刘师培入蜀之后，治《左传》更重家法条例，陆续完成《春秋左氏传古例诠微》、《春秋左氏传例略》、《春秋左氏传传注例略》等书。诸书由重史迹转入探讨微言：“师培束发受学，耽味古经，以为经者，制作之微言，传者，经文之通释。至于文质详略，不必尽同，虽制象曲成，而善言应类，杜例所汨，宜有纠绳。汉说既微，实资阐发，用是汉说而张微学，退杜例而简异端，撰书廿篇，名曰甄微，始于《宗经》，终于《序师法》，所以明是非，昭然否，系蒙后学”。
蒙文通早在《孔氏古文说》里就认为传《春秋》的仅有《公羊》、《穀梁》。蒙文通此时上溯周秦，以三方之学解释三传之别。若以礼制来分，则《左氏》是霸道，《穀梁》是王道。就体例而言，《春秋》为记事之体，而《左传》、《国语》为记言之体，左、孔两家“说事每有乖违者，正以此也”。
况且《左氏》多发凡史例，通于史册，则《左氏》正以不修《春秋》立言，汉代经师以此不以《左氏》为经，谓不祖孔子，不传《春秋》。正因为“左氏与孔子事义已多阻隔难通”，当刘歆欲立《左氏春秋》、《毛诗》、《逸礼》、《古文尚书》于学官，太常博士不抑《毛诗》，而谓《左传》不传《春秋》，则正以为《左传》自为一家之学，“不祖圣人故也”。不仅今文学博士诋毁《左传》，不以之立学官，古文学者桓谭、卫宏、班固也诋訾《左传》，可见，不以《左传》为《春秋》之传乃“两京之通义”。
对于“《左传》是刘歆割裂《国语》而成”之说，蒙文通认为此事并非始于刘歆。只是刘歆根据《左传》、《周官》之义遍说群经，确立古学的根荄，于今文学博士之外，自为一宗，确立古学。《左传》原本不以《周官》立说，与今文尚且接近，等到《周官》兴起之后，《左氏》才袭用《周官》之说，今古文学的界限明朗，今文学以《王制》为宗，而古文学以《周官》为宗。可见，刘歆创立古学，发端于《左氏》，归重于《周官》，开始与今文相近，后乃愈去愈远。
(三)卫宏作《毛诗序》辨
汉代《诗》学有齐、鲁、韩、毛四家，由于三家诗早已亡佚，只有《韩诗外传》传世，而《毛诗》保存较为完整，由“《诗经》传授源流派别观之，《毛诗》之重要，殆莫与京”，但《毛诗》之性质与诗序的作者问题历来争论不休。1913年，廖平作《论诗序》、《续论诗序》，重提诗《序》问题：“毛朱皆从晚近望文立训，各以兴相所会，师心立解”，“互有得失，皆不足以餍人心”，而“近人喜谈三家以为复古，而序事一门，不能坚持一定此已实之明效大验也”。廖平以为“诗序之害大”，以序解诗犹如以史证《易》，“诗一有序，则人不能贤，词不能白，凭之牵引诬陷，二千年如长夜。”
其实“孔子所传，子夏所授，先师所习，皆在义例而不在时事。末流弟子因属空文，难于征实，兴会所至，偶以事实托之，各随所见，故彼此不同。”廖平以孔圣制作立论，刘师培则以经训治《毛诗》，著《群经大义相通论》，其中有《〈毛诗〉〈荀子〉相通考》一节：采掇《荀子》之言诗者22条，证荀义合于《毛诗》者十之八九，以明《毛诗》出于荀子。在整理国故运动中，郑振铎在1923年1月发表《读毛诗序》，主张将《诗序》逐出《诗经》之外，切断《诗序》与《诗经》的关系，揭开了民国初年反《诗序》运动的序幕。
蒙文通本于齐、鲁、三晋之学，兼采廖、刘师说来探讨《毛诗》的归属及《诗序》作者等问题。《毛诗》的“今古”归属，“东汉以来，皆以费氏《易》、毛氏《诗》为古文”，江慎中以此为“大惑不解者”，以《毛诗》非出于“孔壁及鲁淹中之竹简”论证《毛诗》“非古文”。
蒙文通认为古学成立，源自刘歆发挥《左氏》，归重于《周官》，与《毛诗》无关。蒙文通之弟子李源澄进一步引申，“《毛诗》虽与三家异，三家亦自相违异，古学与非古学，又不能质也。今文学者以礼制判今古学，其述至确。今以礼制为律令，证之今文诸经传，罔弗与孚，于古文诸经，反多违戾”，是故以此为原则证《毛诗》言礼多与“《仪礼》、《穀梁》互明”，以此回应《毛诗》之今古归属。皮锡瑞曾主张“诗之序犹书之序也，诗序有今古文之分，犹书序有今古文之分也”，“三家今文诗序见于诸书所引者可信，古毛诗序不可尽信”。
蒙文通认为《义》中自有子夏之说，但不必全为子夏所作，也有后来学者的附益之文。各篇之《义》也并不局限于孔子所定之305篇，故《大序》为子夏所作，讲论全诗之大义，则置于《毛诗》之首;《小序》则是子夏、毛公合作，置各篇之义于子篇之首。可见，蒙文通在经今文学立场，认定《毛诗》为鲁学，其序由子夏、毛公合撰，绝非卫宏所作。黄永镇从史籍考证的层面肯定蒙文通关于卫宏作诗序说之史源，但对其结论则殊不认可。今人则称蒙文通今文学立场乃“自有先入之见”，其说“徒以主观臆测”，“于材料缺乏客观分析之态度，乃从可靠之原始材料中得出错误之结论。”
近人对蒙文通“《毛诗》辨”的态度似可视为“今文家言”在民国学界命运的缩影。一如章士钊在回复蒙文通时称：“疏经纂史，鄙志所存，开馆征书，亦非不办。然时局如斯，所谓高谈无所与陈，发义无所与展，吾则奈何哉?”那么，如何在民国学界倡言“高谈”，发挥“大义”，《经学抉原》即是蒙文通对此的初步回应。蒙文通自称：“余少习经学，好今文家言，独于改制之旨，则惑之未敢信”，同时总结近世学风：“浙中学者善持六经皆史之论，缀学之士多称道之，诵说遍国内。晚近托古改制之论兴，缀学之士，复喜称道之，亦诵说遍国内，二派对峙，互相诋，如冰坛不可同形，已数十年于此也。”
蒙文通辨析“今文、古文之界别且不明，徒各据纬候、仓雅为根实，以讪郑、阿郑为门户，则近世言今、古学之大本已乖，又何论于托古改制、六经皆史之怪谈”。《经学抉原》言齐鲁探经学之源，溯流则分殊今古;《古史甄微》本之《经学抉原》，厘清经史关系，动摇素王之说，则改制之说难以成立;证明“六经皆史之谈，既暗于史，犹病于史”，更导致孔子微言大义隐而未彰。
蒙文通以家法条例考辨今古，条例是经传的体例与义例，言师法以溯其源，讲家法旨在衍其流。清代学人赵春沂认为：“家法明则流派著，可以知经学之衍别，可以知经文之同异，可以知众儒之授受，可以存周秦之古谊。汉学之盛，盛于家法也!”
张尔田坚信家法条例是沟通考据与义理的枢纽，“群经有家法，诸史有义例，一时有一时习尚之殊，一时有一时信仰之别。”依循家法条例研究经学，方可阐发儒学内涵及其渊源流变，此即蒙文通所言“守先师之遗训，考其家法，推其条例，以致其密，说虽难备，义尚有归。”
四、“道术之精微”如何阐明
如若将《经学导言》与《经学抉原》两相比较，不难发现，蒙文通在《经学抉原》中将“明道”旨趣隐而未彰。刘咸炘为此劝诫蒙文通以“纯美者示人，必大过于炘，其功非考证古史之所能比”。为何蒙文通会有如此举动，有学人将之归结于外部学术环境的转变，东部学人正在建设一种“纯学术”的研究，晦言“义理”，蒙文通不得不做出相应调整，究心于经史之学。然而，若综合考察蒙文通为体之学，及其与民国学术流变的内在关联，或可窥见民初经学流变,阐发“道术之精微”的另一路径。
廖平、康有为尊崇孔学，本意以儒家微言调和中西新旧，其结果却“新学攻吾以守旧，而旧学则疑吾以新奇”，“新学见吾之说有少合于其新者，亦颇采之，而惜其仍笃于旧象也;旧学见吾之说有少合于其旧者，仍惜其有过新奇也，皆各自为总裁、主考，而以吾为诸生耳。”新文化运动之后，经学不再被视为不可动摇的学术之本，以空谈义理来提倡儒家信仰势必行不通。唐迪风认为：“道不可空讲必以史学为躯体，当今非此不能正邪说。”
1929年，蒙文通自称“本之孟子，述《孔氏古文说内篇》以探宋明理学之微;本之《穀梁》，述《孔氏古文说外篇》，先成《经学抉原》，以究汉魏经术之赜，旧撰《经学导言》，颇损益其文以入之”，《古史甄微》与论禅学、周秦诸子等篇“与内外篇相发明者，悉并为《孔氏古文说杂篇》以附之，以示羽翼之意而已。”
以理学与经学为主干，以佛学、诸子学、古史为羽翼，俨然一副为体之学的态势。《古史甄微》、《经学抉原》是澄明义理学的初步：《古史甄微》以史证经，以地理、民族、文化的视角创立古史三系说，澄清经史关系，申明儒学在中国文化中的地位。《经学抉原》意在指示研究经学之轨则，以齐鲁之学突破经今古文之争，寻求孔学嫡派，畅家法，明条例，分殊礼制，阐明“二千年来不传之坠绪”。义理学在蒙文通学术体系中居于首位，阐明义理学又需要以制度与史说为基础，“制与事既明，则将进而究于义，以阐道术之精微”，“后知东方文化中之东方文化，斯于学为最美，则此区区之谈制与史者，琐末支离，固无当于高明之旨也。”
欧阳竟无曾授意蒙文通作《中国哲学史》，蒙文通“拟先从史说入，以见周秦之哲学根本;从民族说到思想与文化”，所言“史说”、“民族”当是指后经屡次修改而结集的《周秦少数民族研究》。这依然是“事”、“制”、“义”三位一体，由“史说”以明事，观制度之别，以见“义”(哲学)之根本。蒙文通因制明义，探究今古文之起源，以周秦民族之史迹明周秦哲学之根本。蒙文通计划在民族迁徙及文化学术变动的基础上，考察“旧民族(周)、旧文化(儒)受此新兴民族、新兴文化之刺激而起之改革以成功之新学术”，最后落实今文学兴起，“当新旧两民族之主干，为周秦新旧两文化之主干，为儒法而百家皆余波，周之治为贵贱阶级之悬殊，秦之治为贫富阶级之悬殊，新起儒学即以推到周秦贵贱贫富之阶级而建立平等民主(禅让)之政治，遂成功为今文学制度之基础”。
