而在学术机构行政权力的产生方式上，学校领导直接由上级任命，所谓大学自治的传统在现行政治体制之下成了一句空话；另一方面，“自由”、“自治”又成为校长等校级领导脱离各种监督的借口。“他们游离于地方政府的干部管理之外，并不能改变由大学首脑行政任命所标志的大学的附庸地位，倒是更加剧了他们手中权力的无制约状态，使权力滥用的可能高过其他领域。”[14]现在有些大学的校长根本不经过学术跨部门的评审就直接任命讲师或者博士担任教授和博士生导师，而在校内干部的任命上，所谓竞争上岗、聘任制度都变成了一种形式。我国政治体制改革在走向进步，农村村级民主选举取得了举世瞩目的进展；建设法治政府的过程中，政府的权力行使也在不断地走向民主文明，反而是以追求民主、科学作为目标的大学成了行政权力异化的灾区。
要改变学术单位的行政权力之变态，首先要“让学术回归学术”[15]既要在主要领导的上级任命和内部领导的一把手说了算的问题上，掼彻中央关于干部任命制度的各项改革措施，与其他党政机关一样受到党纪政规的约束，还应当成为人事体制与政治体制先行者。在学政分开方面应当借鉴政企分开的经验。广义来说，大学也是一个衙门，因为它的内部行政管理的事务是不可缺少的。问题是应当将其衙门的功能与学术的功能分开。，不应当用行政权力代替职称评审、成果评价等学术权力。
（三）学术权力行使不公正：学术权力腐败
之所以把这一行为称为学术权力腐败，是因为学术权力的行使具有中立独立的裁判性质，与体育裁判、司法裁判相似，对于司法裁判中的不正常情况可以叫做司法腐败，那么将这种情况称之为学术权力腐败符合人们的通常理解；在“学术”之后加上“权力”二字，是为了避免与广义的人们仍在使用的“学术腐败”（即被我称为“学术领域变态”的情况）一词混淆。
学术权力腐败的主要表现是学术权力的行使不独立、不中立，裁判或者评价不公，那么什么是公正裁判呢。司法公正的自然正义可以作为参照的标准。在司法中，因为裁判的对象很难有一个明确的实质标准，所以不得不采用程序正义标准。
程序正义理论来源于罗尔斯三种程序正义的学说。罗尔斯认为，程序正义的划分有两个参照要素，一个是正义的结果有没有一个独立的标准；第二是有没有一个保障达到正义结果的可行程序，以此为基础可以划分出三种程序的正义，一种是有标准有程序，这是完善的也是理想的程序正义；第二种是有标准无程序，这是一种不完善的程序正义，它可能导致为达目的不择手段，实体结果也没有了保障；第三种是无标准有程序，在他看来，第三种是最好的纯粹的程序正义。因为它能够使所有的人机会平等。[16]关于正义的程序则可以根据自然正义标准。司法“自然正义”(Natural Justice)这个概念在实践中通常表示处理纠纷的一般原则和最起码的公平标准，它的两项基本内容是：(1)任何人不能审理自己或与自己有利害关系的案件；(2)任何一方的诉词都要被听取。自然正义最后演化为公正程序的9项标准。中立性：1．与自己有关的人不应该是法官。2．结果中不应含纠纷解决者个人利益。3．纠纷解决者不应有支持或反对某一方的偏见。劝导性争端：4．对各方当事人都应给予公平的注意。5．纠纷解决者应听取双方的论据和证据。6．纠纷解决者应只在另一方在场的情况下听取一方意见。7．各方当事人都应得到公平机会来对另一方提出的论据和证据做出反响。解决或者结果性裁判：8．解决的诸项条件应以理性推演为依据。9．推理应论及所提出的论据和证据。[17]
其中，中立性是其首位的标准。在具体制度中表现为回避制度。“回避制是民主管理、公平竞争和公正评价的基本前提，否则，一切都是欺世盗名。没有回避制度，就不会有真正的民主管理、公平竞争和公正评价，也就不可能调动教职工的积极性和创造性，当然也就不可能造成真正优秀学者和教育家（而只可能造就一大批获奖学者和名师）。相反，会使本已流行的争名逐利、弄虚作假、急功近利之风愈演愈烈”[18]湖北省爆出的"政府奖"的丑闻就是一个典型事例，邓晓芒教授与赵林、彭富春三人在《博览群书》2001年第5期撰文，揭露这次评奖的主持者、身为国务院学科评议组哲学组副召集人、湖北省社联主席的某教授，利用手中的职权，违规操作，控制评奖程序，最终把自己评为一等奖，其余"有功之臣"亦各有所获，清楚地说明了当今学术尊严扫地的可悲事实。[19]这是一种在形式上就使人无法接受的滥用学术权力的行为。
媒体揭露出来的具体事例还有"长江《读书》奖"评奖事件、杨子慧"人口史"事件、北京师范大学、复旦大学等高校学术职称评定过程中的极端不公正现象，等等。诸如此类的学术腐败现象，无不与学术权力在现行学术体制中的严重滥用有关。
我们且不去论获奖作品本身的质量，这相当于司法裁判中的实体问题，这须由各学科领域的专家去分析研究，自有公论。单就形式上来看，这种自己给自己评奖的作法就难以服众，在现代社会，没有形式正义的正义缺乏谈论正义的前提，人们可以不承认。当然不中立除了“自己给当裁判”，还包括由利害关系人当裁判。在今天的学术性评判中自己或者自己的利害关系人定项目、评奖、评职称等情况不都是没有制约的吗。要改变不中立的情况，必须对于学术组织的产生和运行机制进行改变。
除了不中立的情况以外
