此，还不时受到东蒙古贵族的军事进攻。为了应对这种被动局面，陷于分裂的卫拉特四部：绰罗斯（准噶尔）、杜尔伯特、土尔扈特、和硕特于15世纪后期，经过重新磨合，结成卫拉特联盟以对抗来自东蒙古的威胁。[14]其中以准噶尔为首，但互不统属。
卫拉特联盟时期，喇嘛仍然受到统治者的优遇。在《一六四○年蒙古卫拉特法典》之前形成的一部法典——学界习称《卫拉特旧法典》——中有这样的内容：同僧侣的通奸完全不受处罚，而普通人的通奸，奸夫应交出四岁马一匹给喇嘛传令吏。这里的僧侣、喇嘛，显然指代的都是黄教传进以前的各派喇嘛。[15]这也足以说明，也先死后，即15世纪后期到16世纪前半期，藏传佛教在卫拉特中的传播还是相当广泛的。
其后不久，西藏黄教即渐次传入卫拉特各部，新疆佛教的面貌也随之大为改观，迈入了一个全新的时代。
吾人固知，卫拉特是游牧民族，而佛教戒杀生、戒争斗的教义肯定会与其骑马射猎、尚勇好武的习俗存在牴牾之处。那么，卫拉特人又何以不遗余力地尊崇佛教呢？我认为应有以下几个方面的因素：一、蒙元统治者为了巩固自己的统治地位，利用藏传佛教作为精神统治的武器，故对藏传佛教极力推崇，甚至将其定为国教。卫拉特上层与元朝皇室，世联婚姻，有的成为皇室的驸马，有的受到蒙古皇室的加官封爵，受其影响皈依佛门自属情理中事；二、卫拉特与沙州、罕东、赤斤三卫蒙古之间存在着密切联系，也先曾“遣人伪授沙州、罕东、赤斤蒙古三卫都督喃哥等为平章等官，又擅置甘肃行省名号，意在邀结夷心”。[16]这三卫蒙古人都是藏传佛教信徒，其统治者往往以喇嘛为使臣与卫拉特往来，“交往深密”，[17]也促进了卫拉特封建主对佛教的接受。此外，与卫拉特关系密切的哈密及泰宁、朵颜、福余兀良哈三卫也都是藏传佛教的兴盛之地，而且都曾受到卫拉特首领也先的控制，故其佛教对卫拉特产生影响亦当情理中事；三、黄教倡导生死轮回、善恶相报之说，鼓吹今生尊佛积善，来世可以修成正果，并宣称蒙古贵族——诺颜就是前生行善而转生成正主的，与“神”的地位相等。这些说教自然符合蒙古贵族的利益；另一方面，处于被压迫、被剥削地位的劳苦大众之所以受贫受欺，同样也是前世行为之果，因作恶而在今生得到了恶报。此说掩盖了卫拉特社会阶级差别、贫富差别的本质，在一定程度上可以使劳动人民忍受、顺从，放弃改革现实生活的斗争，有利于稳固卫拉特封建主的统治，比蒙古人原来尊奉的萨满教更符合于统治者的需要，故而得到卫拉特封建主的倡导。
二、黄教始传与顾实汗入藏护教
黄教是15世纪初在西藏兴起的一个喇嘛教派系。当时，藏传佛教各派戒律废弛，僧人追逐世俗权利与财富，引起信誉危机，有鉴于此，宗喀巴倡导宗教改革，主张依据噶当派的教义，要求僧侣严守戒律、终身不娶、脱离农事，严格寺院组织与管理制度，使世俗贵族不能操纵寺院事务；主张显密并重，强调显密兼修及先显后密的修行次第，故被称为格鲁（善规）派。又因该派僧人戴黄色僧帽，俗称“黄教”。
16世纪，东蒙古土默特部的俺答汗将卫拉特势力逐出杭爱山之南，又进兵青海，驱逐了卫拉特在那里的势力，逼迫卫拉特将其活动中心局促于天山南北一带。万历元年（1573），黄教首领锁南嘉措应邀抵达俺答汗在青海的驻地。俺答汗皈依黄教，成了护法王，并授予锁南嘉措为“圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛”之号。达赖之名，由此而始。这一事件标志着蒙古开始接受黄教，在蒙藏佛教史上产生了巨大的影响。接着，东蒙古其余各部也相继改宗。在达赖三世锁南嘉措的授意下，俺答汗的孙子云丹嘉措成为达赖四世。一位蒙古人坐床拉萨，成为黄教的一代教主，这对蒙古佛教信徒而言，不啻为一件具有划时代意义的大事，而对黄教来说，此举也必然为争取更多的信徒开辟了广阔的道路。于是乎，黄教更如洪水一样，迅速漫及东西蒙古的所有部落。但由于卫拉特“同西藏没有直接联系，以及跟东蒙古执政者不和”，黄教在卫拉特中的流行要比东蒙古晚了不少。[18]
黄教与卫拉特的最初接触，庶几乎可追溯到17世纪初叶，系由东蒙古传入。佚名氏著托忒文《和鄂尔勒克历史》对此作了如下叙述：
在喀尔喀乌巴什珲台吉时邀请哲布尊丹巴呼图克图[19]到蒙古地方，从此蒙古人开始皈依佛教。以后卫拉特人在拜巴噶斯时代请了察罕诺们汗呼 图 克 图。呼图克图创造了托忒文字，给大家教书，使大家了解佛法的精义。同时传播医学和其它学问。这样，卫拉特人对佛法就更加深信不疑。[20]
上述引文中所说的佛教无疑是指黄教，察罕诺们汗即哲布尊丹巴，系喀尔喀黄教教主的封号，乌巴什珲台吉即硕垒乌巴什珲台吉。硕垒乌巴什珲台吉时，黄教在喀尔喀部已有流布，但当时哲布尊丹巴一世尚未出世，因此引文所说的哲布尊丹巴不可能是哲布尊丹巴一世，而只能是哲布尊丹巴一世的前身，即库伦掌教大喇嘛扎阿囊昆噶宁波。扎阿囊昆噶宁波原是西藏大喇嘛，达赖四世在位时，曾于神宗万历三十二年（1604）计划在土拉河畔的库伦设置一名坐床掌教大喇嘛，以弘扬佛法，但未派人前去。后来，拉萨黄教各大喇嘛公推扎阿囊昆噶宁波前去就任此职。他于万历四十二年（1614）抵达库伦。临行，达赖四世赐以“大慈迈达里呼图克图”之号。大喇嘛由西藏而住持蒙古，应以此为镐矢。扎阿囊昆噶宁波被选为蒙古掌教大喇嘛，宣传教旨，灵异昭著，受到了喀尔喀人的极度尊信，被尊以大慈诺们罕之号，并上“博硕克图济农”号，为转金轮彻辰济农汗。祟祯六年（1633）圆寂于蒙古之库伦。扎阿囊昆噶宁波圆寂后，“转生”为哲布尊丹巴一世，驻锡库伦，仍为掌教之大喇嘛。
通过上文的考证，可以看出，卫拉特人最初皈依黄教，当在扎阿囊昆噶宁波于1614年抵达库伦后不久。[21]日本学者若松宽进一步考证认为，黄教正式传入卫拉特蒙古之年应是万历四十三年（1615）。[22]时当俺答汗皈依黄教之后的第42个年头，可以信从。
拜巴噶斯“听取了察罕诺们汗讲授的有关情器世间必将毁灭的道理，决心脱离无常之根”，遂发愿出家为僧。由于那时拜巴噶斯是四卫拉特的领袖，故其出家念头受到所有卫拉特王公贵族的反对。众人问察罕诺们汗：“是一个人当喇嘛福大，还是众人当喇嘛福大?”呼图克图回答：“众人当喇嘛福大”。于是四卫拉特王公决定每人派一个儿子代替拜巴噶斯当喇嘛。这些王公有：乌巴什汗、杜尔格齐诺颜、楚库尔、哈喇呼喇、巴图尔珲台吉、墨尔根岱青、土尔扈特的和鄂尔勒克、罗卜藏、墨尔根托木尼、杜尔伯特的达赖台吉、辉特的苏勒坦台什等，每人出一个儿子，总共有32个王公的儿子当了喇嘛。同时还从庶民中选了200个男孩子作为上述王公孩子的侍从，也当了喇嘛。这些人被送到安多学习，不久又被送到拉萨求学。[23]拜巴噶斯当时还没有儿子，便从和硕特巴巴汗诺颜的儿子中认了一个义子，献出当了喇嘛，这便是后来声名卓著的咱雅班第达（详后）。
卫拉特诸部之皈依黄教，使黄教势力更为壮大，引起了藏传佛教其他教派的担忧与警惕，遂与世俗权力联合起来试图予以遏止，其中最突出的例证就是后藏藏巴汗及其联盟对黄教的反对与抑制。也就在这一时期，卫拉特部的势力又逐步渗透到青海地区，与黄教有了更密切的接触。推进这一进程的最大力量来自和硕特部的顾实汗。
顾实汗本名图鲁拜琥（tho-rol-pā’i-hu, 1582～1655），是和硕特部著名首领哈尼诺颜洪果尔之子，拜巴噶斯汗之弟，自小即以勇武著称。据传，他13岁时曾领兵击败了“白头回回”的4万士兵,“威名大振，所向无敌”。[24]万历三十四年（1606），喀尔喀与卫拉特之间产生冲突，战争一触即发，为了消弭这场战争，他冒生死前往调解，获得成功，东