在某些相通之处，宋担心受牵连，而惶惶不可终日。他的好友陈虬、陈黻宸就因“康党”罪名险受迫害，在宋恕的《致叶浩吾书》中提到过这件事。书信中讲到黄体芳借“八月大变”，“乃挟‘康党’二字以图置志三、介石于死地，且以禁止乡人之为志三、介石鸣怨”，而宋恕“畏通政甚于虎狼，本不敢口出一声”[53]。这件事透露出政变对宋恕的影响。
　　戊戌政变之后的宋恕内心极为矛盾，常表现出无可奈何之态。对于辞掉崇正、安澜授课之职一事，到1900年宋恕有言“戊戌政变后，不肯改节负心，立辞此席不恋”[54]。不肯改节负心是一方面，而也是“以处窄天地之中实无可奈何，不能不胆怯也”[55]。1899年他言“自八月闻变至今岁，终日悲愤，贱躯益弱，不能办稍辛劳事。”但“为糊口计”又不能不“代舍亲评阅职席依旧”，宋恕“此间米珠薪桂”[56]极为克俭，生活困顿。
　　生活困顿，体弱多病，加之政变后的诚惶诚恐，宋恕的维新思想渐趋卑微[57]。社会上的种种复杂局面，使得理想主义者宋恕不得不重新认识、思考。纵观他的思想历程，“愈趋而愈卑”则是事实，并非他的自谦之辞，之所以有这种思想倾向，戊戌政变是一个重要的客观因素。但是他一贯的重视儒学文化，反对“阳儒阴法”之学，反对统治者抑制民权的“经世致用”观念始终未变，可以讲是“不肯改节负心”的。他在戊戌政变后对待陆王心学极为推崇，可谓蹊跷。宋恕痛恨程朱理学，认为理学空言误国，陆王心学又何尝不是如此呢？之所以这样是有学理上的内在原因的。宋恕认为陆九渊“提倡先立其大，正是孟子嫡传之据”[58]。“先立其大”，在中国学术史上与“六经注我”实为内在相联、息息相关的一对概念。因“先立”，故可任意论经，而勿需如朱熹及前期清儒那样的“格物”，即不需“考据”。宋恕抵程朱，其学理的根据在此。陆王一派以六经皆我注脚之论，轻视对典籍的研读考求，视六经如土苴，发展到极端，此一理念遂成为康有为一派治学的根基，并从中胎育出了臆断恣肆之风。六经为我注脚之学风，曾经经康梁辈的利用而在政治上起过积极的进步作用，但与此同时，因其带着“学术”的假面孔，以“学术”干政、议政，以此造成对学术本身的伤害，这也是事实。对于“经世”的治学目的论，既要肯定它的“政治意义”，同时也应实事求是地指出它对于学术发展所造成的负面影响，宋恕身处风雨飘摇之世，宜乎他与同时代的绝大多数学人一样主张学以“经世”，凸显“先立其大”。但对于宋恕的经世观，同样也应当作两方面的分析与评价，从宋恕对传统儒学的诠释与“利用”来看，其中的偏颇是显而易见的，从“方法论”的角度看，宋恕的偏颇主因即因为他信奉“先立其大”。
　　政变后宋恕内心的“经世”火种并未完全泯灭。政治上之不可为，并不妨碍宋企图在“学术”上有所作为，这样，就有了1898年以后宋恕的重视教书育人，提倡欲阻欧化之阻力，必须巩固国粹之思想。
 
三、融国粹、欧化于一炉
　　如前所述，宋恕并非像康有为那样“托古改制”，他重视先秦儒家文化中的民主精神。这种思想戊戌政变后一变而为宋恕的“粹化思想观”和重视教育的主张。
　　宋认为“欲振作政事，必先转移议论，而欲转移议论，必先开广学校，此古今中外之道理也。”[59]同西方相比，“夫我国水土之佳岂不如彼，古圣之教岂不如彼，智愚悬殊者何也？将非识字，读书人数悬殊之故欤？”[60]将中国不如西方的原因归结为中国读书人太少，因此特别重视教育，并为此贡献出一生的精力。浙江求是书院留下了宋恕的足迹，他教学注重启发，强调学生自行研读，有疑则问，老师作答，在求是书院担任汉文总教习未及一年，校内的研读风气就为之一新。1905年—1908年，宋恕应山东学务处总理张士衍之请，在山东任学务处议员兼文案，支持山东的教育改革。其“粹化教育”的主张，推动了山东的普遍教育、特殊教育和社会教育的发展。
　　近代以来的西学东渐之潮，在中国社会激起了种种不同的反响。内忧外患之下，学习西方文化，“师夷长技以制夷”成为时人的共识。但是如何对待中西文化却是派别林立，洋务派、中体西用派、维新派以致后来的国粹派，洋洋大观，莫衷一是。宋恕对中西文化有其独到的见解，认为“我国开港译书，皆先于彼（日本），虽无国粹、欧化之名词，而亦显有国粹、欧化之分派”[61]。他把争论各方分成了主国粹派者与主欧化派者，在与日本的比较过程中，认为日本“其始两派竞争极烈，能调和者最居少数，乃俄而居多数焉”[62]，两派达到了很好的调和，而中国“何以竞争至六、七十年之后，而能调和者仍据最少数乎？”[63]原因就是没有重视国粹，或伪国粹者太多。在宋恕看来，晚清世风实因当时新旧两党皆以不知国粹，“两党相诟，病源相同”[64]。过去是旧党持虚骄之气，中国屡败而赔款后其气稍衰，而“今之所谓新党者，又往往以不学之躯，鼓虚骄之旧气，增欧化之阻力，而适以固欧侮之基础矣”。[65]在宋的眼里，阻欧化的罪魁祸首已非旧党而是新党。早在1896年，宋恕就对守旧、师新两派进行了批评，他言“今之言治者，约分两党，一主守旧，一主师新，然以臣观之：彼主守旧者，不知守唐虞三代之旧，不知守皇朝祖宗之旧，而唯知守帖括之旧，乃守之议论之似是而非者也。”对于师新者他又言“不知师欧洲诸国之新，不知师东方邻国之新，而唯知师市井之新，乃师新议论之似是而非者也。”[66]
　　宋恕希望走“复教”之路，学习西方文化，但受阻，于是他转而求其次，倡言“大抵国粹愈微，则欧化阻力愈大，而欧侮之排去愈难；国粹愈盛，则欧化阻力愈小，而欧侮之排去愈易。”[67]之所以国粹微，欧化阻力大；国粹盛，欧化阻力小，是因为“大抵地球正教，宗旨全符，孔、佛、耶稣，同归仁恕。所不同者，皆其形式。”中外皆有各自之“粹”，中西文化具有共性。为了证明中西之“粹”的相通，宋指出，[68]西方无妇女缠足，而孔子时中国妇女亦不缠足；西方有“新理财学说”，殊不知此说中国亦“古已有之”；三权分立制度亦非西人所创，两千年前的儒家已有此说。宋恕的时代西方学说长驱直入，加以战败的刺激，故拒西学的人逐渐减少，而信奉西学的人则渐渐增多。但在中西思想交流的过程中，对于本土的士大夫来说总也存在着接纳上的紧张，倘若能以中土固有之学说“圆融”比附西学，自然可以在一定程度上减缓、“弱化”接受西学的紧张度。以此以中学比附西学成为坚持“保存国粹”者的一大特色。
　　从宋的情况来看，他同样有如此的认识，他说：“本国之粹若微，则外国之粹自然亦格格不入，本国之粹若盛，则外国之粹自然亦息息而遥相通。”[69]因此，复兴国粹便成了第一要务。1905年宋恕在《国粹论》一文中指出：“对于粹之尚存者之一方面，则所谓‘保’者无着落，而非言‘复’不可矣！”[70]，这里的“复”是谓恢复之“复”。“复”为“保”的前提，那么，宋恕之“复”国粹是否带有蔡元培所说的 “要在儒学里面作‘文艺复兴’的运动”呢？[71]这种可能性放在宋恕所处的时代背景以及宋本人的“中土情结”下来考察应当是存在的。宋恕认为，既然中西之“粹”相通，“复”粹之途就在于“拟请奏创一堂，名以‘粹化’，招英俊之书生，施特别之教育，以博览方闻为日课，融国粹、欧化于一炉”。[72]在《粹化学堂办法》中，他特别强调“国粹”的学习，指出“理化等学宜暂不立课”，而应重视经史子集，而这之中又尤重史学。宋恕认为“今之赫赫名人多不读史，……废史之罪，洛闽实魁，南宋、元代，漏风已成[73]”，[74]而“史为记事之书，经、子、集虽杂记事，而要旨为论事之书。记事书为原案，论事书各