学、形式逻辑训练和怀疑、辩论的习惯，成为传统文化向现代学术转型的严重障碍。
    2．考试四书五经的科举制度把中国人的精力消耗殆尽，但培养不出足以安邦治国的适用人才。 
    有识之士早就指出考试的内容完全不切实际。继顾炎武在17世纪猛烈抨击科举制，指出“废天下之生员而用世之材出” 之后，“1745年（乾隆九年），兵部侍郎舒赫德上奏：科举徒尚空言，不适实用，请予废止，别求遴选真才之道。” 而科举制度的利益指向又十分不利于研究科学。利瑪窦写道：“钻研数学和医学并不受人尊敬，因为它们不像哲学研究（指读四书五经）那样受到荣誉的鼓励，学生们因为希望随之而来的荣誉和报酬而被吸引。这一点从人们学习道德哲学深感兴趣，就可以很容易看到。” 
    再加上意识形态干扰，学术问题政治化，圣贤的经典和皇室成了绝对不准怀疑和触犯的最高权威，“离经叛道”和对皇帝的“大不敬”是随时可以置人死地的最严重的罪名。与此相适应，一批装扮成“卫道士”的鬼蜮频频告密求荣。于是，文字狱史不绝书。康熙皇帝亲政后就有十起文字狱，而在他亲政前还有八起，其子孙则变本加厉。在这样的情况下，思想和学术生机自然摧残殆尽了。
    第三．有没有容许辩论和保护“罪犯”的机制。 
    西方也有过政治和宗教干预教学和学术的严重事例。可是，辩论启迪智慧。他们在逻辑课程中必须经历的最少长达一年的辩论训练，以及经常举行的“研究”、“辩论”和“随意性辩论”活动，有利于理性和创新精神的成长。加上教权、王权和不同教派之间的矛盾，在知识阶层中不断有批判力量涌现，甚至成为声势很大的流派。例如，1277年，巴黎大主教斯特凡·坦比尔宣布有219条异端邪说必须禁止。多米尼克修会便丝毫不加理会。神学院的一位教师还“提出了详尽的、无情的批评。他要求撤销这一荒唐的文件，因为它的禁令可能阻碍科学的进步，并要求允许和它不同的见解。” 此外，教堂和修道院有保护“罪犯”的特权，这也对学术和思想的发展起了良好的作用。被誉为“巴黎人的骄傲”和十二世纪“第一个伟大的新时代的知识分子，第一个教授”的革新派神学家、逻辑学和伦理学家比埃尔·阿贝拉尔（1079－1142）遭遇严重迫害时就曾受到两个修道院的保护。 
    此外，西欧分裂为众多小国，不见容于本国的人们可以轻易逃亡他乡，亦为思想和学术的发展增添了一重保障。 
    但在中国，孔老夫子早就立下规矩：“不可不诛”的五条大恶中，有三条是言论罪：“言伪而辩”，“记丑而博”，“顺非而泽”。 圣人的教导被确立为是非标准，加上大一统的局面，关山飞渡难，除了春秋战国时代小国分立，可以随意择主而仕、朝秦暮楚而不必担心被人视为卖国贼外，思想者的命运注定十分艰难。
    第四．有没有保护知识阶层的组织。 
    在中世纪西方，有保护教师利益的行会，大学享有特权，逐步发展出大学独立、学术自由制度。大学的词源universitas意思就是行会，是学者的行会，正当地谋取自己的利益。大学独立就是在这个基础上逐步发展起来的。“在巴黎，教皇塞勒斯丁三世于1194年赐予大学社团第一批特权……1215年教皇的使节……授予大学第一部正式法规。1231年……格雷高里九世，通过著名的被称为大学‘大宪章’（Magna Charta）的教谕(Parens scientarium)，给予大学新的法规。”“大学社团组织的权力，依靠三种主要特权：法权自治……罢课和分离独立的权利，独揽大学学位授予的权利。” 这些权利是在反对教会势力和王室势力的反复斗争中得到的。统治者总是力图控制一切社团，大学更不例外；但在冲突中统治者被迫作出让步，从十三世纪起，大学独立逐渐成为现实。 
    古代中国知识阶层也有集会结社，但多半是诗酒自娱的雅集或小团体。除在社会危机特别严重的时期有政治性的结社外，没有出现名正言顺为知识阶层谋取行业性利益的团体。因此，从太学、国子监到县学的官学系统固然一直是统治者的教化工具，即使是民办的书院也没有维护自己的权利和改变教学内容的强烈愿望。以大学独立、学术自由为标志的现代大学自然不可能在此基础上生长出来。 
    回望17世纪以来的中国，最令人震惊的应是皇帝老子及其大臣们的愚昧。而这个状况又是知识阶层群体性愚昧的表现，这是先秦以降精心构建的以盲目民族自大为基础的自我封闭的必然产物。19、20世纪中国社会转型如此艰辛，代价如此巨大，说到底就是冲破这个思想堡垒的艰辛和代价。不过，这个思想堡垒所以如此坚固，其根源又在深具东方社会特性的社会深层结构。

  宗法专制的上层结构
     
    中国传统社会结构的致命缺陷在于长期保留着非常强大的中央集权的宗法专制政治体系。正如诺贝尔经济学奖得主诺思所指出：“国家的存在是经济增长的关键，然而国家又是人为经济衰退的根源”。 上述经济自由和思想、学术自由的剥夺，不过是这一上层结构的派生物。就上层结构而言，中西差别十分突出，对各自的发展影响巨大。
    中西权力系统的首要差别在于权力是集中统一的还是多元并立的。 
    在中国，权力集中于宗法专制体系。自从秦始皇统一全国，建立专制的中央集权体制以来，除了分裂时期，中国很少出现足以同皇权抗衡的封建领主。与此同时，从本土的道教到外来的佛教，神权大体上也是政权的依附物。中国没有国教，学界对儒家是不是宗教也有争议，但有一点是无可争议的：中国的政权和教化大权是合一的，君师合一，各级统治者都是师。思想和教育没有受保障的独立地位，只剩下一个合法的职能：做统治者思想统治的工具，把圣贤的教导、传统文化特别是皇帝的“圣谕”灌输给子民，让他们服服贴贴做顺民。明代有“圣谕”六条；康熙皇帝炮制了“圣谕”十六条，雍正皇帝详加解释，目的是要百姓“只遵圣教，摈斥异端，直如盗贼水火。” 宗法专制的大一统成了中国传统社会的主流。与之相适应，知识阶层也把大一统的观念视若神明。其必然后果是民众的自由空间非常狭窄。 
    而在前现代的西方虽然也有政教合一的黑暗年代，但王权和神权毕竟基本上是两个独立的系统，尽管双方的关系错综复杂，不能简单地归结为服从还是对立，双方的矛盾连绵不断；再加上分封制一直存在，国王与受封的领主、贵族以及领主、贵族与其家臣之间，有明确的权利与义务，实际存在着一种互相制约的契约关系。这三个系统的博弈和权力多元的局面，开拓了一个较大的自由空间。
    社会权力单一还是多元必然影响权力的整合方式。 
    一般说来各个氏族或民族早期都有过军事民主。满族入关前，实行八旗的旗主贝勒共治国政制度，以后逐步扩大，形成了议政王大臣会议制度，体现了有限的原始的民主。但它慢慢成了专制君主的附属物；至雍正皇帝设立军机处后，其权力更日益削弱乃至消亡。 
    与权力单一的专制体系迥异，多元社会下的国王冀图为所欲为极其困难，在各种势力裹胁下，常常被迫听取各方意见，寻求妥协，从而催生出议会制度。在英国，十三世纪的时候现代议会的雏形已经形成：1265年开过一次由各郡、市和自治市各派出两名代表组成的议会，它失败了，但“这个议会由于具有最广泛的代表性而成为近代代议制议会制度的起源。” 三十年后，“爱德华一世于1295年召开的大议会已经被当作第一个英国议会珍藏在历史中。绰号‘模范议会’的这个机构包括了来自较小的贵族、教士和自治城市的代表。” 而在此之前，由于1199年就任的英国国王约翰实行残暴统治，并在与教皇英诺森三世争夺对坎特伯雷大主教的任命权中失利，1215年，贵族、教士等联合起来，集结武装向伦敦进发，要求国王给予他们更多权利，迫使国王签署了著名的《自由大宪章》。 英国乃至世界的宪政从此翻开了新的一页。在它的63条条文中 ，明确规定：
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