(3)影响本国利益的诸多矛盾

除上述因素外，还有一系列影响本国利益的矛盾在影响中亚国家之间的关系。这是指在领土、水资源利用、移民、生态保护等方面存在的矛盾。这些问题在各国间都不同程度地存在，其中与乌兹别克斯坦的纠葛较多。

1)领土纠纷

中亚国家领土争端由来已久，哈、乌之间的矛盾尤其突出。哈、乌边界1150公里，已明确划分的有1096公里，仍有约4％的领土共39处存在争议。2000年初，哈因对乌单方面在南哈萨克斯坦州萨勒阿什县境内有争议地块划界严重不满，两国关系曾一度出现紧张。2002年以来，哈、乌对一个名叫“巴盖斯”乡的地块的所有权争议又达白热化的程度。该乡目前归乌管辖，但哈认为，这是哈萨克斯坦的领土。居住在这里的哈萨克人宣布成立“巴盖斯哈萨克共和国”，此举遭到乌兹别克斯坦当局的反对。哈方公开表态，巴盖斯是南哈萨克斯坦州的领土。这个争议至今没有解决。除巴盖斯外，在南哈萨克斯坦与乌兹别克斯坦之间还存在两块争议地区，即科克捷列克和阿尔纳萨依，特别是阿尔纳萨依有一处向哈供水的水利枢纽。争议最大的还有土尔克斯坦涅赤。

吉、乌两国领土也有争议。吉、乌边界1400公罩2001年两国联合堪察了994公里，209公里得到双方确认。经过奥什州、巴特肯州、安集延州和费尔干纳州的406公里还没有堪察。吉、乌争议地区主要有巴拉克和索赫两块飞地，加瓦和加瓦萨伊景区。对上述地区边界走向双方立场相差甚远。2002年1月，在吉、乌边界的吉尔吉斯一凯斯塔克村发生乌边防军士兵开枪打死吉边民事件，其根本原因是两国对领土存在争议。针对这一事件，吉向乌提出抗议。为保护边民利益，吉向与乌毗邻地区增派了军队。乌对乌、吉边界地区布雷。吉方说，仅马特肯州边界布雷区就达148公里。乌、塔边界问题更复杂。塔国内有相当一部分人认为，乌布哈拉州和撒马尔罕州是塔领土，是苏联时期硬划给乌的。乌对此说法当然不予认同。

吉、塔边界也不明确。1998年两国划界工作停止。塔方不急于恢复划界工作。哈、吉边界不清的地段共105块，对吉方来说，涉及楚河州、塔拉斯州和伊塞克湖州。2001年年底，吉总统将双方商定的方案交议会批准，结果被拒绝。据说方案中有一个位于塔拉斯州的采石场引起争议，吉地质学家说下面有金矿。领土纠纷是影响中亚国家关系的最大问题之一。

2)水资源的利用与保护

水资源的利用与保护也是中亚国家极为关切的问题。中亚国家中除吉、塔两国外，都是严重缺水的国家。乌、土、哈的农田都要靠河水灌溉。水是上述国家的生命线。苏联时期，水由中央一手调配，虽然也有争端，但问题不大。独立后，水的使用问题只有靠有关国家协商解决。围绕水的使用问题，中亚国家不断开会，但还是解决不了问题。2002年2月，中亚国家为如何利用水资源问题又开了会，仍无果而终。吉、塔两国准备将水利设施私有化，乌对此十分紧张和不满。乌认为，谁控制了塔、吉两国的水，谁就控制了中亚地区，对此反应强烈。乌此说主要针对哈萨克斯坦，因为哈准备对吉水利设施进行投资。从水利用问题上，可以看到中亚国家不和的影子，但却看不出如何利用“一体化”机制来解决问题的方法。水的争端可能成为导致中亚国家冲突、使其分裂而非聚合的又一导火线。