压力短期内难以消除；巨额不良债权还在不断产生；过剩生产能力更难以在短期消化。因此有专家预言解决日本实体经济中投资、人员及债务“三大过剩”问题至少需要3至5年时间。再次，改革与景气恢复形成强烈矛盾。改革的目的之一在于振兴10年低迷的日本经济，但结构性改革将直接造成大量中小企业破产倒闭、大量失业人口，无法避免地引发“社会阵痛”。这种将以牺牲景气恢复为代价的改革在日本上不并未得到完全认同，日本国内的经济学家对此也未达成共识。因此如何处理好结构改革与恢复经济的关系，如何让在野党和民众从较为长远的眼光理解和消化改革对实体经济带来的“阵痛”，将是小泉内阁改革能否成功的关键所在。第四，从一个较长远的时期看，日本的结构性改革还涉及如何提高国际竞争力、产业结构升级，以及如何从出口主导型增长模式向民需主导型增长模式转变等结构性问题，这些课题的解决都说明日本的改革将是一个长期的过程。 
总之，日本经济不仅要解决扩大内需、处理不良资产、再建国家财政等各种难题，最重要的是要对现有经济体制进行全面彻底的改革，这一过程无疑是长期和艰难的。