从退出机制而言，其方法有三。第一，创投公司可利用与下属公司之间关联交易型的“小循环”来施行相应的退出机制。第二，创投公司也有将旗下投资公司卖给其他公司来实行退出。如将深讯公司卖给微软的交易，就给创投公司带来了15倍的投资回报。第三，运作企业上市也是创投的退出方式之一。如2007年6月上市的创投旗下某公司，创投在投资时仅投入了约500万的投入，现在其所占股份的市值为2亿，投资回报达40倍。至2008年，创投旗下又将有近4家企业可以上市，保守估计可带来近3个亿的回报。
　　由于创投是归研究院所有的全资控股下属公司，使得创投的壮大事实上可以视为是研究院自身在不断地壮大。应当注意到，创投在项目的介入上并不会介入得太深。以研究院方面的解释来说是创投事实上是研究院用以接手创办，孵化各个企业甚至是企业的一个工具，而研究院办产业并不是要以自身为主导一手操办下去，当别人具有优势可以将一项目以更有效率的方式运作下去的时候，研究院就会将这一产业通过创投进行转手。而这一转手事实上就意味一个企业甚至是一个产业的顺利孵化。之前提到的深讯就是一例。该例生动地说明了科技成果转化，科技企业孵化与资本市场结合以后的优势：一方面，该项目得到了顺利的孵化；另一方面研究院壮大了自己。
　　依靠资本与科技结合的模式，深圳清华大学研究院从开始依靠政府和学校共同投资的8000万起家，短短十来年时间内已发展为了拥有8亿净资产的巨大规模。在如此发展的同时，孵化出了一批如深讯，托邦电子，力合微电子等等知名的上市企业或成功企业甚至顺利地实现了国家标准的数字电视标准这一产业的推广并且还完成了以2003年非典期间7天创造出实际投产的红外测温仪在内的一系列具有重大意义的科研公关项目，可谓在企业孵化，自身发展，重大项目公关这三个都相当重要的项目上获得了三赢的优良成绩。
　　
　　五、相关政策对深圳清华大学研究院模式的制约
　　从上述的分析中可以看出，深圳清华大学研究院的这一科技企业孵化模式作为一种全新的尝试，包含着很强的新意，并且很是有可圈可点之处。但事实上在实际调研中作者了解到，研究院这种模式在今后的发展途中面临着众多的难题。其中之一即某些相关政策的制约。
　　首先，相关政策有对类校办企业之类的企业或者集团的发展模式的制约，而作为孵化器的研究院有向此类模式发展的倾向。早先，高等院校办企业或是做类似研究院的产物尚有支持。在特定时期，为了提高教工当时较为低下的待遇，这一类的企业或者是机构确实起到了一定的作用。但同时，诸如清华大学这样的品牌，是由中国全体人民共同建立的。而将这样的品牌赋予一些企业或者是机构使得其谋取收益，实际上只是满足了一部分人而不是全体人民的利益。如今也确实有要求深圳清华大学研究院摘下清华品牌的建议。在此情况下，研究院如何根据此类政策与形式的变化继续保持自身的竞争力，成为研究院所需要面对的一个重大的挑战。
　　其次，研究院是借助资本市场的发展而发展迅速。这种发展的目的，本来是要求带来研究院这一孵化器自身的自给自足，但在实际中，研究院这一孵化器却因过度发展而有向着集团公司的方向膨胀的趋势。而这样的趋势与一般要求的科技企业孵化器基本应属于公益事业单位的要求所不相符，触及了某些政策警戒线。
　　最后，由于研究院的能力，其孵化的企业已达千万甚至上亿的级别。而国家定位的孵化的高科技中小企业的规模则为200万～300万的级别。这使得研究院在科技成果转化，科技型企业孵化的国家战略中，迷失了自身，无法在相关政策的定位中找到自身定位。
　　
　　六、对相关政策的评价与建议 
　　应该注意到，相关的政策文件对于我国科技企业孵化器的进一步发展，确实是有着促进的指导作用的。如其中强调的突出重点，强化孵化器的“天使投资人”角色这一概念，事实上正与深圳清华大学研究院这一走在了时代前列的做法相吻合。但是同时也应该看到，投资是有回报的，因此，在各孵化器做类似的天使投资等投资行为利用资本市场来运走科技孵化的时候，更多的补充政策应该被考虑到，尤其是在孵化器投资的退出机制和运作机制上，应该有更明确的指导内容以规范行为，并以相应的法律法规来界定孵化器们在这些运行中行为的合法性。
　　其次，在对孵化企业的定位上，应该做到因地制宜，充分发挥孵化器在区域和产业发展中的先导作用。如讲孵化创业的高科技中小型企业的标准定位为200万至300万这一区间，此为明显的一刀切标准。中国地域广泛，沿海发达地区和中西部不发达地区的差距是巨大的，同样200万级数的企业，在中国的东西两侧可能有着完全不相同的意义。因此，为了适应各地区发展状况的不同，有区分性的中小型科技创业型企业的评定标准应被考虑，使不同地区的孵化器能够真正做到适应地区的发展，在区域和产业发展中起到先导的作用，将我国的科技成果转化，带上一个全新的台阶。