谢林对布鲁诺非常推崇，当谢林开始在德国唯心论之内建立自己的自然哲学时，重返布鲁诺和波墨的传统是对自笛卡尔以来的意识、理性、精神与自然的分裂以及对它的统治的克服。在《自然哲学观念导论》（1797）中，谢林找到了新的认识之路：自然在我们思维中如何为我们而显现，为什么它能与我们的思想不可分地联在一起，也就是说，思维的主体如何成为主体。谢林认为，有意识的、有目的的思维和实践行为建立在无意识的自然之上。自然的创造性在意识行为之外，又与意识、理性、精神等有着共同的根据。与黑格尔不同，谢林认为，自然而非思维才是思有同一的根据。存在的同一性和绝对性是不能还原为我思和理性的，正如弗兰克所指出的那样。谢林于是以有意识活动和无意识活动之分取代了康德的合目的性与机械性之分，指出如果以自我的视角来看，则必然无法达到合目的性的最终根据。据此，谢林批判了康德在自在之物与现象之间的区分所导致的精神对自然的统治以及其自然目的论的根本困境，也同样批判了费希特将同一建立在绝对自我的理智直观而非自然之上。谢林通过对自然现象本身的思辩（如能量守恒、紫外线的存在、电磁现象、生命有机体与疾病、化学反应、级次进化论等）突破了笛卡尔和牛顿的自然观。谢林的思辨物理学是一种不同于古代的活力论或当代的自组织理论的“自然的解释学”，它建立了理解自然、解释自然作为人类意志的根据的原则，因而使评价自然科学成为可能。谢林的思辩物理学、思辩医学、思辩进化论、思辩生物学等都不同于自然科学的解释学，甚至与约纳斯所说的“进化认识论的虚无主义”是根本对立的。在德国哲学传统中只有谢林堪当捍卫自然生态本体论的优先性地位。谢林总是将自然视为人类生存的本体论的关系。谢林将自然视为根据与整全，他与荷尔德林、海德格尔共同分享一种近乎神性的自然观。在生态问题上，谢林绝对是第一个先知。他的自然哲学对重新建立古老的可以克服自然科学认识论和技术形而上学的自然本体论是不可缺少的。
谢林对人的本质的理解可能是西方哲学中最深刻的理解之一。在《先验唯心论体系》中谢林将人视为上帝在历史中借以启示他自身的“自由的演员”：“如果我们把历史设想为一出戏剧，参与表演的每个演员都十分自由如意地扮演自己的角色，那么这种杂乱的表演中的合理的发展过程便只能这样来设想：有一位大师给一切演员制作诗歌，这位诗人写的章句就是各个演员要演的情节，他预先把整个演出的客观效果与各个演员的自由表演协调起来，使得最后一定会真正出现某个合理结局。但是，假如这位诗人不参与他写出的剧本的演出，我们就只是演唱他已经作出的诗句的演员。如果他不是不参与我们的演出，而是仅仅通过我们的自由表演本身，不断把自己启示和表露出来，以至于连他自己的生命也与这种自由不可分离，那么，我们自己便是参与整个戏剧创作的诗人，是我们所演的特定角色的亲自编造人。” 谢林将人视为上帝在世界历史中启示其自身的中介，作为中介者的人是自身的自由生存的自由的演员。人是自己的自由的命运的热爱者。这是谢林的自由生存论的一面。
在另一面，谢林指出人的生存的恶的可能性。恶的可能性来自人的生存中的无意识的、盲目的、意志的、黑暗的、骚动不安的那个核心：自然和根据的引力。谢林还指出这种黑暗的意志类似于生殖的冲动。恶的可能性就象是燃烧着地狱的毁灭的火焰的深渊，人总是时刻处于深渊的边缘。生存中充满了“畏”。这种“畏”不是对于死亡和无的“畏”，而是对生存中的恶的可能性的“畏”。这种恶的可能性使人实际的生存情调弥漫着悲伤和忧郁。在谢林晚期的实定哲学中，这种准悲观主义的生存情态成为未来存在主义的先兆。
在海德格尔所说的相当于康德的《纯粹理性批判》以及黑格尔的否定之否定的谢林的“恶的形而上学”中，恶是理解人的自由和人的本质的关键。谢林17岁时的硕士论文就是《根据〈创世纪〉的第三章对有关人类罪恶起源的古代哲学命题的批判和哲学分析的尝试》。谢林20岁之前就已经将莱布尼兹的《单子论》和《神义论》烂熟于胸。谢林和莱布尼兹一样，从人类自由的本质入手，思考恶的可能性问题，并依据同一性原则，寻求最后的根据，最终归到上帝。在这五个方面二人是相似的。 谢林依然保留了传统的理解人的本质的视界，即从善“与”恶来理解人的本质。如果恶是人类本质的不可根除的严峻的可能性，那么，在前善恶的、非善恶的、甚至是超善恶的现象学、生存论、本体论和解释学中，恶的问题的空白与缺失这一症候意味着什么呢？如果自由不再追问善与恶的问题，不再追问自己所归属的根基的问题，那么，自由如何以理性的方式论证自身的至高无上的地位？谢林忠于基督教的传统观点，认为恶是精神性的，是由人的精神性带入世界的。谢林认为：“恶的东西没有通过自身而存在的力量，在恶中存在的东西是善的东西。”（I/7，341；页263）恶如何有力量？那是因为恶的力量来源于善的力量，恶的力量与善的力量同步增长。恶总是借助善的名义和善的方式推行自己的力量。而对于黑格尔而言，恶是一个经验的概念，是反对世界精神和理性的力量，尽管在“理性的狡计”之下看起来好象恶推动着世界历史。维纳?马克斯就谢林观点说：“一，不同于黑格尔，人的本质不可能只是恶，而是恶在人之中显现出来。道德的东西正在于善与恶之争；二，不同于黑格尔，人的精神不可能从恶中解脱出来，人的精神正在于此一整体性的堕落之中；三，恶不仅体现在个体的自由之中，还体现在普遍性之中。这是一种普遍的现实性，也即恶控制着一个民族的绝大部分人；四，恶也是一种生命力，是生命的自我肯定的形态。因此当历史科学着手研究越轨与偏差的现象时，它自有其合理性。” 对于谢林而言，恶首先就不是一个道德范畴，恶是现实存在的，恶的可能性对于生命本身是不可缺少的，因为“没有它就会是完全死亡、善的沉睡。哪里没有斗争，哪里就没有生命。”（I/7，400；页317）
由于本体论和神义论的恶的问题，人的本质更加难以理解。谢林的本体论神学是从超出人的事物来看人的本质的。对于谢林来说，人是不同于上帝的一个他者，一个上帝启示自身所中介的存在者。人的本质是分有了神性的本质。谢林的上帝概念是与他的自由概念分不开的。谢林是从对斯宾诺莎的自因上帝的批判中发展出来自我分裂和自我启示的上帝，用谢林自己的话说就是，“两极”和“级次”的上帝。谢林的上帝是在理性和观念体系之外的活生生的意志，谢林的上帝概念就是“启示”。谢林说：“这是一个在上帝中被理解的体系，但上帝不是体系，而是生命。”（I/7，399；页316）上帝不仅启示在民族的历史中，还启示在个人的自由中，并且人通过自己的历史，不断地作出上帝存在的证明，而这种证明只能由无限敞开的全部历史来完成。谢林的启示的上帝概念与作为根据的上帝概念是不可分离的。本体论神学的“根据律”就是上帝的启示，其中最高的争执是斯宾诺莎所说的上帝的自由与必然性，而人的自由归属于上帝的自由之中。谢林认为只有上帝
