所有行政机关对于国家资金的管理，都应当受到来自立法、司法、行政系统内部和社会的监督。掌握大量资金的行政单位，更应当引起特别的注意。三峡坝区是举世瞩目的长江三峡水利工程枢纽所在地，汇集了大小国有建设企业６０余家，行业相对集中，资金流动量大。为此，宜昌市于1995年专门成立三峡坝区检察院。坝区检察院的检察官们通过“规范管理”、“警示教育”和“查办案件”发挥预防措施效用，[5]另外，重庆市人民检察院第二分院自三峡工程破土动工以来，共查办涉及移民资金和移民工程领域中的职务犯罪案件343件，涉案资金几个亿，共挽回经济损失3727.5万元，避免移民资金流失近4000万元。[6]以上都是针对专项资金进行特别的检察监督的情况。可见哪里有资金管理的权力，哪里就有权力滥用，哪里就有渎职。
但对学术行政部门的行政管理行为的监督，还没有引起我们足够的重视。"科学家精力的大部分，用在了申请项目、请客吃饭、拉关系上，用于科研的时间、精力和经费都少之又少。"[7]五年来(截至2003年)，国家财政用于科技的投入累计2670亿元，比前五年增加了一倍。全国研究与实验开发经费从509亿元增加到1043亿元，占国内生产总值的比重从0.64%提高到1.1%，实现了历史性突破。中央财政还较大幅度地增加了国家863计划、自然科学基金、知识创新工程等专项投入[8]。哪里有权力，哪里就可能发生权力的滥用。没有完备的法制，分配不公、钱权交易就得不到有效的遏制。
对大量资金的法制化管理当然可以根据具体设立专门的监督委员会。科技部的863计划监督委员会成立于2002年8月，其职责是负责"受理和调查863计划课题立项评审过程中不规范行为的投诉和举报；受理和调查对863计划课题执行过程中，课题承担单位及个人弄虚作假、捏造数据、剽窃成果等违反科学道德行为的投诉和举报，并对管理过程进行监督和检查。"委员会由9位委员组成。但被认为是徒有其名，效果不佳。[9]
从政治权力角度，应当把学术行政部门是政府政治权力的一种来看待，过去的问题就是认为学术行政管理是一个特殊领域，让其享受了特殊待遇，因而监督不力。社会监督和舆论监督、党的领导与纪律监察、政府的行政监察、司法机关的依法预防与打击，都是对其他行政机关进行监督管理的方法，那么对学术行政部门又怎能例外呢。相反，因为科教兴国越来越受到重视，学术行政部门在科教兴国中的作用越来越大，应当对其进行特别监督。检察机关对于重大基建项目由专门的犯罪预防处提前介入就是一个值得借鉴的方法。
（二）非政府行政权力的变态：学术单位行政权力渎职和学政不分
由于同样属于公权力的范围，所以学术单位的行政权力同样有学术行政渎职的问题，不过这里的行政的性质不同而已。这种权力因为其自身的特性，即往往学术职务、学术权力与学者本人的学术行为混杂在一起，因而其变态形式又多了一条：学政不分。前者的表现形式与制约途径与政府的学术行政权力相同或者相似；后者颇类似于政企关系或者叫官商关系。
二十年前的1985年到1988年，官倒是最严重的时候，但是因为担心影响改革开放而投鼠忌器，没有引起人们的足够重视，以至于引起深层社会矛盾的积累和暴发。我可以断言，在科教兴国、科研与学术资金在国家建设与发展中的比重越来越大的今天，具有与官倒、政企不分相同性质的学政不分如果不引起重视，同样会严重影响科教事业的发展甚至于整个社会主义建设事业的发展。
在我国各学术机构，学政不分，成了学术变态的重要根源。多数学术腐败都与"官"有关。“一方面是官员当教授甚至有当院士的，这种现象严重，当了官就相当于有学术地位了，这种思维导致学术腐败；另一方面搞学术的人想当官，似乎不当官就难以体现自己的身价，同样导致学术腐败。又因为目前我们的学术机构尤其是高校始终突破不了"泛行政"的框架，行政意见依然是至高无上的力量，这就引出一个体制问题。学术机构体制缺乏独立性，仍实行官本位体制，院士是副部级的身价，校长是副部级的或厅级的身价，系主任是处级的身份等等，而由于他们本身就是官，科研体制纳入官僚体制，所有这些纠合在一起，"官场"所衍生出来的学术腐败就在所难免。” [10]我有一位从事学术研究颇有成就的朋友，是教授和博士生导师，但同时担任了所在高校的研究生处副处长，长期纠緾于具体的行政事务中，我不解的问他，快50岁的人了，再升官的可能性很小了，为什么不集中精力搞好教学科研，带好学生，而去担任一个事实上与学术没有多大关系的级别不高的行政职务呢？在交谈中得知，因为只有当官才能“有机会”搞好学术，一方面现在的岗位聘任、收入多少与申请的科研项目挂勾，而在本校和校外是否能够申报项目、评奖是否能够成功与其行政头衔也有很大的关系，可以说是为了学术而当官，因为有一定的行政职务，就在学校的学术事务中的一定的发言权；担任行政职务往往也是在众多学术机构中担任评委等学术职务的基础；担任大学行政职务，就有机会与政府学术管理部门交流“勾兑”。可以说，只有在学术单位担任一定的行政职务才能在学术竞争中获得平等待遇。由于项目多，同时承担多个项目，其完成的质量就会出现问题，但由于成果鉴定机制不完善，粗制滥造也能顺利过关。
这种“平等待遇”的后果是，一些担任行政职务的学者利用这种学政不分的身分拥有了大量的项目，获得各奖励。担任某大学党委副书记的教授，在2003、2004两年内，承担国家和省市项目13项。*难以想象他能在当好党委书记的同时，能够同时进行13个大型项目的研究工作。各科研学术单位的官员们“仕而优则学”，利用自己的行政权力分配学术资源，学术资源又成为他们拉帮结派，整合政治资源的工具。
正如邓晓芒教授指出：我国大学的“学校建制最开始只有校系两层，中间的科、处两级（卫生科、财务科、学生科、教务处、研究生处等等）虽然是官僚机构，但毕竟直接具有服务功能，现在却已发展成庞大臃肿的一堆烂肉。拿我所在的学校来说，在"合校"（四校合一）之后，就有系、院、部、校四级，有的"院"其实就是原来的一个"系"，而"部"级的设立更是荒唐透顶。当时绝大部分教师都反对设"部"一级，校方的解释却是：这一级不是一个独立的行政级别，而是为了工作方便而设的一个联络机构。但实际上，多一级建制就多一批不干实事而专门制造麻烦的干部，教师的意见要能上达学校领导就多一层障碍。当时我就说，这不是什么"世界一流的大学"，而
