只有通过对神的皈依才可获得，所谓“神”也即上面提到的宇宙本身内在的秩序、组织和规律性。帕拉塞尔苏斯派学者们希望用一种能够说明所有自然现象的基督教的新柏拉图和赫尔墨斯哲学取代这一切。在他们看来，真正的医生可以在两部神圣的书中寻求真理：一部是神启示的书——《圣经》；另一部则是神创世的书——自然。因此，帕拉塞尔苏斯派学者们一方面致力于对《圣经》作诠释，另一方面又提倡一种基于新的观察和实验的全新的自然哲学。
 
　　在托马斯·梯米[24]的著作中，对这一切有着真实的写照：
 
    “天地的万能造物主……在我们眼前摆下最基本的两部书：一本是自然，另一本是他写下的《圣经》……自然之书的智慧，人们通常称之为自然哲学，它吸引我们去思索伟大的、难以理解的上帝。我们会为他的伟大作品而感到荣耀，因为各种天体的规则运动……各种元素的联系、一致性、力量、道德以及美……世界上有如此繁多的自然之物和生物(natures and creatures)，又有如此多的诠释者在教导我们，上帝是他们的动力因，他们侍奉的上帝作为终极因显现在他们之中，并为他们所证明。”[25]
 
　　梯米准备写一部专门论述自然、元素的生成以及其他基本科学论题的著作。对于他和他身前身后的那个时代来说，科学和对自然的观察就是敬神仪式的一种形式，是与神的一种真正联系。从某种意义上说，自然研究就是对上帝的一种探索。我们今天的科学在很大程度上要归功于那种对人、自然和宗教的一种新的综合探索，这种探索在四个世纪以前成为许多科学家和医生的工作特征。另外，帕拉塞尔苏斯坚定地认为，真正的数学就是真正的自然法术。
 
　　《文艺复兴时期的人与自然》的作者艾伦.g.狄博斯认为，在文艺复兴时期，数学具有一种双刃剑的作用。一方面，对数学的新兴趣推动了对自然进行一种数学探讨的发展以及几何学和代数学自身的发展；另一方面，柏拉图在《蒂迈欧篇》所崇尚的毕达哥拉斯数秘主义[26]持续影响了整个中世纪并且继续影响文艺复兴时期。数学同时具有“科学的”、“定量的”含义和“神秘的”、“幻方的” [27]等含义。那个时期的科学家受上述知识氛围的双重影响，只是在程度上，有的学者如开普勒、伽利略等受前一种影响比较大，有的学者如罗伯特·弗拉德和帕拉塞尔苏斯等则受后一种影响比较大。在帕拉塞尔苏斯看来，后期古希腊哲学的神秘影响对16世纪思想的深刻冲击超过了数学量化方面的影响。新柏拉图主义与基督教传统蕴含着对自然界统一性的信仰，这种统一性将“天”、上帝和天使作为一端，而将人和地上世界作为另一端。与此相应的是对大宇宙——小宇宙关系之类似真实性的始终不渝的信仰，对人是按照大宇宙的形象创造出来的观念的信仰，以及对在人和大宇宙之间确实存在着真正的一致性的信仰。大宇宙和小宇宙与巨大的生命链一起已被人们普遍接受，这使人们相信在天上世界和地上世界之间处处存在着一致性。这便是西方的“天人合一”或“神人合一”。在古代西方世界，此类信仰似乎为占星术提供了坚实的基础。认为星体会影响地球上人类行为的推测，在中国古代就有过与之相类似的论述，李时珍《本草纲目》中记载：“女子，阴类也，以血为主，其血上应太阴，下应海潮。月有盈亏，潮有潮汐，月事一月一行，与之相符。”宋代大诗人苏东坡更有“人有悲欢离合，月有阴晴圆缺”的形象类比。整体对局部的影响，正是通过天体之“道”的运行来实现的，也可以说，正是由于天体之道，才产生了世界上的万物。在文艺复兴时期，西方许多人都承认星界的作用的确影响了地球和人类。赫尔墨斯派的作品为这种世界观增加了一种新的成分。主要基于这些作品，人类现在被视为这个巨大的生命链上的一个具有天赋的链环。帕拉塞尔苏斯与其早期追随者们坚定地信奉大宇宙小宇宙的类比。人是其周围大宇宙的一件微小复制品，其体内体现了宇宙的所有部分。无论什么时候，在较大世界与较小世界之间寻找一致性都被认为是非常必要的并且是富有成效的。由于人类接受了对神的皈依[28]，而不只是被动地接受星体的影响，而且，由于宇宙的各部分之间存在着一种普遍的一致性，因而人既可以受到超自然的影响，也可以反过来影响超自然。
 
　　真正的帕拉塞尔苏斯式或费奇诺式的医生，同时又是把自然设想为一种生命力或者魔力的法术师。这类自然的研究者可能去获取那些不为他人所知的自然力，从而使普通人感到惊讶，使他们相信这些力量是由神赐予并且人人皆可获得。这种观念通过“药效形象说”[29]在医学实践中体现出直接的价值。为此，人们要求真正的医生有能力成功地从植物界与矿物界寻找与天体相一致的那些物质，并因此最终找出与造物主相一致的物质。相容与相斥的理论被用来解释宇宙的相互作用，这使我们联想到中医的“相生相克”理论。亚里士多德派学者们主张通过接触产生作用，而与此相反的是，帕拉塞尔苏斯派学者们发现接受远距离作用毫无困难。因此，这就很容易理解为什么信奉赫尔墨斯主义的帕拉塞尔苏斯学派最先起来为威廉·吉尔伯特[30]的磁实验研究辩护。在医学领域，引起争议的武器药膏疗法[31]确实表现了这种远距离作用的可能性。
 
　　帕拉塞尔苏斯并且尝试对《创世纪》做化学诠释。创世本身被视为自然的一种化学展现，中世纪的炼金术许多都与亚里士多德学说结合在一起，土、水、气和火这四种元素不但构成了亚里士多德物理学的基础，而且以相关的四种体液(血液、粘液、黄胆汁和黑胆汁)的形式构成了盖仑医学理论的基本原则，与这些元素有关的四种性质[32]能够互换，因此可让一种元素嬗变成另一种元素。对《创世纪》的化学诠释，有助于人们将注意力集中到创世所需要的最初果实——元素问题上。尽管帕拉塞尔苏斯的三要素[33]是对早期的金属硫——汞理论和其他三元素的一种修正，但它在近代科学兴起中具有特殊意义。亚里士多德的四元素构成了已被人们接受的宇宙论体系的基础。它们被炼金术士们作为解释物质组成的工具，被医生们[34]作为诠释疾病的体系、被物理学家们作为对自然界的运动进行恰当理解的基础。因此，引入一种新的元素体系就是公然对古代医学和自然哲学的整个框架表示怀疑从而冒天下之大不韪。在帕拉塞尔苏斯派看来，盖仑医学的体液理论已经不再适用。把疾病视为内部体液不平衡的传统解释遭到了帕拉塞尔苏斯的抛弃。他更喜欢强调作为三要素之一的身体内部那些局部机能失调。在他看来，疾病的主因可以在通过空气、食物或者饮酒进入人体的那些外在种子般的因子里找到。[35]这些因子先集中在局部，然后在各种特殊器官里生长。在此可进行大宇宙和小宇宙之间的一种类比。与地球内的金属“种子”导致了金属矿脉生长的方式相同，当疾病的“种子”与某个器官的局部生命力[36]进行斗争时，它们便在体内生长。这种生命力从废物中分离出纯净的物质，在某种方式上类似于炼金术士在实验室里从未经提炼的物质中分离出纯净的精华。
 
　　帕拉塞尔苏斯的贡献并不局限在医学和化学方面。首先，帕拉塞尔苏斯派的医学代表了对崇古传统的一种反叛。他们公开质疑亚里士多德——盖伦体系的权威。在他身前身后的那个时代，雄踞西方哲学史近三千年的亚里士多德体系已成强弩之末；早在公元二世纪就奠定了医学权威霸主地位的盖伦也已经穷途末路。而对其完成最后一击的是作为科学先驱的帕拉塞尔苏斯学派。帕拉塞尔苏斯也成为超越、取代古人的第一人。其次，化学论哲学将成为一门牢固地建立在观察和实验基础上的新科学。在帕拉塞尔苏斯派学者的著作中，我们感觉到对观察和实验的一种强烈依赖，尽管他们关于实验的概念及其目的常常与我们的