蕺山的这种格物致知说只有形式意义而无实在的哲学内容，那么他何以会提出此说呢？究其动机，是为了解决《大学》的文本问题。具体说，是为了寻求“格物致知”传的下落。
在宋明儒者中，《大学》一书被奉为进学的矩矱，自朱熹提出格物致知传亡佚之说后，许多儒者耿耿不能释怀。虽然朱熹补上了传文，但仍觉权威性不够，而且许多人根本不接受朱熹的补文。这样，就有一些儒者千方百计试图在古本内找出格物致知传的下落。如董槐、王柏、黎立武、蔡清和高攀龙等人，虽然他们在具体说法上不尽一致，但都认为传文不缺，而且认为“致知”即是致“知止”、“知本”之知。在此问题上，蕺山也是持此类主张的儒者当中的一员。他看到人们对格物致知说法纷纭，莫衷一是，便发出“呜呼！斯道何由而明乎”之叹。14直至晚年，仍不能释然。于是，“积众疑而参之，快手疾书，得正文一通”。15此即《大学古文参疑》一书之由来。在此书中，蕺山把“物有本末”、“缗蛮黄鸟”、“知止而后有定”等诸段文句连缀在一起，以当“格物致知”的传文，足以表明，这种格物致知说是出于弥缝《大学》文本而为之的，与其自己的哲学思想并无必然联系。因此，不妨将其对“格物致知”所作的这种解释称为“文本解释”。
二 蕺山对格物致知所作的实质解释。
蕺山是明末极富创造性的思想家，又笃信《大学》，甚至认为“是篇特中天下而立，永为学问鹄，虽六经可以尽废”16。这样，他必然要以《大学》来证成其思想，或者坚信自己的思想就是《大学》的真义。既然其对格物致知所作的文本解释仅具形式意义，未能与其思想内在地契合起来，那么，要达成此一目的，他势必要对作为工夫起点的“格物致知”作实质性的解释。
（一） “知止”、“知本”内涵的能动化、工夫化
在文本解释中，“知止”、“知本”的含义是知道“当止之地”和“根本所在”；“止”、“本”的都是意义不确定的虚位概念，是“知”的对象。相应地，“知”也是有对待的认知之知、知性之知，而非道德本心的自觉、自知之知。文本解释中的“格物”之“物”，特指意、心、身、家、国、天下这六项内容，并非专指“本物”而言。格究这六项“物”后，所得只是知道其间的本末、先后关系而已，并不能成就德行。欲使格物致知成为切实的工夫，第一步可将“知止”、“知本”的内涵加以扩延，并使“格物”之“物”转向“本物”。蕺山就是如此做的。他说：
格物莫要于知本。知本者，知修身为本而本之也。17
夫所谓知本者，依旧只是知“诚意”之为本而本之，不是悬空寻个至善也。18
盖惟知本，斯知“诚意”之为本而本之；本之，斯止之矣。亦惟知止，斯知“诚意”之为止而止之；止之，斯至之矣19。
可以看出，在这些言论中，蕺山把“知止”、“知本”的内涵，扩展到“止之”、“本之”这层意义上了。“止之”、“本止”，即是在“当止之地”和“根本所在”做工夫之义。这样，“知止”、“知本”便成了能动的工夫，不单是知道“当止之地”和“根本所在”这层意思了。否则，便是“悬空寻个至善”。
为使格物成为本质工夫，蕺山还把在文本解释中包括“本物”和“末物”在内的“物有本末”之物，换成单指“本物”而言的物，如“独体”等。他说：
慎独是格物第一义，才言独便是一物。此处如何用工夫？只戒谨恐惧是格此物正当处。20
独自有知，知不离独。致自之知，格自之物，只是“无不敬，俨若思”而已。21
“独”，即独体，在蕺山哲学中指本体。如说：“‘鬼神之为德，其盛矣乎’，指独体也，天命之性也。”22蕺山把独体当作所格之“物”，把慎独、戒惧当成“格物”，则格物即成切实的工夫，其义与慎独也融为一体了。
为使格物致知不流于形式，蕺山还把格物致知与《中庸》的学问思辨等量齐观。他说：
“致知在格物”，《中庸》明有疏义，曰“明善”是也。然《中庸》言五者之目（本文按：指学、问、思、辨、行。），而《大学》止言格致，不言所以格且致者何也？曰：此五者之目，已括在《大学》二字内，此直言其所谓道耳（本文按：指《中庸》之“道问学”。）。故曰：“如切如磋者，道学也。”此格物之功也。23
在蕺山哲学中，格物致知虽有“道问学”的意思，但不是泛穷物理，而是针对本体去做学问思辨工夫，因而，可视为“知止而止之”、“知本而本之”所暗含的内容。因为要在当止之地、根本之处做工夫，必定要有学问思辨以助成之。
总之，蕺山把“知止”、“知本”的词义扩延至“止之”、“本之”；“止”、“本”由文本解释中的名词转用为动词；所格之物由原来的意、心等六项转为独体一项，使格物致知能动化、工夫化了。经过这一番词义的扩展转化，格物致知由纯形式转向切实工夫的第一步即告完成。第二步便要确定“止”、“本”的确切内容。
（二） 格物致知的实质解释
“止”、“本”的具体所指，取决于哲学体系的本体。体系不同，相应的“止”、“本”的内容也不同。蕺山的思想前后有变化。大致可以《独证编》为界，此前宗阳明良知学，此后自立诚意学。这里只论蕺山诚意学体系成立后其对格物致知所作的实质解释。
蕺山五十九岁时著《独证编》24，提出“意者心之所存非所发”的主张25。其后经不断阐发、扩展，遂建立起诚意学体系。在诚意学中，“意”成为本体。为强调“意”的根本性，蕺山有时称其为“意根”26。他说：
意根最微，诚体本天。27
心之主宰曰意，故意为心本。28
意的特点是好善恶恶，而自身却是超越善恶或者说是至善的。如说：“意无所为善恶，但好善恶恶而已。好恶者，此心最初之机，惟微之体也。”29也即，意是纯粹的道德意志。此时说独体也指“意”而言。蕺山明确说过，“独即意也” 30。在诚意学中，“知”转为“意”所本具的一种能够知善知恶的明觉。如说：“学以诚意为极则，而不虑之良于此起照。”31此外，在诚意学中，“格物”之“物”通常也指“意”而言。如说：“格物只是格其有善无恶之物。”32“有善无恶之物”即指“意”。蕺山总括心、意、知、物四者说：“总之一心耳，以其存主而言谓之意，以其存主之精明而言谓之知，以其精明之地有善无恶、归之至善谓之物。”33
现在看蕺山对格物致知的说法。他说：
《大学》之教，只要人知本。天下国家之本在身，身之本在心，心之本在意。意者至善之所止也，而工夫则从格致始。正致其“知止”之知，而格其“物有本末”之物，归于“止至善”云耳。34
后儒格物之说，当以淮南为正。曰：格知身之为本而家、国、天下之为末。予请申之曰：格知诚意之为本而正、修、齐、治、平之为末。35
蕺山既以“意”为其哲学本体，顺其解释格物致知的套路，此处所说非常明了：致知即求知“意为当止之地而止之”、“意为根本所在而本之”。其实也就是“诚意”。王艮的“淮南格物说”是格知“身”为本，蕺山将其改为“诚意”为本，以符合其体系。“格其‘物有本末’之物”一语是夹杂文本解释中的说法，其真实意思是格“本物”，也就是诚意。蕺山又说：
方一念未起之先，而时操之以戒惧，即与之一立立定，不致有歧路相疑之地，则此心有善而无恶。即有介不善于善中，而吾且择之精而守之一，若明镜当空，不能眩我以妍媸，所谓“善必先知之，不善必先知之
