第二，乾初不完全否认人死之后灵魂的存在。他在《复朱康流书》中说：“若夫父子祖孙，一气之相感，理不可诬者，亦有二端，而葬地不与焉。一则祖宗积德深厚，庆流苗裔，近者数世，远者至数十世尚蒙遗荫，所谓‘子孙保之’是也。一则子孙之仁孝，事死如生，其大者郊事宗事，配帝配天，其下者亦祭庙祭寝，尽诚尽敬，则幽明相感，其祖考亦必来格而佑之，所谓‘祭则受福’是也。二者，古之君子尝言之，而于葬地何有焉！盖人之死也，魂升而魄降，其降者终化为黄土，而升者则无所不之。故为之舍重、舍主，以求其神于庙寝者则有之，不闻其于块也。”[20]乾初此说与其“形魄既痿，即同沟断”之说并无矛盾。因为“形魄”与“魂灵”并非一事。《礼记·郊特牲》说：“魂气归于天，形魄归于地。”虽然乾初认为死后形魄终化为黄土，但不否认升腾之魂灵“无所不之”、可以感格。由此可见，不可据乾初论葬言论遽定其为“唯物主义思想家”。
乾初虽然对宋儒“人生而静以上不容说”、“性通于无极”、气质之性、义理之性等说法作过严厉批评，但他并不否认良知、良心。而且他所说的良知、良心与孟子之良知一样，也是先验性的。乾初反对前儒之性论，大致属黄梨洲在乾初墓铭中所说“主张太过，不善会诸儒之意者亦有之”之列。今日衡定乾初思想，不必因其误解而误解之（参下文）。
总之，乾初思想不属“实学”、“考据”或“唯物”，没有脱离宋明儒学之大传统。
二 乾初思想可归心学一系
拜师后，乾初走向了“圣学”，但其具体学问路径短时间内尚未定型，这从其记其癸未拜师之行的《秋游记》中漫然调和于程朱陆王之间的态度中可以明显看出。后来乾初逐渐折向了心学。顺治十六年，五十六岁的乾初作《辑祝子遗书序》，在文中谈到了他的这一思想转变：
开美邃于理学，而确素不悦理家言，故不甚悉其是非。崇祯癸未八月，与开美同舟入剡。开美自言“吾学本象山、阳明”，而谓程朱之说非是。确时不甚为然。开美则频举先生（引按：指蕺山）之言为证，确亦不甚为然。盖以习闻良知之学之近禅，而程朱之言久为儒者所宗，必有取尔也。
既从蕺山先生游，开美亦时理前说，确犹未深省。又后十许年，而确有《大学》之辨，于是益参以诸子之说（引按：指程朱之言），乃徐觉其舛谬。虽阳明子之所谓致良知，合之《大学》殊落落难合，然以之诠《大学》则不可，以之救俗学则无不可。非惟无不可而已，其知行合一之论，虽谓与孟子道性善同功可也。良知非他，即吾所谓本心是也；致良知非他，即吾所谓兢兢无负其本心是也。此吾开美之学之所为本之阳明、象山也者，而非如世儒之所谓致良知者也。（《陈确集》上册，页239。）
按：祝开美在蕺山门下最称好学，其学属心学一系。乾初与开美道交最深，两人之学也非常相近。此段文字纯系乾初自叙，述其入蕺山之门后，短时间内犹未能“深省”程朱之说之不当，至作《大学辨》时，广参诸儒之说，才逐渐觉察程朱之说之“舛谬”以及陆王之学“以之救俗学则无不可”。末一句意味深长，有弦外之音：以前我疑陆王是禅，那是为世儒所惑、以王学末流之弊为阳明本色所致，现在翻然醒悟了。“吾开美”之学本之阳明象山，我乾初何尝不是如此！
《辑祝子遗书序》是一篇乾初集中剖白、昌言其思想倾向的文献，对了解乾初思想至关重要。他在文中极力主张，为学当以本心为首出：
学失教养，无人不昧其本心，无事不丧其本心，而犹覆之以义理之言，玄之以性命之旨，若可跨孔、孟而上之。言以近佛者为精，书以非圣者为经，晦蒙蔽塞，积五六百年。人安得不禽，而中国安得不夷狄乎！于此时而犹然与学者说本体，说作用，说未发已发，动静显微，转增幻惑。惟有亟提起本心之良，使之自证自合，庶其将有真学术、真人品出于其间。不宁惟是，儒者果有意穷理尽性之学，而将究所谓博学、审问、慎思、明辨、笃行之功也者，舍吾本心之良，又复何所致其力哉！舍之，则博是徒博，学是伪学，而凡所谓问、思、辨、行者，亦无之而非伪也。（同上，页240）
此段批评宋以来儒者之学，有颟顸鲁莽处不待言。但他以为入圣之方唯在“提起本心之良，使之自证自合”，只有在此前提下从事学问思辨才不致流于“伪学”，则是典型的心学立场。
乾初甚至不讳言“单提本心”。他说：
或曰：蕺山先生以慎独为学，而吾子序祝子之书，只（原注：刊本作“单”）提“本心”二字，其毋乃废先生之教矣乎？曰：独者，本心之谓，良知是也。慎独者，兢兢无负其本心之谓，致良知是也。先生《答祝子初见问学书》曰：“道不远人，只就日用寻常间，因吾心之已明者而一一措诸践履，便是进步。”曰：“如今日骤遇期丧，自是本心迫切处，不肯放过，即与之制服制礼，何等心安理得。此外更求道乎！”曰：“心所安处，即是礼所许处。”曰：“惟大节目不可不自勉，亦只是时时挑动良心，自有不容已者。”此先生之教也。亦宁惟初见之言而已，由是而益推之，谓先生之言无之非发明本心之教，其亦可也。倘学者读先生、开美之书而兴起焉，人人无负其本心，而又加之学，则是天之未丧斯文，而虞廷精一之心，庶其复传于今后也。（同上，页240-241）
可见乾初并不讳言其学是“单提本心”，并认为此正是师门之旨。
乾初所理解的“圣学”非常“简易直捷”：
知过改过，便是圣学。（《与祝凤师书》，《陈确集》上册，页122。）
学问之道无他，惟时时知过改过。无不知，无不改，以几于无可改，非圣而何？（《瞽言一》，《陈确集》下册，页429。）
余尝作《知仁勇三言疏》，谓知过之谓智，改过之谓勇，无不知、无不改之谓仁。岂惟三言疏而已，举千圣心法，皆尽此知过改过中。（同上，页431。）
乾初厌恶理学家的性理之谈，对理论上的思辨无兴趣（所谓“素不悦理家言”）。喜言力行，特重当下工夫。“知过改过，便是圣学”可谓乾初之学的基本宗旨，其性质与象山自道其学时所谓“不过切己自反，改过迁善”之说类似。[21]
具体如何做“知过改过”工夫？在乾初那里，用力之方不在朱子所谓“或考之事为之著，或察之念虑之微，或求之文字之中，或索之讲论之际”[22]，而在“问诸心”：
有问道者，予曰：“道不必予问，问诸心而已。心所不安者必勿为，如是而已。”（《过旧居》，《陈确集》上册，页403。）
吾何以知人之所不知而改之？曰：“戒慎乎其所不睹，恐惧乎其所不闻，则能自知而自改矣。”（《瞽言一》，《陈确集》下册，页430。）
何者为过？反求己心即知。如何改过？心所不安者不为，即是改过。——这就是乾初的“知过改过”之法。其蕴涵的思想是：人皆有是非之心，此知是知非之心就是本心、良知。此心能自作主宰。心之安与不安，就是是非善恶的最后裁判者。学问思辨、前言往行等等都是辅助性的，不是是非善恶的最后标准。乾初论此，不一言而足：
时时提醒此良心，常作得主张，便是一日千里之学。（《复吴仲木书》，《陈确集》上册，页92。）
人之所以不死，心而已矣。心之所以不死，安与不安而已。（《众议建吴磊菴先生祠疏》，同上，页370。）
力行之功，莫先改过。吾人日用，过失最多，自圣人且不能免，何但后学。细心体察，当自知之。知之即改，改而不已，工夫纯熟，渐不费力。圣贤学问，端不越此。···知过之心，即是独体；知而不改，便为有体无用，非真体矣。（《与吴仲木书》，同上，页73。）
刘先
