早期蒙古军队有上马则兵下马则牧人的传统，后来到蒙古帝国和元朝时期把这一传统应用到蒙古帝国和元朝军队中，蒙古帝国和元朝军队从事屯田。当时军屯在蒙古族的屯田中占着重要的地位。从军屯，又分出专业性的屯田军制，在一般情况下，专业屯田军不承担戍守、出征的任务，专事屯田，以供军粮，以省粮饷。专业的屯田军，是元代军屯发展的结果。元朝进行大规模的军屯，其主要目的是利用军屯恢复农业，发展经济。《元史》记载：“天下无不可屯之兵，无不可耕之地矣。”认为兵可以屯田，地就可以开垦。元代的军队有蒙古军、探马赤军、汉军、新附军四种，他们都分别置籍，接受朝廷的调动，在全国各地镇戍、屯田。

　　探马赤军军屯：自中统年间严格探马赤军军籍之后，探马赤军成为独立于蒙古军之外的一个军种，其地位仅次于蒙古军。到这时探马赤军军中的民族成分复杂，主要是由色目人组成，大多数是在蒙古国时期被征服的各部族。早期探马赤军军中，曾有蒙古人和汉人。探马赤军军中来自西北的民族，有回回、畏兀儿、钦察、康里、阿速、哈刺鲁、唐兀等。据陶宗仪的记载，有三十多个民族被称为色国人。蒙古统治者将投降的和被掳掠来的色目人纳人“军籍”。一部分人按民族编成独立的军队，如回回军、唐兀军、畏兀儿军、哈刺鲁军、阿儿浑军等。回回军屯驻耕种的地区，在今甘肃河西、宁夏、新疆等。

　　元朝的军屯总隶枢密院，分隶各卫、万户府和宣慰司，各卫和万户府之下设立专门的屯田千户所和百户所，以管屯种。元朝将不同民族组成的军队调到新的地区镇戍和进行屯田，垦辟荒地，增加耕地面积，发展农业，开拓边疆，减轻边疆各族人民的负担，有利于维护国家的统一，同时通过屯田，带来民族迁徙，为各民族的往来和交流以及民族融合提供了条件。

　　元朝民屯主要以招募民户、签发编民、拘刷漏籍户以及将内地无田可耕者迁徙边疆，在政府指定的荒地上从事农业耕种等形式经营的。元初蒙古统治者为了缓和汉族及其他农业民族与蒙古贵族的矛盾，开始重视农业。他们在全国各地实施恢复农业生产的政策，且在蒙古地区大力推行屯田。这极大地促进了蒙古族的农业文化的发展。