为此，日本佛教界开始了“护法运动”。历史上共分三个时期：
第一时期为明治元年（1868年）到明治5年（1872年）。由于神佛分离与废佛弃释运动的展开，佛教进入“苦境”。此时期“护法运动”的状况，由明治2年提出的净土宗的《内愿书》可以看出。《内愿书》称，“以神道为基本，以儒佛为补翼，以当人民教谕之任”。可见此时的“佛教复活政策”表现出对明治政府的卑屈与追随态度。
第二时期为明治6年（1873年）到明治10年（1877年）“教部省”废止。这时期，自由民权运动日益高涨，明治绝对专制政权及其支柱思想——神道教义，表现出无法招架的态势，被迫改变对佛教的态度。明治6年，佛教各宗共同建议设立“大教院”，同时提出“十一兼题”，开展佛学理论研究，既培养僧侣，也为明治新政府的方针政策作说明与唱和。由于“大教院”的主导权仍由神官掌握，以东西两本愿寺为中心，于明治8年提出解散“大教院”，将佛教从神道中完全独立出来的意愿。
第三期为明治11年（1878年）到明治23年（1890年），佛教各派与神道一起共受内务省支配。这个时期，佛教与国家主义出现合轨趋势。佛教的国教化问题也在此时提出。
由上述佛教护法运动的历史可以看到，自1873年之后，日本佛教从被排抑的苦境中走出，开始被政府起用，成为教化“下层国民”的工具。1887年西村茂树《日本道德论》的发表，使佛教在理论上得到了政府的承认。因为西村茂树虽然强调国民教育宜以儒学为主，但他也明确表示“佛教”作为“世外教”已经深深扎根于广大基层群众之中，政府正可以因势利导，利用佛教教育以约束下层民众。
福泽谕吉在《德育余论》中的言论也充分说明日本上层知识分子对佛教复活的欢迎态度。他说：“日本自古以来下层人民就有很多人信奉佛教，民间的道德完全是从佛法中产生的。所以只要保持这种习惯，不加以丝毫阻碍，听任其教导，民间就不会缺乏道德教育。”他还认为：尽管佛教“不能直接向上层人士进行道德教育”，但是，“要知道下层人民养成道德之后，如果集其德心而形成公议舆论，就会具有无限力量。”
日本佛教在第三次“护法”时期所做的工作是值得一提的。当时一部分佛教思想家用近代哲学思想及科学概念解释佛教，促使佛教在新形势下走上兼收并蓄、自我改造更新的道路，其结果，提高了佛教在明治时代存在的价值。村上精一于明治23年著《佛教一贯论》，正说明了这一点。其第一章总论云：
“有人问，佛教哲学乎，宗教乎？吾曾作一如既往之答辩。曰，佛教既是哲学，又是宗教。其所以为哲学者，佛教对万有原理作了百尺竿头的彻底说明。大凡所谓哲学者皆解释万有者，不仅止于形而下，进而论到形而上，且探讨说明其诸番原理。佛教对此既讨之，且说之，何不能称哲学乎？然哲学与佛教之间也有区别。凡世间一般称哲学者，以有限之人智，想象无限之宇宙，主观之知力既为有限，而客观宇宙乃为无限，故其论渺然如苍海之粟，邈然如空间之一隅。偶然也说明无限之宇宙，恰似盲者论色之好恶。甲说，乙驳之。丙论，丁否之。异论百出，嚣嚣又嚣嚣，未闻一定之说。然佛教哲学，以无限之佛智，洞然彻见无限之宇宙世界，然后说明之。是乃主观之智力，与客观之宇宙无限相等之故也。其论无尽，其说无至。是故无论何等识者，入佛教之门而登堂见之，无不惊其说之高尚完全。惊其说之高尚完全之同时，信己之知见不及佛陀如有天壤之别也。既自知己见不如佛陀，则有创哲学之念断绝，而仰佛陀哲海，布演佛教之意念勃勃而起。”
村上精一认为佛教既是宗教又是哲学。之所以为哲学，是因为佛教对“万有原理”作了“百尺竿头的彻底说明”，完成着与哲学相同的任务。但佛教又高于哲学，因为哲学是以“以有限之人智，想象无限之宇宙，主观之知力既为有限，而客观宇宙乃为无限，故其论渺然如苍海一粟，邈然如空间之一隅”；而佛教学说以佛陀之智观察世界，“其论无尽，其说无至”。把佛教哲学化，甚至说成是人间最高层次的哲学，这是日本佛教求得生存，并希冀跻入文教体系的宣传方法，也可以说是佛教在诠释方法上进行自我改造，以使佛教“现代化”的重要表现。村上精一做了这方面的工作，另一个佛教理论家井上圆了在这方面也发表了许多言论，用哲学乃至物理理论解释佛学。例如他说：“……佛教说三世，谈六道……不外就是应用物质不变，能量常存的原理。就真如一元之理体来说，因为其体不生不灭，故由其体所生物心之变化，亦毫无因时间前后而有增减生灭之理。” 井上圆了用“物质不灭”定律说明佛学“不生不灭”的“真如一元之理体”，虽然牵强附会，但其努力于佛教“现代化”解释的苦心跃然纸上。
总之，日本佛教经过三个阶段的“护法”运动，积极向明治维新政府靠拢，为明治政府的一系列政策唱和，主动挑起了协助神、儒两“教”“教喻”民众的作用。同时致力于将佛学与近代哲学相结合，以改变旧佛教的原有形象，使日本佛教在明治时代得以生存。这样加上日本神道在明治维新后的进一步被肯定及“儒教”的复活，一个以神、儒、佛结合的以“儒教”为中心的日本新型文教体系被重新确立起来。日本“新文教体系”建立的过程也同时是日本民族精神在“回归”中再造的过程。
以上所叙即日本明治维新以后所奉行的文化政策。其具体表现为：对神道的尊奉、对儒教的温存与对佛教的吸纳，合三教而为所谓新“国教”。此为明治维新以来对全盘西化的反动，也是对传统文化扬弃后的再用。当一个民族，一个国家，踏上现代化之际，西学东进，涌入如潮，旧秩序业已崩溃，新道德尚未确立，精神断裂，人心迷乱，所遇到的问题确实很多。于是乎日本将道德体系的重建排上日程。然而，此“新道德体系”无疑保存着巨量的封建糟粕，从而为日后日本的发展留下不可估量的精神隐患，“武士道”的进一步张扬、“绝对主义”、专制思想的日益巩固乃至军国主义的持续膨胀都与此发生密切的内在联系。
1. 引自《近代日本思想史》，第121页。
2. 《史料的日本史》（近代编），吉川弘文馆1989年版，第170页。
3. 参见《明治思想史》，第50页。
4. 《史料的日本史》（近代编），第170页。
5. 参见《近代日本思想史》，第124~125页。
6. 《史料的日本史》（近代编），第171页。
7. 西村的《日本道德论》（1887年）中关于立“国教”的言论如下：“国家的盛衰治乱，不外是人心的聚散离合”。“人心腐败涣散，人民主张个人私见，不顾国家大计，都足以使其国家灭亡，这可说是国民道德，即智、仁、勇衰废的结果。”“政府没有一定国教，民间也没有足以收揽全国人心的道德。”“民心没有一定方向，尊重国民道德之心也就薄弱，甚至以学才自任的人，也有对于道德加以诽谤或愚弄的。”“如果有人问拯救国家这种大病，使其恢复强壮，最有效的药剂是什么，那除了道德之教以外，别无其他答案，这是国内有识之士没有一人敢加以否认的。”“诸侯各在自己国内设立儒道学校，政治法律都根据儒道制定，而佛教则只有下层人民信奉。”（见《近代日本思想史》第一卷第30页）。
8. 见山崎正一：《近代日本思想通史》，日本青木书店本，第91~92页。
9. 《近代日本思想史》，第133页。
10. 《近代日本思想通史》，第92页。
11. 东洋学会，明治19年5月一些反对偏重洋学，主张研究中国、日本、印度学说的人士发起成立。主要人物有内藤耻叟、小中村义象、市村瓒次郎等。西村茂树为会长。同年12月《东洋学会杂志》创刊。
12. 《日本近代思想大系》“学问与知识人”卷，第95页。
13. 《日本近代思想大系》“学问与知识人”卷，第96页。
14. 《史料的日本史》（近代编），第174页。
15. 参考《内愿书》。
16. 参见《近代日本思想通史》，第94页。
17. 《近代日本思想史》，第122页。
18. 引《史料的日本史》（近代编），第175页。
19. 《佛教活论》。
