江瑔由此引申到“春秋则《公羊》为今文，《左氏》《穀梁》为古文”，“古今文原无大别，学者乃因今古文之小异，至于角立门户，争持不休，不亦可以已乎?”蒙文通认为江慎中把“齐学、鲁学的问题，要拿来代替今、古的壁垒，从《穀梁》着手，著了部《春秋条指》，阐明《穀梁》的微言大义”。江瑔依据江慎中学说，详细申论汉初诸经不出于鲁，即出于齐：“其出于齐鲁之外者，殆甚少”，齐学、鲁学的差别在于“鲁学属于古文居多，齐学属于今文居多。鲁学以训诂名物为宗，齐学则仅举大义。鲁学朴实，说理谨守绳尺，齐学则多涉于浮夸。
鲁学重人事，贵力行，齐学则轻人事，重天命，杂以灾异五行之说，往往引谶纬以说经。”刘师培为证明群经大义相通，同样以齐鲁学之别代替今古文之争，“汉初经学初无今、古文之争也，只有齐学、鲁学之别耳。凡数经之同属鲁学者，其师说必同，凡数经之同属齐学者，其大义亦必同。”在《国学发微》中，提出治经不应持门户之见，汉代经学不当以今、古文分，当以齐学、鲁学分，“吾谓西汉学派，只有两端：一曰齐学，一曰鲁学。治齐学者，多今文家言;治鲁学者，多古文家言。”江慎中与刘师培侧重以阴阳高谈大义与训诂名物分别今古与齐鲁。
四川国学院时期，廖平、刘师培皆以齐鲁代今古，名同义殊，廖平以鲁学为今学，刘师培以鲁学为古文。蒙文通于异中求同，“作《经学导言》，略陈今古义之未可据，当别求之齐、鲁而寻其根，以扬师门之意”。一面解决汉代今、古文的起源问题，讲明儒学在先秦两汉的渊源流变，一面探寻经学真貌与嫡派，通经明道，“思所以决荡今古之藩篱，则徒有进而求齐、鲁之意，而事则犹疏，故廖、刘以来，江慎中、郑东父虽言齐、鲁学，于上溯晚周之绪犹不过但启其端耳”，“今之言学者，不思今古学决非坚固不可破坏之学派，而别求本始之学，不知今古学徒为两汉之学，而当沿廖、刘、江、郑所明，以上求晚周之学”。
崔适在《史记探源》和《春秋复始》中，明确提出《穀梁传》为刘歆伪造的古文经，“造《左氏传》以篡《春秋》之统，又造《穀梁传》为《左氏》驱除”。蒙文通认为此说谬误根源在以学官判断今古。
《经学导言》中，蒙文通曾涉及到以学官区分今古，廖平视之为“一派谣言”。蒙文通改定《经学抉原》时强调学官仅为其表，“今古学异同之大端，即属制度”。蒙文通深信“经术亦以地域而分”，发展廖平以地域分古今的思路，将“燕、赵为古学”改为“赵、魏、三晋为古学”，认为今文学来源于鲁学、齐学，是合鲁、齐之学而成;古文学依据三晋学而立，来自晋学：“古文之学来自梁、赵，孔氏学而杂以旧法世传之史，犹燕、齐之学，为孔氏学而杂以诸子百家之言，其离于孔氏之真一也”，“今古学门户虽成立于汉，然齐、鲁以并进而渐合，晋学以独排而别行，则始于秦。言今、言古，终秦汉以后事，皆无当于晚周之旨也。”不过，蒙文通未将学术分殊化约为地域差别，强调“齐、鲁治学，态度各殊，《公羊》、《穀梁》、《易》、《书》之学，在汉传之者非特齐鲁之士，盖以合于齐人旨趣者谓之齐学，合于鲁人旨趣者谓之鲁学，固不限于汉师之属齐、属鲁”，“辨别齐鲁学是从他学问起源的地域分，根据他的主义来分，而不问在汉初是某国人传出来的”。晋学、齐学和鲁学礼制的差别，就是王、霸之别。《春秋》阐明王道，齐学、晋学虽仍讲孔子之学，但留有齐桓、晋文霸制的余迹，只有鲁学笃守王制。
鲁学、齐学、晋学、今文、古文都源出孔氏，都是孔子之学在先秦两汉的传承，齐学、鲁学是“并进而渐合”。蒙文通“推两汉学之本，更溯源于先秦”，暗示汉代今、古学与周秦齐、鲁、晋学一脉相承的关系。廖平将今古不同归于孔子早年、晚年学说的变化，仍期望以孔子来统会经说分歧。蒙文通则“离三家之说”，认为鲁学、齐学、晋学“三派各有他们的本来面目，分别门户，真是离之则两美;到他们都与孔学混合，古史、百家两派便渐渐的湮没，孔经的本来面目亦被他们混乱，便分争不休，这真是合之则两伤”。
六艺是鲁人之学，鲁学醇正谨守，是孔学嫡派、六经正宗。齐学乃孔子之学传入齐国，“齐人固以百家之旨为主”，“义则浸淫于邹衍”，“礼则杂糅于淳于髡”，自然没有鲁学纯正。古文学源于魏、赵，但三晋之学实以史学为正宗，古文学杂以“旧法世传之史”，异于孔学。《春秋》讲大义、重制度，孔子以礼制删定《六经》，以《春秋》阐明王道，王道就是“尊周用王礼”。以礼制而言，孔子认为周礼尽在鲁，《穀梁》为鲁学嫡派，所保存的礼制最纯正，谨尊王道，最得孔子之意。相比之下，《公羊》只是霸道，是孔子所反对的。晚清以降，以《公羊》言改制的今文学自然就只能是儒学支派，不是学脉所在。鲁学中《穀梁》与《孟子》最得孔子真义，真今文学必须以家法条例探求《穀梁》与《孟子》。汉代今文学是齐派占势力，古文是晋派占势力，孔学真义便隐晦不明。汉代经今古文之争、魏晋时期南北学术的对峙症结即在于此。蒙文通认定孔学嫡派之后，随即考辨经今古文之争中悬而未决的难题，梳理两汉魏晋儒学的流变。
三、今文学的考辨工作
清代今文学以研究西汉博士之学与辨伪古文学为重点，衍至民国，今古文经典的辑佚、考订、辨伪依然是学术焦点。蒙文通执教中央大学期间，尝称：“六经亡于秦火之辨，托古改制之辨，纬候起于哀平之辨，及乎左氏不传《春秋》，卫宏作《毛诗序》，周官为阴谋之书诸大端。此皆井研廖师、仪征刘师及并世学者常论而难决者。”所列举诸问题，为今古相争之重大子题，常有学人“以此诸事为问”，亦有人致函辩难。
近世疑古思潮多将诸问题归于托古改制说、刘歆造伪说，蒙文通以辨明家法条例、探寻学术源流的方式，综合廖、刘师说及并世学者之言，对今古文之争中悬而未决的问题予以回答。此即《经学抉原》序中所言“推本礼数，佐以史文”，“斯固师门之旨”。
(一)六经亡于秦火辨
乾嘉汉学从事经书佚文的辑录、校勘及文献考订工作的基础之一，便是秦焚之后六经有所亡缺，必须透过辑校才能恢复前人的全貌。清代今文学力证秦焚书而六经未尝亡缺，康有为《新学伪经考》对此说论述最详。皮锡瑞认为：“焚坑之令未久而亡其国，故不能尽绝圣门之经也。”
刘师培特撰《六经残于秦火考》，对康氏论点逐一驳斥。四川国学院时期，廖平主讲孔经人学，辅以孔子创造文字说，“据《史记》八引‘孔氏古文’，以为孔作六经，先制文字”，而“所谓‘孔氏古文’者，对博士今文隶书而言”。秦未焚孔经，所焚乃“六国史与百家言，即焚仓颉结绳字母”。
蒙文通作《孔氏古文说》支持廖平新说，首先因事证明六经未亡于秦火，“焚其不中用者而定一尊于六经，所坑亦策士，非真儒”，今文学为博士之传，“博士之官固未尝废、而孔子之业本未尝绝也”，“博士之传不绝，则博士之经不残可知也。”
不过对比《经学导言》与《经学抉原》目录，发现后者较前者多出两节“焚书第二、传记第三”，可见这两节是返川后新增。《经学抉原》不仅新增“焚书”一节，还把“焚书”与“古文佚经”问题单独在《中央大学半月刊》发表，与东部学人辩难。顾实曾平议秦汉烧书校书两大案，认为“秦亡之际，书烧博士逃，而犹有书完不阙之理，此虽三尺童子不难立辩也”，直至“刘向歆父子校理秘文，哀帝时歆卒父业，奏定《七略》，遂为古今文艺学术之钤键”。顾实试图以此文“息近世倡为今文谬说者之喙”，“法家之专制而焚书，一浩劫也;儒者之专制而删书，又一浩劫也。”
蒙文通重申“六经未亡于秦火”，还以“献书和壁中书”论今学、古学之别。康有为怀疑壁中古文的真实性，由此引申刘歆造伪之说，动摇古文学的根本。刘师培遍考《史记》、《汉书》以明两汉之际《尚书》之源流，认为刘向以中古文校百两篇，以真古文证伪古文，“安国未献古文前，中秘无《古文尚书》，既献以后，始有之”，“刘向所见之中古文即安国所献之本”。
蒙文通同意刘师培的说法，鲁壁确实发现了中古文经书，壁中《尚书》、《礼经》，“古文家见之，今文家亦固见之”。只不过今古学家都认为《逸书》16篇、《逸礼》39篇是传记，而不是经，《古文尚书》也是如此，古文家便“莫以传于经而传之”。
蒙文通认为：“古文之学，以有壁中佚经而兴，然古学者乃不传佚经，古学之大异于今学者，为独宗《周官》、《左氏》，而《周官》、《左氏》固自不出于壁中，孔壁佚经果有足为古学之根据者，古文家宁不传之。则知孔壁古文，实非贾、郑古学家之所本，汉魏之交，其籍犹存，而刘歆以后之古学，其所据以立义者，固在彼不在此也。”若仅从文字差别区分今古文，质疑“壁中书”与“古文”可谓只见其表，未明其里，不仅未得要旨，反而导致盲目疑古。《史记》等典籍中诸多关于“古文”、“孔氏古文”的记载，又印证了“六经为古文之说”。
由此便可以上溯孔氏古文，确定孔氏之六经及其嫡派。蒙文通分别六经与旧史，确立六经篇目、次第，考还博士之旧，认为博士之经同符孔籍，今文学才是孔学的嫡传。
(二)《左传》不传《春秋》辨
晚清经今、古文学论争的焦点中，围绕《左传》真伪问题进而论《左传》是否传《春秋》的争辩尤为激烈。刘师培认为《左传》不仅“传”《春秋》，而且将上古诸典籍涉及《春秋》的史实与《左传》相互比勘，不仅史事相同，而且遣辞用语的先后相袭，明白无误。
廖平三变之后，力求整合孔学，言孔圣制作以抗西学，故对《春秋》三传异同有所折衷。1909年，廖平刊行《左丘明考》，认为左丘明即启予商，为子夏之后，公羊、穀梁是子夏姓名的异文，因而《春秋》的《左传》、《公羊传》、《穀梁传》均出于子夏。后又刊行《春秋三传折衷》，力主“三传同系一源，必于不同之中以求同，斯为可贵”。
