哲学研究选择宗教的研究方法，这决定了它的研究起点是从自我肯定处立论。信仰不能证明自己。对佛教的哲学的攻击集中于这一点：他们从那儿出发的那个命题只是被信仰承认的，而绝对不能被逻辑证明。
坚持哲学的理性立场的人认为，只有逻辑上自明的、必然为真的命题，如“所有活着的人都还没有死”，“没有人比他自己更高”等才是无需证明的，其他任何命题都不能不证明，否则，它总会面对层出不穷的怀疑，这怀疑乃是来自人求知的本能和天性。
给信仰留出地盘的人则认为，“灵不灭”“佛性真如存在”这样的信仰类命题也属于自明的、必真的和自足的命题，既无须证明的，也无法证明。只要反观内心，我们自然会知道这些命题为真。保证这些命题为真的不是别的，是个人的心——为什么它是真的？因为我相信它是真的。
以心为证在理论上要面对的难题很多。但凡一个人说他“相信”某事，其实说明他并不“知道”此事。“确实相信某事（灵不灭）为真”跟“确切知道某事（英国和法国之间发生过玫瑰战争）为真”显然不同，我们也不必“相信”太平洋是地球上最大的洋，因为它“就是”四大洋之最。当然，佛教的哲学研究者并非完全不能为自己辩护。所有进行哲学思考的人在理解分析世界万物时，无论他如何宣称从完全的虚空、“怀疑一切”、没有预设的地方开始，事实上都基于某种哲学观念，那么，基于佛教观念和基于唯物主义的原子论观念有什么本质的区别呢？另外，他们认为信仰类命题不是不能证明，而是无需证明。
但不管怎么说，这些辩护是无力的，虽然哲学家本人在著述之前也许已经有所确立或预设，但他的证明却是从常识和公认的自明命题开始的，没有一个哲学体系是从“我相信”开始建立的，而佛教不行。我们也有理由只承认逻辑上自明的命题是无须证明的，而把信仰类命题排除在无需证明的命题范围之外。而且佛教的哲学研究确实面临很多问题，主要是在某些时候要牺牲理性，比如佛教显然不能很圆满的解释其教义中大量的自相矛盾之处，有些描述（如中阴和涅槃）也以因为理性的缺席而显得含糊。
最糟糕的是，佛教的哲学研究以佛教为本的立场决定了它是停滞的和没有生命力的。
在佛教哲学研究中，我们首先必须预先设定，在佛教和哲学的结合地带是有真理的，其次，我们从事佛教哲学研究，是试图发现这些客观真理，佛教哲学被认为是寻求真理的活动。
对于真理，人们有三种态度：一种认为真理不可知，所以他们可以干任何事情，只是不能寻求真理；一种认为真理可知，而且自己已经知道。他们可以干任何他们认为是真理允许他们干的事；一种觉得真理应该是可知的，所以他们寻找真理，在他们找到之前（也许他们永远都找不到），什么也不能说，他们对真理是最没有发言权的，而真理恰恰因为他们才具有真正的生命力，获得生生不息的活力和发展的动力。佛教的哲学研究属于第二种情况，佛教已经穷尽了真理，佛教的哲学研究只是加深对真理的理解。它不是发现真理的活动，这与佛教哲学研究的基本精神相违背。
总的来说，佛教的哲学不能为其合法地位提供充分的论据和论证。
需要说明的是，我们说佛教的哲学不具有合法地位，只是指佛教的哲学研究不是我们所说的佛教哲学研究，并不表示它在佛教和佛教研究中没有合法地位，佛教的哲学是对佛教教义的一种研究，是佛教教内事物，从事佛教的哲学研究（如慧远的“神不灭”论）和鸠摩罗什入住逍遥园西明阁大举译经、玄奘偷越国境西行求法、道信改变头陀行而“择地开居”一样，都是为了佛教事业的发展，这些活动自有其意义和价值，只是与我们所说的佛教哲学研究无关。
另外，我们说佛教的哲学不具有合法地位，也并不是说教中人士就不能进行佛教哲学的研究，或者他们的研究都没有价值，无论研究者是谁，无论其个人对佛教的情感如何，只要这种情感没有影响到立论的逻辑严密性和论证的科学性，其研究成果都是可以被接受的，如僧肇的“解空”和池田大拙的禅学研究。只不过在这种情况下，他们研究的不再是佛教的哲学，而是后面将说到的“佛教的哲学”。
佛教的哲学研究坚持哲学的立场，对佛教进行哲学的探索和研究，用哲学的思维和表达方式来理解研究佛法，其研究成果是哲学的有机组成部分，哲学是目的，佛教只是哲学的研究对象，对佛教教义的态度是为我所用，删繁就简。这种佛教的研究行为和研究者是否有佛教信仰关系不大，没有信仰的人可以旁若无人，一路直下，甚或从自己的哲学主张出发，批评最基本的佛教教义（比如以唯物论批判神不灭论），他们自然能够接受“佛教的哲学”；有信仰的人可以在一定范围内进行哲学探讨，遇到与信仰冲突处，调整哲学主张与其信仰和谐贯通，或者止步搁置便是，所以他们并非完全不能接受“佛教的哲学”。
当然，说佛教的哲学没有受到过怀疑，并不表示它已经被论证，更不表示具有合法性。
细分起来，所谓“佛教的哲学”又分为两种：在佛教外部进行的“哲学地研究佛教”和进入佛教内部的“研究佛教的哲学”。前者是对佛教进行哲学的思考、探索和研究，用哲学来理解和研究整个儿的佛教：为什么会有佛教信仰，佛教在哲学和哲学史上是否有意义，有什么意义等等。比如黑格尔用他的哲学研究佛教的结论是，佛教只是有限宗教，不属于哲学的范围。后者是用哲学的思维框架和表达方式理解和研究佛法，比如从宇宙论角度（宇宙的基本构成）理解佛教的“极微”概念，从本体论角度（存在之为存在本身）理解“空”和“有、无”，从形而上学角度（决定论和自由意志）理解因果，从伦理学角度（人生的意义、价值和终极目的）理解八苦和涅槃等等。
在外部进行的哲学地研究佛教在佛教哲学中不具有合法性。哲学是对世界总的认识，当然也可以对佛教进行总的认识，这是没什么问题的，从外部进行佛教研究能够获得一个超越的位置，于哲学是深刻的，但是于佛教则是隔膜的，从实际效果来说，往往有助于哲学，无助于（甚至有损于）佛教。这样的研究（比如黑格尔的工作）不在佛教哲学的范围内，就像佛教的哲学研究完全是佛教内部事务一样，从外部进行的“哲学地研究佛教”完全是哲学内部事务，同样与佛教哲学这门学科无关。
从内部进行的研究佛教的哲学要复杂一些，用哲学的方法进入佛教内部进行研究，既保证了哲学的独立地位，又对佛教怀着理解和同情，既有利于哲学的发展，也有利于佛教的进步，无有偏废，而且深入。但是“佛教的哲学”本身有个巨大的内在悖论，事实上，佛教和哲学的差别不言自喻，佛教是虔诚地相信，哲学是深刻的怀疑，一个被广泛谈论的宗教和哲学的根本区别是信仰和理性的不同。在基督教哲学中，信仰和理性的关系问题是基本问题之一，在佛教哲学中，这个问题同样不能绕过，佛教诉诸信仰，哲学诉诸理性，佛教的哲学就是信仰的理性。所谓“信仰的理性”，既不是只对理性进行信仰式的推崇，也不能被理解为对信仰进行理性分析（如果这样的话，就是从外部研究佛教了），而是指信仰中的理性。信仰中有理性成分吗？佛教中有哲学吗？从内部研究佛教的哲学，是否可能或成立？
