](p89) 在神学和儒学的结合中，开始了从儒学到儒教的历史性转变。
一般说来，以孔孟为代表的原儒文化虽然一开始便与原始宗教和神学具有千丝万缕的联系，但是，其主要的思想形式和论域与其说是神学，不如说是极富政治-伦理学色彩的人学。以驺衍为代表的阴阳五行说继承了殷周以来的“五行”说思想，并以思孟学派“天人合一”思想为基础，在儒道结合中赋予阴阳五行辨证与神秘兼具的色彩。但是，由于驺衍的“五行胜克说”和“五德始终说”未能理清“天”与“五行”的关系 ；因此，驺衍的理论虽然通向神学和儒学，然而终未完成两者的统一和结合。
董仲舒显然意识到了这样一个根本性的问题：要建立彻底的神学体系，就必须消除以往宗教或类宗教观念中至上神的矛盾性，并赋予神学以某种实用性乃至实证性；另一方面，要寻求儒学的独尊地位，就必须把儒学宗教化，既使儒学中的基本范畴与神学中的最高范畴保持内在的一致性，同时使儒学能得到神学上的某种证明。于是，董仲舒重新注目于神学和儒学中都认同的“天”的观念，并对这个观念进行了神学和儒学皆可赞同的重新阐释。
董仲舒的首要任务之一，是重新清理天与阴阳、五行乃至万物的基本关系，重新回复天主宰一切的至上神和人格神地位。
为了达到这一目的，董仲舒一方面从前人那里接受了阴阳、五行的基本概念，以及一个至少可以上溯至《尚书》、《易经》的古老的宇宙模式——“天地之气合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行。(《五行相生》)”[7](p76) 另一方面，董仲舒对这些概念、模式进行了神学目的论和儒学伦理观的解释：“天道之大者在阴阳，阳为德，阴为刑。”[7](p101) 阴阳，作为德气与刑气——“阴，刑气也，阳，德气也。”，流转而为四时，四时便兼有了天的刑德，并进而为天的意志之体现：“春气爱，秋气严，夏气乐，冬气哀。爱气以生物，严气以成功，乐气以养生，哀气以丧终，天之志也。是故春气暖者，天之所以爱而生之。秋气清者，天之所以严而成之，夏气温者，天之所以乐而养之，冬气寒者，天气之所以哀而藏之。（《阳尊阴卑》）”[7](p67)
阴阳既与四时配，也与四方配：“阳气始出于东北而南行，就其位也，西转而北入，藏其休也。阴气始东南而北行，亦就其位也，西转而南入，屏其服也。是故阳以南方为位，以北方为修；阴以北方为位，以南方为修。（《阴阳位》）”[7](p70) 阴阳在四时四方内的出入终始、流转运行，便产生了五行；而且，这五行出于天“有伦、有经、有权”的意志和安排：“故至春，少阳冬出就木与之俱生；至夏，太阳南出就火与之俱暖，此非各就其类而与之相起与？少阳就木，太阳就火，火木相称，各就其正，此非正其伦与？至于秋时少阴兴而不得以秋从金，从金而伤火功，虽不得以从金，亦以秋出于东方，俛其处而适其事，以成岁功，此非权与？……是故天之道有伦、有经、有权。（《阴阳始终》）”[7](p70-71)
通过对天与阴阳、五行的关系重新解释和描述，天就被从阴阳、五行胜克的受制中解救出来，反过来运行主宰阴阳、五行之理，使阴阳、五行之理成为“天”之所运和所现。由此，不仅使春秋以来因老子、宋鈃、尹文、荀子和韩非等人予以理论颠覆的日渐模糊的天的形象重新清晰起来，而且使战国末叶驺衍学说中天与阴阳、五行的暧昧关系得到清理：万物统一于五行，五行统一于阴阳，阴阳统一于天。天自此获得了超越一切，包括五行胜克之理的造物主和至上神位置：
……天者，群物之祖也，故遍复包函而无所殊。建日月风雨以和之，经阴阳寒暑以成之。[8](p415)


天者万物之祖，万物非天不生。（《顺命》）[7](p85)
天者，百神之君也，王者之所最尊也。（《郊义》）[7](p82)
天者，百神之大君也，事天不备，虽百神犹无益也。（《郊祭》）[7](p83)
由于天是宇宙万物的创造者，是众神之君，因此，天便成为一种至上神。董仲舒说：
天高其位而下其施，藏其形而见其光。高其位，所以为尊也；下其施，所以为仁也；藏其形，所以为神，见其光，所以为明，故位尊而施仁，藏形而见光者，天之行也。（《离合根》）[7](p36)
这样的至上神不仅有意志、有目的，而且有人格和好恶偏爱：“是故先爱而后严，乐生而哀终，天之当也，……是故天数右阳而不右阴，务德而不务刑。”（《阳尊阴卑》）[7](p67) 于是，在儒学化的“天之任阳不任阴，好德不好刑”，以及“显经隐权，前德而后刑”神学理论的支持下，汉武帝“阴法阳儒”的政治，乃至“独尊儒术”的文化战略，便同时具有了神学和儒学的根基。
在摆正了天的位置之后，董仲舒另一个重要的任务是“由天道推演人事”，对人尤其是天与人的关系予以重新解释。
天与人，如前所述，虽然是自原始宗教以来中国古代世界观中不可或缺的两极，然而，在不同时代、或不同思想文化体系中，对两者的权衡轻重或关注的程度仍然是有所不同的。例如，就先秦神学和儒学而言，前者往往更偏重于天及天道问题，而后者则往往更聚焦于人以及人道问题。但是，自董仲舒开始，与汉代神学的儒学化和儒学的神学化趋向相一致，天与人及其相互关系在儒学和神学的结合中得到更为并重和集中的表述。
在董仲舒那里，人的地位似乎有所提升：有时天、地、人三者并举——“天地人，万物之本也；天生之，地养之，人成之。……三者相为手足，合以成体，不可一无也（《立元神》）”[7](p37) ；有时人与天地、阴阳、五行同位——“天、地、阴、阳、木、火、土、金、水，九，与人而十者，天之数毕也，故数者十而止，……天至人而毕（《天地阴阳》）”[7](p98-99) ；有时人甚至被视为万物之至贵——“天地之精所以生物者，莫贵于人（《人副天数》）”[7](p75) ；人甚至可以“绝于物而参天地（《立元神》）”[7](p38) 。但是，从根本上讲，董仲舒所理解的天人关系，仍然是天主人从。这主要集中体现于他著名的“天人感应”论。
天人感应论的基本思想之一是所谓“人副天数”。董仲舒认为，人是天所创造的；天所以生人，是为了实现天的意志；这样，人，归根到底，是天的缩影：
人之（为）人，本于天，天亦人之曾祖父也，此人之所以乃上类天也。人之形体，化天数而成；人之血气，化天志而仁；人之德行，化天理而义；人之好恶，化天之暖清；人之喜怒，化天之寒暑；人之受命，化天之四时。人生有喜怒哀乐之答，春秋冬夏之类也。喜，春之答也；怒，秋之答也；乐，夏之答也；哀，冬之答也。天之副在乎人，人之情性有由天者矣。（《为人者天》）[7](p64)
天地之符，阴阳之副，常设于身，身犹天也，数与之相参，故命与之相连也。（《人副天数》）[7](75)
耶稣说上帝按照自己的样子创造了人类；董仲舒亦称人是天的缩影。两相比较，其人副天数思想的神学色彩不言而喻。
董仲舒“天人感应”论的又一基本论点，是“谴告论”：人既为天所创造，当人违背了天的意志时，就会招致天的震怒；天亦会以各种灾异以示谴告和惩罚：
天地之物，有不常之变者，谓之异。小者谓之灾。灾常先至，而异乃随之。灾者，天之谴也；异者，天之威也。谴之而不知，乃畏之以威。……凡灾异之本，尽生于国家之失。国家之失，乃始萌芽，而天出灾害以谴告之。谴告之而不知变，乃见怪异以惊骇之。惊骇之尚不知畏恐，其殃咎乃至。（《必仁且知》）[7](p54)
作为“公羊春秋学”的代表人物，董仲舒习于以阴阳家之言解说《春秋》的微言大义，甚至不惜将春秋二百四十余年的历史启示，比附推衍至“非常异义可怪”的地步。此外，在《天人三策》中，他对春秋历史的解释，亦充满这