而錢先生整部《中國思想史》的作意則在於「抉發出中國思想之真實的生命」：
本書旨在指示出中國思想之深遠的淵源，抉發出中國思想之真實的生命。學者由此窺入，明體可以達用，博古可以通今。庶乎使中國民族之將來，仍可自有思想，自覓出路。[24]
必須明此民族思想的真生命，才能使中國民族的未來「仍可自有思想，自覓出路」。現實的中國一片混亂與災難，然而悠久歷史的真生命必然不會斷絕，其精義與精神也必然在未來發揮作用。錢先生這番話，足以讓人聞之興起。[25]昔年章實齋曾說：
天人性命之學，不可以空言講也。......故善言天人性命，未有不切於人事者。三代學術，知有史而不知有經，切人事也。後人貴經術，以其即三代之史爾。近儒談經似於人事之外別有所謂義理矣。[26]
談義理不可離開歷史中實際的人事，繼往聖的絕學，必須切於古人的人事。錢先生不離具體的歷史來發揮先賢的學術思想，這依然繼承了「浙東之學言性命者必究於史」的傳統。而他對於民族與文化真生命的發揮，則似乎有得於陽明學的精神。錢先生在《陽明學述要》一書的最後結論說：
此後講王學的，能把浙東和顏、李及戴、焦三派，融和會合；再歸之浙中、江右、泰州，萬派歸宗，而溯源於陽明；一爐共冶，海涵地負，再從博雜見精純，再從艱深得平易，庶乎重發陽明良知精義，為宇宙開奇秘，為斯民立標極，那便是命世的豪傑。[27]
萬派歸宗，而溯源於陽明，以發明良知精義，這是就陽明學的流衍而言。若就儒學而言，則是千門萬戶同歸宗於孔子。若進而論民族文化精神，則又必須包納百川千江，一爐共冶，「從博雜見精純，再從艱深得平易」，以見其真生命。錢先生早在寫《國學概論》與《陽明學述要》時，便已然企圖從史學中重新發明古人言行的精義，以「為斯民立標極」。他有關歷史文化精神的說法雖成於晚年，其淵源早見於此時。
錢先生為學為人均踏實謹慎，不好空論。在《國史大綱》以前所為，大抵均屬歷史性與考據性論文，其目標限於求歷史真相，為古人鳴不平。二次世界大戰期間，西方文化的問題紛紛呈現，錢先生乃決心公開提倡中國文化，並進一步比較中西文化之得失。民國三十二、三年間，錢先生在《思想與時代》發表《中國文化史導論》的初稿，從探索文化的整體性質這一角度，分期敘述中國文化各階段的主要特質、歷史意義、及貫串歷史全程的文化特性：
此後造論著書，多屬文化性，提唱復興中國文化，或作中西文化比較，其開始轉機，則當自為《思想與時代》撰文始，此下遂有《中國文化史導論》一書，該書後由正中書局出版。是則余一人生平學問思想，先後轉捩一大要點所在。[28]
錢先生後期的各種通論性著作，大抵都在此一觀點下繼續發展。而其根源，則可上溯至《國學概論》時就已使用的學術史觀點。[29]在《中國文化史導論》及其後的文化研究中，文化的真生命，民族的真精神，成為一種擴大的道統觀：
宋明兩代所爭執之道統是一種主觀的道統，或說一線單傳的道統，是截斷眾流，甚為孤立，紕謬甚多。真道統則須從歷史文化大傳統言，當知此一整個文化大傳統即是道統。[30]
然而這種新道統觀，並非固守傳統排斥外來，而只是要讓國人認清傳統文化的基本特色與價值，以為民族文化的未來開啟新生的契機。這種文化史研究以及擴大的道統觀，一方面有得於現代學術界的刺激與啟發，一方面也是理學與浙東史學的新發展。[31]
（三）從學術思想史的角度重研理學
錢先生的學術、思想、文化史研究之背後雖然頗具理學的精神，然而發掘歷史真相，不離事而言理，仍然是他學術研究的最高指導原則。他大陸時期的著述為了替古人鳴不平，必須與當時重考據的學術界對話，所以幾乎多為歷史性的論文。面對豐富的古典遺產，也只有用史學的角度，才能兼容並蓄，分別發明其意義。至於錢先生所得力最深的理學，反而很少作為他論述的對象。錢先生第二本有關理學的專書《宋明理學概述》成於民國四十二年。他在序言中說：
平居於兩《學案》最所潛心，而常念所見未切，所悟未深，輕率妄談，不僅獲罪於前儒，亦且貽害於當代。故雖私奉以為潛修之準繩，而未敢形之筆墨，為著作之題材也。[32]
經過了長期的實踐，飽讀有關理學、禪學的著作，又歷經大時代動亂的磨練，錢先生才敢於發心闡述理學，而其態度依然十分敬謹：
雖自問智慮短淺，修養工疏，而寢饋宋明理學，前後已逾三十載。聊示學者以門徑，雖或詮釋未當，衡評失理，當可見諒於古人，見諒於來者。[33]
重點放在「聊示學者以門徑」，亦即學術上的淵源、異同與得失。全書從「宋學之興起」開始立論，歷數各家學術與思想的緣起、特色、貢獻與影響，為典型的學術思想史寫作法。書中的觀點亦早已不受限於理學：
初期風氣，頗多導源於韓愈，因遂注意於文章。北方如柳開、石介，南方如歐陽修、王安石，更屬顯見。惟其注意文章，故能發洩情趣。人生必然與文藝結不解緣，而中期則絕少對文章有興趣。周敦頤先已有「虛車」之譏。韓愈說：「文以載道。」文不載道如虛車。但二程兄弟，講學多用語錄體，直如禪宗祖師們，雖是潔淨樸實，但擯棄文學，便減少了活的人生情味，不能不說是一大損失。[34]
文章、政治、教育，三大項目之活動，中期都較前期為遜色。即論學術著作，初期諸儒，都有等身卷帙。……中期諸儒，在此方面亦不如。[35]
對於北宋初期諸儒活潑開闊的為學風格與多方面的成就特別稱許，同時指出後代理學家的基本嚮往也從初期宋學轉來：
北宋初期諸儒，……有一共同趨嚮之目標，即為重整中國舊傳統，再建立人文社會政治教育之理論中心，把私人生活和群眾生活再紐合上一條線。換言之，即是重興儒學來代替佛教作為人生之指導。……後代所謂理學或道學先生們。這些人，其實還是從初期宋學中轉來。[36]
同樣的觀點亦見於《朱子新學案》一書。該書提綱首先敘述北宋初期儒學之發展，而後論述朱子如何集理學之大成、宋學之大成、漢唐儒之大成，是即朱子如何集孔子以下儒學之大成。至於以下分類論述朱子之思想及其經學、史學、文學與其他各種學術亦以發明真相為目標，並首重其學說之背景：
治一家之學，必當於其大傳統處求，又必當於其大背景中求。本書采錄朱子所言，止於組織條理，讀者自可因文見義，不煩多所闡申，此亦竊師朱子教人解經注書之遺意。…... 其他茍有所發揮，則胥於大傳統處，大背景中，稍作指點，使讀者於傳統中見朱子之創闢，於背景中見朱子之孤往。[37]
及其學術思想的首尾演進：
本書敘述朱子，尤重在指出其思想學術之與年轉進處。在每一分題下，並不專重其最後所歸之結論，而必追溯其前後首尾往復之演變。[38]
依然是用學術思想史的角度來研究理學。至於書中所述朱子與宋代學人之關係，更可見錢先生深湛的史學功力。
錢先生認為朱子志在繼承與擴充儒學的傳統：
僅求以理學來擴新儒學，卻不喜理學於儒學中有走失。所謂擴新與走失，則亦一衡之於義理之至當，非是孔孟所未言，即認之為走失。[39]
並從融合前人的說法中，創出新義，並組織成思想的大體系：
其實朱子言鬼神，雖亦一一引據古經籍，顯與古經籍中觀念有分歧。朱子又因而推及於魂魄義、祭祀義，要之皆是雜糅新舊，自創一說，合而組成一思想大體系。[40]
其學問無所不究：
理學家語錄，大率多談性理，朱子《語類》，則上自天地之所以高厚，下至一物之微，幾於無所不談。[41]
而一歸於大中至正的孔子。這些態度，都與錢先生本人非常接近。所以錢先生對於朱子的學術特別推崇。然而於其推崇中，卻依然不失洞察時代特色與古今之變的歷史眼
