阿拉法特去世后，哈马斯抵制了巴勒斯坦民族权力机构主席的选举。

　　3．阿克萨起义结束后双方的关系

　　哈马斯选举胜利后单独组建政府，巴勒斯坦出现了两个权力中心，双方矛盾激化，武力冲突不断。2005年1月．阿巴斯当选巴勒斯坦民族权力机构主席。同年2月，宣布正式结束阿克萨起义，他成功说服了哈马斯同意停火．允诺它公开参加新一届立法委员会选举。

　　2005年3月．哈马斯正式宣布参加巴勒斯坦立法委员会选举。“各种明显的迹象表明，哈马斯在约旦河西岸获得的支持正在不断增加，甚至在法塔赫势力最强大的一些地区。”

　　阿巴斯出于把哈马斯纳入政府的考虑，游说美国、以色列同意哈马斯参加选举。这样，哈马斯在没有明确表示放弃武装、承认和平协议的情况下，参加了2006年1月的巴勒斯坦立法委员会选举，哈马斯意外赢得132席中的76席，获得胜利。

　　哈马斯曾经提出与法塔赫组建联合政府，遭到拒绝．最终单独组建了以哈尼亚为总理的自治政府。哈马斯政府因为坚持不承认以色列的强硬立场．得不到国际社会的广泛承认，政府运作遇到极大困难。法塔赫多数成员不希望过去的和谈成果被抹杀．认为哈马斯没有遵守《基本法》，不具备合法性。阿巴斯对哈马斯拥兵自重不满．多次想收编或解除其武装，均遭拒绝，双方的矛盾在短期内难以消除。

　　从2006年5月到2007年2月，法塔赫与哈马斯主要是围绕“狱中协议”，进行了组建联合政府的谈判。“狱中协议”是关押在以色列的各政治派别领导人联合签署的协议，包含承认以色列、建立联合政府的内容。谈判异常艰苦，阿巴斯曾经决定举行全民公决。此举使哈马斯面临两难境地．反对全民公决会失去部分民意，完全同意又会承认以色列。最后双方达成共识，在承认以色列问题上采取模糊立场。关于联合政府的谈判在阿拉伯国家尤其是沙特国王的干预调解下，终于达成“麦加协议”，主要内容是关于民族联合政府的安排，但没有明确表示是否承认以色列。2007年3月，民族联合政府成立．但是两派之间的暴力冲突反而愈演愈烈。6月14日，哈马斯从法塔赫手中武力夺取了加沙控制权。随后，阿巴斯解散民族联合政府，组建了由独立派人士任职的紧急政府哈马斯表示不承认紧急政府的合法性。法塔赫宣布断绝和哈马斯的一切联系，两个政党走向分裂和对抗，双方关系降到最低点。