据嘉靖二十年(1541)漕运总督周金说：“江、浙、湖广等总漕运卫所减存运军不分正余月支粮一石，岁办料银二两四钱”[107]。

军三民七料银必须按期征解。弘治八年(1495)规定湖广、江西、浙江、江南直隶“造船卫所差人赍文，限十月以里到各该衙门支领。如过期不到，漕运衙门查提领料人员究问，出料官司限十一月以里支给，……如料银征解不敷，司府量查在官银两照数借支，仍立文案待后补还；若过十一月终不给料价，就将经该误事官员住俸；年终不给，听漕运衙门参行各该巡抚官提门。”[108]嘉靖八年(1529)重新规定：“通行各该巡按严督各该司府州县卫所，各将年例军民料银预为派征，务在上年九月以里给发；若征收未完者，将贮库别项官银借给，候完补还；如十二月终不完给者，府州县卫所收料官住俸；正月终不完者，府州县卫所各掌印官住俸，收料官仍革去冠带，首领官吏提解漕运衙门问罪；四月终不完给者，都、布二司并府州县卫所各掌印官并催料官、收料官一体参究提问，府州县卫所官降级，文职送吏部别用，军职发回原卫带俸差操。中间若有侵那等项情弊，从重究问”，二十四年(1545)又将给料提前到八月给发[109]。

漕船造价内还有底船折银20两上下，也应于八月内到厂[110]。按规定，底船不准拆卖，损坏船只必须由所在官司出给印信执照方准变卖，价银仍送船厂造船[111]。如底船残缺，以十分为率，每分追银二两买补。由于底船银板常常不完，隆庆六年(1572)漕运总督王宗沐题准，以后每分底船借给银二两，于漕库收贮各卫减存、军办料银内支给，二年内在随船各军月料内扣还[112]。因事故无底船的，需经所在官司证明，“方准行卫告给帮贴银两”补造[113]。但底船也有改作他用的，万历三十年(1062)堵塞蒙墙寺黄河决口，将“粮船回南过淮时查该拆卸者留用，在厂者令各处船夫驾至淮上收管，约有千只”，装沙沉河，以堵决口[114]，通州剥船也有一部分“原系每年买大号粮船改造”[115]。

船料经常被拖欠、侵欺、挪借，这些情况可说是无时不有，“庸流武弁侵克自肥，有司奉文等为故事。或有积逋满案，漫不经心，已经在官那移未解。岁复一岁，拖欠愈多。 ”[116]万历七年(1579)漕运总督江一麟、总兵汤世隆奏称：“杭、芜二厂并各省直等所解料匠欠有一十六万二千余两”，无法追征，只得“将远年拖欠者尽数豁免，近年者带征二分，见年者全解济用”[117]。杭芜抽分经常被权要侵占，太监取用。权要经常用贷银给运军，而“请拨关税船料以取偿”的方式谋取厚利[118]，如正德十一年(1516)九江等卫运军黄楚等奏称修船月粮欠缺，要求借九江、芜湖钞关银接济，户部尚书石＃议将拖欠及应支月粮发给，但“得旨，特以芜湖抽分粮料银给各卫官军造船之用”，当时《实录》史臣即指出：“盖权要有罔利于漕运而急于取偿者，故假军困苦为名，实夺国赋纳之私室而已。”[119]至于太监监榷芜、杭抽分，支取木材银两之事正德朝屡见不鲜，世宗登极诏中曾令革除，太监取回。而嘉靖四年(1525)御用太监黄锦以造龙床及御用器物材料不足，要于芜湖厂支用，虽有工部执奏，但“上竟从锦所请云”[120]。嘉靖八年(1529)芜湖抽分银被挪用于修造世宗父亲献王的显陵，“致积欠漕船料银数多”[121]。船匠银也因匠役逃亡，“各府州县清匠官不行用心清理，至有潜通贿赂而卖公放私，侵克匠银而取盈私橐”[122]，嘉靖十四年至二十一年清江人匠银共24 240两，积欠23 471.5两，三年至二十一年原卫河人匠银共41 929.2两，积欠33 635两有奇[123]，可见积欠之巨。从民间直接征收的民七大料也同样被拖欠侵欺。至于各卫所征收的军三小料银，“多系掌印官径自委官征收，或潜通贿赂，或私厚亲旧，往往不得其人，加收火耗，任意化费，中间亦有通同侵欺情弊，违限一二年不行完解，间有解到者不及额数三分之一，或假称灾伤，捏作拖欠，奸弊百出，漫无稽考。”[124] 征到的船料银也常因公挪借，如借作治河工费等，原备造船的减存银“后将解部济边，以致修葺无资”[125]。底船盗卖不到厂者也累见不鲜，前文已有提到，此不赘。到厂过期更属司空见惯，嘉靖前期漕运总督马卿说：“近年各卫旗军专以缺木藉口，故意在途迁延，或至年终及过年二三月方才赴厂，以致成造不前，有误装运。”[126]料银拖欠、底船不到厂给漕运带来了严重弊病，马卿曾指出：“近年军民料价多不依时派征，延至次年二三月或四五月始得给领打造，又须五十余日乃完，是未装运之时而过淮到京之限已违。甚有六七月间尚不给领者，……负累旗军，或揭借债负，或鬻儿变产赔造，甚至弃粮逃避”，运粮官员无计可施，只得洒派搭运，雇用民船[127]。

按照领料成造的不同，漕船分为旗造、厂造二个船等。原先旗军不分贫富，一概领料成造，“天顺间因料银不敷，亏累贫军”[128]，始分旗造、厂造。每遇造船之年，各卫先将旗军分为殷实与贫难，“以旗军有力可以赔补，故令旗造；无力不能赔补，故送厂造”[129]，“厂造者清江提举司止给大小料民七银六十五两，在卫军办银三十五两，谓之军三，如有未完亦借给减存，在运军旗仍自贴助银五两；旗造者提举司亦止给大小料银六十五两，在运旗军自办银三十五两外，亦贴银五两，多用减存，一向通行出办成造至今。”[130]但嘉靖初清江主事张＃说旗造用银足够，“全无赔补”，没有贴银五两[131]。厂造、旗造的区别在于小料银三十五两的出处不同。厂造者取于办料军余出办，旗造者取于在运旗军自办，初取于斗米银(详后)，嘉靖十六年(1537)起改于轻赍银内支给[132]。船等之分原是为免贫军赔累，但厂造的贫军反因料银拖欠、厂官侵克而有借贷之苦，所造之船也不如旗造早完而坚固，以致张＃建议取消旗造、厂造之分。船等之分至万历时仍存在，万历八年题准：“锦衣、旗手、上江、下江四总浅船料银旗造一百三十一只，照旧支江、浙三四轻赍银四千六百六两七钱；厂造七十六只，照旧支南京户、兵二部盐引、柴薪银二千七百四十八两。”[133]旗造、厂造的船等只实行于造于提举司的卫所，不行于造于各原卫所的浙江、江西、湖广、江南直隶。

每年额造漕船属于“正造”，“正造之外，另有补造以备事故不足之用”，“后因造船钱粮不敷，议禁补造，遇有漂坏，通候应造年分并造。”[134] 但万历后期周一龙仍说每年七分正造，三分补造[135]。实际经常是要到漕船大量积缺才予补造。每年军民料银仅够正造之用，每次补造都是临时奏请。正德六年(1511)漕船被刘六刘七起义烧毁 1 500余只，次年兑改粮每石加银三分作补造之用，又用五年的轻赍银五万余两，八年又借两浙、两淮盐价、各钞关银两及布政司官银八万余两补造，这些银两仍需以军民料银补还。正德十六年补造缺船2 044只，给两淮运司没官盐引30万引，合15万两。嘉靖元年(1522)还将籍没钱宁等人家财用作造船之用，次年又将“南北二京并江西抄没犯人田产变卖银两”补造漕船[136]。隆庆元年(1567)将“漕粮改折应减运军行粮(即减存银)及免［？兑］改米、席板楞木、轻赍等银照数折追，一同管解漕司以备补造缺少浅船”，“并留河工银两补造船只”[137]。补造还曾特由太仓拨银，嘉靖二十七年(1548)应漕运总兵万表奏请，发太仓银33 000两造船[138]。补造漕船用得较多是轻赍羡余银和减存银，嘉靖三年(1524)规定：“轻赍羡余银差官解淮安府，听漕司将漂流船只次第补造”[139]，二十一年(1542)又将漕运减省三分军船旗军42 000余名，办料93 000两，次年漕粮折十分之三或有灾之处折五六十万，所办料银“除本年修船之外，余者俱以补造损坏船只”[140]。有时漕粮因灾荒大量改折，许多漕船因而停运，减存银数也很大，大部分用来补造事故缺船