由于元代实行一省制，所以，元代的枢密院也与宋代有所不同。在中统四年以前，军权在中书省，中统四年建立枢密院，兵民分治。然而中书宰相在军务上，特别是在军事行动上，仍然有较大的权力。至元七年(1270年)，蒙古人嫌中书枢密分权不方便，曾有合并枢密于中书之议，幸亏熟知中原制度的儒臣许衡上奏陈述厉害，强调中书枢密互相制约的重要性，才使枢密院保留下来。这一合并动议，说明元代宰相在军事上具有一定权力，枢密院实处于宰相节制之下。同时也说明元人对官职机构的分权制约并不看重。因之，元代在枢密院设立后，其实际运作中与中书省分治的情形较少，而合议的事项极多。有军国大事，往往是中书省和枢密院共议。中书省的宰相，有不少兼领院官。遇有涉及民政财政的军务，由中书省派平章政事商量院事。特别是宰相兼领各卫亲军，统领着军事实力，使枢密只能听命于宰相。
　　
　　三、功能异化的监察机构
　　
　　在廉政上具有重要作用的是御史台。辽金的御史台未发挥出多大效能，到了元代，忽必烈对御史台较为重视，说：“中书朕左手，枢密朕右手，御史台是朕医两手的。”元代御史台是中央最高监察机构。长官为御史大夫，辅贰为御史中丞，下有侍御史、治书侍御史等。下设殿中司，置殿中侍御史二人，纠察百官朝仪。设察院，置监察御史三十二人，刺举官吏，纠劾非违。御史台之下，设有两大行台，即江南行御史台(简称南台)和陕西行御史台(简称西台)，御史台和行台之下，又设有二十二道肃政廉访司。
　　元代的御史台，不但一直有直接奏事的权力，而且严格执行自任官属的惯例，这种自行选任御史的制度，使其独立性远远高于枢密院，也有利于发挥其监督职能。元代中书省的宰相可以兼领枢密院，但绝对不能兼领御史台。其原因在于御史台的主要监督对象就是中书省。正因为有这样一种制度，所以，元代御史弹劾宰相的事例非常之多，从世祖到顺帝几乎每个皇帝执政时都出现过，而且一旦御史弹劾宰相，往往是采取集体行动。如延祐四年(1317年)，内外监察御史四十余人共同弹劾右丞相铁木迭儿；后至元元年(1335年)，御史十九人联名弹劾平章彻里帖木儿；至正七年(1347年)，监察御史弹劾右丞相别儿怯不花，顺帝不听，御史台所有官员皆上交印绶辞职。整个元代，台省互相抵牾，常有矛盾，正是发挥了监督作用的表现。
　　但是，御史台的监督作用，归根结底需要得到皇帝的支持，如果皇帝支持宰相，则御史台往往不能履行职权。一旦皇帝需要，就会对御史台的这种监督权加以限制。即使开明如忽必烈，也曾下令不让御史台过多监督中书省。至元十五年(1278年)，忽必烈就“从阿合马请，自今御史台非白于省，毋擅召仓库吏，亦毋究钱谷数，及集议中书不至者罪之。”极大地削弱了御史台的审计监督权。其后，只要皇帝不高兴，就会对违背旨意的御史任意惩罚，或笞杖，或左迁，或流放，或杀头，致使御史台出现了“台官以下，察院之属，闭口吞声，见如不见，安居高坐，罔若不闻”的现象(见《历代名臣奏议》卷一六《建官门》引赵天麟奏议)。到元代中后期，宰相权力逐渐渗透进了御史台，御史台的弹劾纠察已经成为权力斗争的工具，监督作用全失。
　　
　　四、以吏为主的铨选制度
　　
　　在官吏选拔上，辽金元都曾实行过科举制，但远远不及宋代发达，在制度建设方面差之甚远。在官吏铨选、任命、考课、奖惩等方面，辽金元有一些关于廉政的规定，但内容上粗细不等，制度之间的配套也不够。
　　辽国在官吏选拔与管理上，制度极为粗疏，带有较多的契丹部落时代痕迹。金国的汉化较为彻底，其铨选由吏部掌管。中央三品以上，地方五品以上，以及监察御史，由皇帝任用；六品以下，由尚书省拟定复奏；八品以下，则不须奏闻。金章宗明昌三年(1192年)，还仿唐制建立了铨选考试书判之法，识字者试以书判，不识字者问以疑难二事口答。在金国的铨选中，有“犯选格”的规定。“诸曾犯公罪追官，私罪解任，及犯赃，廉访不好，并体察不堪临民，谓之犯选格。”犯选格者起初不能再仕，后改为每追一宫殿选一年，还有“停铨”之制，即任满后不予再任。吏员亦有铨选之法，主要按劳考和考试升迁。
　　元代对廉政影响较大的，是宿卫和吏员人仕。就拿宰相来说，元代的宰相，绝大部分出身于宿卫和吏员。宿卫是赳赳武夫，吏员则老奸巨猾。在儒和吏的关系上，元代偏于吏而排斥儒，引发了史家的感叹。在重吏轻儒的总方针下，饱读经史的文士被视为迂阔而遭到冷遇，娴熟刀笔的吏员被视为务实而得到重用，泰定时，人称“由进士入官者，仅百之一，由吏致位显要者，常十之九。”这不仅反映了吏员占官吏队伍总体比例之大，而且反映了高级官员中的吏员之重。在用人上重吏，对廉政有着导向性的影响。宰执大臣大都是吏员出身，逐渐改变了官场风气和官员的价值准则。“台阁之位，率取敏锐材干、练达时事者居之。其效官举职，治繁理剧，固不乏人；而格君经世，蹈道迪德者，盖未多见也。”(王结：《文忠集》卷四《书松厅事略稿》)后代曾有过“宋亡于儒，元亡于吏”的观点，虽然不尽全面，但反映出了宋代和元代在官吏队伍构成上的偏失。这种结构性问题，肯定会对廉政造成影响。
　　元朝重吏，所以对以吏人仕的选拔制度规定较多，其中不乏具体的廉政举措。元代对吏员实行考试、递补、岁贡制度。具体规定为：“各路司吏有阙，于所属衙门人吏内选取，委本路长官参佐，同儒学教授考试。习行移算术字画谨严，语言辩利，《诗》《书》《论》《孟》内通一经者为中式，然后补充。按察司书吏有阙，府州司吏内勾补。至岁贡时，再行试验贡解。凡试验，首论行止，次取吏能，次计日月。行止日事父母孝，日友于兄弟，日勤谨廉洁，日谦让，日循良，日笃实，日慎默，日自来不犯赃私罪过。吏能日行道熟娴，日语言便利，日通习条法，日晓解儒书，日算术精明，日字画端正。”每年由按察司和诸路总管府考察推荐吏员到中央，谓之岁贡。“诸岁贡吏，当该官司于见役人内公选。以性行纯谨、儒吏兼通者为上，才识明敏、吏事娴熟者次之，月日虽多、才能无取者，不许呈贡。”“元贞元年，诏诸路有儒通吏事，吏通经术，性行惰谨者，各路荐举，廉访司试选，每道岁贡二人。省台委官，立法考试，必中程式，方许录用。”岁贡到中央的吏员，先在六部任令史等职，御史台和枢密院令史从六部令史中选取，中书省掾从台院令史中选取。