以耶律大石为首的契丹人初到中亚，根基不稳，正好趁虚而入，轻而易举地便接掌了该地区的统治大权。志费尼《世界征服者史》记述到：
他们从那里征进，直到他们来到叶密立，在这里他们建筑了一座其基址至今尚存的城市。这儿有很多突厥人和部落大量集合在菊儿汗身边，以致他们达到四万户。但他们在这里也不能停留，因此他们继续前进，到达蒙古人现在称之为虎思八里（Ghuz-Baligh）的八剌撒浑。该邦的君王是一个把他的先世追溯到阿甫剌西牙卜、但无能无力的人。该地的哈剌鲁（Qarligh）和康里突厥人已摆脱了对他的隶属，而且经常欺凌他；袭击他的部属和牲口，进行抄掠。这个当君王的家伙，不能阻止他们或者把他们赶跑。听说菊儿汗及其部下的移居，以及他们人多，他向他们遣出使者，把自己的软弱、康里人和哈剌鲁人的强大和奸诈告诉他，并请求他到他的都城去，以此他可以把他的整个版图置于他的治下，从而使他自己摆脱这尘世的烦恼。菊儿汗进抵八剌撒浑，登上那不费他分文的宝座。他从阿甫剌西牙卜后人那里接受汗的称号，授与后者夷离堇·突厥蛮（Ilig türkmen）的头衔。他这时把沙黑纳派到从谦谦州到巴儿昔罕（Barskhan），从答剌速到牙芬奇（Yafinch）的各个地方去。不久后他的百姓兴旺，他们的牲口长了膘，这时他使康里人服从他的统治，并把一支军队遣往可失哈耳和忽炭，也征服了该地区。[36]
“阿甫剌西牙卜”是乌古斯人传说中的先祖。此段文字正表明该地区的统治者为乌古斯人，而菊儿汗（耶律大石）所征服的地区也正是喀喇汗王朝的辖境。作为昔日统治者的乌古斯人，自此时开始已沦为西辽的附庸。
正因为喀喇汗王朝为乌古斯人所建，《世界境域志》第十二章“关于九姓古斯国及其诸城镇”之序言中才肯定地说：“在古代，全突厥斯坦的国王皆出自九姓古斯部[37]。”如若将《世界境域志》中“他们的国王与九姓古斯人的国王同族”一句（长期以来，学者们对这一记载有过各种各样的推测），同写成于1126年的《编年史与故事汇编》中“样磨的帕迪沙赫称为博格拉汗”之记述结合起来考虑，我们有理由认定，两条材料所反映的为同一史实，即：样磨的国王（帕迪沙赫）出自九姓古斯部族，被称作博格拉汗。喀喇汗王朝正是由这一支九姓古斯人所建立的。
喀喇汗王朝在穆斯林史料中分别称为“可汗朝”（Al-Hakaniya,χaqanïjɛ）、“汗朝”（Al-Haniya,χanïjɛ）或“阿夫拉西雅卜（Al-Afrasiyab,Afrasïjab～Afrasïjap）王家”。其统治者则被称作“王”（Ilik）、“伊列克汗”（Ilikχan）、“可汗”（χaqan）、“博格拉汗”（Buʁraχan）等，故而，学者们最初称该王朝为“伊列克汗朝”，后来俄国学者格里哥利也夫（1816～1881年）在其著作中以“喀喇汗王朝”称之，渐为学者们所接受，并沿用了下来。
Ilik一词本身便出自乌古斯语，其他突厥语则称之为Jilik（MⅠ.98～99）。Afrasïjab～Afrasïjap则是高昌回鹘的王族和喀喇汗王朝的王族所共认的始祖[38]。表明二者有着共同的起源，即均出自乌古斯部族。其初期的统治者被称作“王”（Ilik）而非“汗”的情况，亦表明当时仍为回鹘汗国的属部。《词典》曾明确说：“Manqïʃlaq是乌古斯人国家中的一个地名。Mankɛnd是接近喀什噶尔的一座城的名称，后来荒废了（MⅢ.215）[39]。”将此条与同书有关“回鹘（Ujʁur）是一个国家的名称”（MⅠ.151）之说相比照，便知“乌古斯人国家”显然是指喀喇汗王朝而言。此条亦可作为喀喇汗王朝为乌古斯所建的又一个证据。
穆斯林史料称，喀喇汗王朝的第一个可汗名叫毗伽·阙·喀迪尔汗（Bilgæ Køl Qadïrχan）。此汗早在840年就在锡尔河东部的白水城同萨曼王朝发生过冲突。扎马勒·哈儿昔（Jamal al-Qarshi）于14世纪初用阿拉伯文写成的《苏拉赫词典补编》（Mulhaqat al-Surah）一书中，曾转引了约与《词典》作者同时期的喀什噶尔人阿勒马依《喀什噶尔史》（已佚）一书中的片断。其中谈到：“突厥地区中首先皈依伊斯兰教的是柘折（今塔什干一带），柘折人在毗伽阙卡迪尔汗时期皈依了伊斯兰教，（当时）异密努哈·本·曼苏尔·剌迪·萨曼尼（al-Amir Nuh b.Mansur al-Radi al-Samani）出兵他的国家，一直打到白水城，得到大笔钱财后撤退回去[40]。”又，萨姆阿尼于12世纪中期用阿拉伯文写成的《谱系之书》中亦说，840年，萨曼王朝的努哈·伊本·阿萨德向毗伽·阙·喀迪尔汗进攻，占领了突厥的伊斯非加布（白水城），但并没能长久占有其地。不久，仍归突厥人统治，只不过在名义上臣服于萨曼王朝罢了。这期间，喀喇汗王朝的统治者，虽然被称为“边区都督”，但实际上却是独立的君主，他们对萨曼王朝是“只送礼物，而不纳贡赋”。
毗伽·阙·喀迪尔汗死后，喀喇汗朝的君权由其长子巴兹尔·喀迪尔(Bazïr Qadïr)继承，称号为“阿尔斯兰·喀喇汗”（Arslan Qaraχan），驻巴拉沙衮。后巴拉沙衮为萨曼王朝攻陷，巴兹尔·喀迪尔被杀。次子奥古勒恰克·喀迪尔（Oʁulʧaq Qadïr）继承汗位，称号为“博格拉·喀喇汗”（Buʁra Qaraχan），驻怛逻斯。伊斯兰历280年（893/894年），奥古勒恰克·喀迪尔汗因怛逻斯被萨曼王朝攻陷，而迁往喀什噶尔。这期间，努哈之子纳斯尔·本·曼苏尔（Nasr bn.Mansur）因内部纷争而逃亡至喀什噶尔，被奥古尔恰克·喀迪尔任命为阿图什地区的长官。当时，奥古尔恰克·喀迪尔年满12岁的侄子、巴兹尔·喀迪尔之子萨土克(Satuq)常去阿图什观看由商队运来的各种货物。他见到穆斯林商人的礼拜活动，受到很大影响。便去访问纳斯尔王子，想了解有关伊斯兰教的知识。在纳斯尔的影响下，最终皈依了伊斯兰教（约10世纪初），并取了个伊斯兰教名阿卜达勒·克里木（Abudal Karim），而且让其扈从也皈依了伊斯兰教。
或许是身世相同、同病相怜的原因，纳斯尔和萨土克的关系甚为密切，并为萨土克保守着皈依伊斯兰教的秘密。萨土克25岁时，率领50名士兵以狩猎为名，攻占了阿图什附近的要塞拜库（Jïʁaʧ Balïq）。不久，他身边集合了300名喀什噶尔骑兵，并得到了拔汗那圣战者的支援，共达1000人。他们先攻占了阿忒八失（At baʃ），人数增至3000骑兵。于是，围攻喀什噶尔，推翻了其叔父的政权[41]，称萨土克·博格拉汗（Satuk Buʁraχan）。接着对巴拉沙衮和怛逻私地区发动了圣战。
萨土克死于伊斯兰历344年（955.4.27/956.4.14），葬于阿图什[42]。汗位由长子阿布·哈桑·本·巴依·塔什（教名为Masab.Abdal-Karim）继承，称阿尔斯兰汗。之后，巴依·塔什又占领了巴拉沙衮及其以北地区。于960年宣布伊斯兰教为国教，并在这一年强迫20万帐突厥人皈依了伊斯兰教。自此以后，统治今新疆西部、费尔干纳盆地及七河流域的喀喇汗王朝的王族均为萨土克·博格拉汗的后裔。
以上是学者们根据《苏拉赫词典补编》中保存下来的《喀什噶尔史》中的一些片断，并参考13世纪的阿拉伯史家伊本·阿西尔（Ibn al-Athir）所撰《全史》（Chronicon quod perfectIssimun insoribitur）等书的记载而勾勒的喀喇汗王朝的早期历史，亦是学者们藉以确定该王朝创建时间的主要论据。然而，如若稍加留意便可发现，以上所谈的仅是该王朝的统治者皈依并推行伊斯兰教的历史。事实上，该政权早在此前便已存在，只不过汗权是于这一时期由非穆斯林的统治者手中，转移至汗室内已皈依伊斯兰教的成员手中罢了，汗室的王统并未改变。故而，其历史理应自前伊斯兰时期，即其统治集团正式脱离回鹘汗国时开始算起。如前文