3.“制度设计”因素的制约
地方政府区域经济合作的顺利推进需要制度加以保障。制度设计中一个很重要的问题就是参与性问题。西部已经初步形成了“政府搭台、企业唱戏”的经济合作路径。但在地方官员任期的限制下，可能会出现前任签订的合作协议并没有得到后任的继续实施，导致重复博弈形成的失败。目前我国还没有关于地方政府区域合作治理的相关立法，因此地方政府间签署的合作协议缺乏相关法律制度的支持，协议执行监督体系不完善，最终导致地方政府间合作协议执行力度不强，尤其是市场机制发育不完善的西部地区，这种情况更为突出。
4.“合作过程”因素的制约
在合作过程中，合作观念淡薄和合作组织松散是制约西部地区政府经济合作的两个重要因素。首先，与东部沿海地区相比，西部地区的公有制经济强、非公有制经济弱的特点非常突出。2011年，东部国有企业工业总产值占民营企业工业总产值比重的均值为0.34，而该比值在西部达到了2.59。数据表明，西部地区的市场经济体制有待完善，地方政府计划经济思维更为强烈。这样的经济特点必然诱使西部地方政府通过行政手段干预市场经济，削弱了地方政府区域经济合作的意识。
三、建立西部地区政府经济合作的治理机制
西部地区政府经济合作在初始水平、领导推动、制度设计以及合作过程等四个维度均存在自身难以逾越的困境，这就需要一套有效的合作治理机制以突破存在的制约性因素。
1.建立完善的西部地方政府合作中的法律约束
区域政府间合作主要采用的是合作各方通过会议达成的协议以及通过的共同遵守的规定，但是协议和规定缺乏权威性和强制性，导致地方政府在执行中的道德风险和机会主义行为，损害区域合作的稳定性和持续性。建议，一方面，国家建立健全区域政府间合作治理相关法律来规范区域政府间的合作关系，并且出台相关的法规，针对区域政府间合作治理过程中遇到的问题加以具体规定，明晰各自责任以及利益共享等问题。另一方面，国家可以授权区域合作委员会制定合作治理的相关协议，并且经地方人大审议，最终具有法律效力。
2.建立西部地区政府经济合作机构
建立科学高效的组织机构是西部地区政府经济合作治理有效开展的基础和前提。地方政府间合作组织机构应该包括以下部门：中央政府、西部区域合作委员会、秘书处、区域行政立法委员会、区域经济发展委员会、区域合作治理委员会、区域合作监督委员会、区域合作发展基金会等。西部地方政府合作中必须有中央政府的参与和指导，因为西部各地区政府都处于强势状态，互不相让，中央政府的地位和权威能平衡各个强势政府的力量，这样更有利于西部地方政府间的合作治理；另外中央参与管理西部地方政府间合作治理能鼓舞其士气，调动地方政府间合作治理的积极性。区域合作管理委员会职责是共同讨论和解决区域内发生的重大问题，拟定区域合作治理战略规划、审议和决定关于区域合作治理中的重大事件以及策划地方政府间合作治理的大型会议相关事宜等。秘书处是辅助区域合作管理委员会处理日常事务，跟进和落实项目进展等，收集区域合作管理委员会下属委员会等的意见，并及时准确地反映给区域公共管理委员会。区域行政立法委员会主要是负责制定西部区域合作治理的相关行政法规，具有法律的约束效力，来激励和约束参与合作治理地方政府的行为，促进区域经济稳定发展。区域经济发展委员会主要负责为西部地方政府间提供合作项目，根据区域合作管理委员会来制定促进区域经济发展的具体方案，不断促进西部区域经济发展。区域合作治理委员会职责是处理区域内地方政府合作治理出现的矛盾冲突等问题，保持地方政府间合作治理关系的和谐。区域合作监督委员会的主要职责是监督地方政府间合作治理的行为、合作项目的落实情况以及产生的效果等，确保地方政府间合作治理落实到位。区域合作发展基金会主要职责是为本区域地方政府合作治理筹集资金并且用来支持本区域地方政府间的合作治理。
3.建立政府引导下的多元主体参与合作治理机制
首先是政府的角色定位应该是“调控和服务主体”。政府在区域经济合作中起着支撑和引导的作用，承担着为区域经济发展提供良好的内外环境的责任。通过引导和协调各主体的行为，有效发挥政府的服务职能。其次，政府与企业之间的关系应该是“规划引导”。现实中西部区域经济发展很大程度上依然是“政府主导—产业规划—企业响应”的模式。为了充分发挥微观主体企业的自主发展能力，政府在经济发展规划中要以企业为核心，包括园区规划，为工业发展提供空间载体；产业规划、企业规划以及产品链
