上等于兼任宰相，把君主独断专行扩大到了顶峰。可是，这只是明初形势下，明太祖带有个人特点（如权力欲极强，猜疑心重，统治经验丰富，精力充沛等）所采取的措施。作为制度，后代不具备这些特点的皇帝是没有能力，也不愿意照样执行的。可是“祖训”又不便公开违背，在这种情况下，经过改造，内阁制度便逐渐形成，以一种新的形式起着限制君主独断专行的作用[28]。
　　我们知道，明代内阁诸大学士，和以往宰相不同，在制度上始终没有监督六部、百司执行皇帝诏令之权。直到明末崇祯年间，一些阁臣为推卸责任仍在说：“昭代本无相名，吾侪止供票拟。上委之圣裁，下委之六部”（《明史》卷二五七《冯元飙传》）。清代官方著作《历代职官表》也说：“内阁职司票拟，其官创自明初，原不过如知制诰之翰林，并非古宰相之职”（卷二内阁表下案语）。这些话并不错。这正是明太祖这个历史上个别杰出人物废宰相后，给后代政治制度所打上的深深烙印。可是由于限制君主独断专行这一历史总趋势不可遏止，后来的君主和臣属自觉不自觉地逐渐把内阁塑造成了实际上代替宰相的机构。其权力和特点如下：
　　第一，内阁拥有“票拟”之权。这就使它对皇帝权力的限制，超过了过去的宰相。所谓票拟，便是代皇帝草拟各种文书，大量是关于六部、百司各类政务奏请文书的批答。它可以是先与皇帝共同讨论，作出决定后再草拟成文字[29]，更多的是内阁先拟好批答文字，连同原奏请文书一起送皇帝审批。由于票拟要比以往各朝辅佐君主处理政务的制度更加细致、周到[30]，特别是过去（如唐宋）草拟下行诏令和审核上行奏章的机构，有中书，有门下，有翰林院，比较分散，明代全都归口于内阁[31]，这就给大多数中主单纯倚靠内阁票拟，自己可以不怎么关心政事，提供了极大方便。其结果便是：表面上宰相废去，皇帝直接指挥六部、百司政务；实际上多半依靠“票拟”定夺，皇帝的意志和权力受到内阁诸臣极大的左右限制。如果说儒家的“君逸臣劳”要找一种理想模式的话，那么明代内阁票拟便是这种模式[32]。
　　《明史》卷一八一《刘健传》：孝宗时与李东阳、谢迁俱在内阁，“三人同心辅政，竭情尽虑，知无不言。（孝宗）初或有从有不从，既乃益见信，所奏请无不纳，呼为先生而不名”。武宗即位，刘健等提出几条压制近倖的办法，“拟旨上，不从，令再拟。健等力谏，谓‘……所拟四疏，（自信正确），不敢更易，谨以原拟封进’。不报，居数日又言……（表示既不批准票拟，便求退休）。帝优旨慰留之。疏仍不下。越五日，健等复上疏，历数政令十失，……因再申前请。帝不得已，始下前疏，（仍未批准，而是）命所司详议。健知志终不行，首上章乞骸骨，李东阳、谢迁继之，帝皆不许。既而所司议上，一如健等指，帝勉从之”。这是内阁经过斗争，终于将自己意志强加诸皇帝的例子。明武宗是个十分任性的人，为什么他不行使至高无上的皇权，迳直否决刘健等的票拟呢？就因为发展到明中叶，一般情况下如同孝宗那样，照批票拟已成惯例，要想否决，便得提出理由；武宗又提不出理由，于是便只有拖。拖来拖去，被迫批准。
　　《明史》卷一六八《陈循传》：在比孝宗还要早的景帝时入阁。“帝欲易太子，内畏诸阁臣，先期赐循及高谷白金百两，江渊、王一宁、肖鎡半之。比下诏议，循等遂不敢诤（而遵旨票拟）”。为什么景帝更易太子要向阁臣行贿，而不迳直行皇权决断呢？正象武宗一样，就因为缺乏理由，所以害怕阁臣不同意，拒绝拟旨。现在景帝虽达到了目的，但那是由于阁臣腐化怯懦，未尽到职责，属于另一问题；而行贿本身，却正足以说明内阁和票拟确是对君主的独断专行，胡作非为，起着很大限制作用的制度。明末冯元飙曾针对一些阁臣自称只供票拟，不是宰相，以推卸责任的话，批驳说：“夫中外之责，孰大于票拟”（《明史》本传）。这在一定意义上，是符合事实的。
　　第二，由于票拟是下达皇帝诏令的正常途径，所以明代内阁限制皇帝滥下手诏、中旨的斗争，更加制度化。当时一般的做法是：各类文书全归口于内阁票拟，疑难者由皇帝召阁臣一起商议决定；但必要时皇帝也可在禁中主动提出自己关于政事和用人的意见，通过手诏、中旨（或宦官传口谕）下内阁票拟。对于这类手诏等，内阁可以奉行，也可以拒绝，全都合法。《明史》卷一八一《徐溥传》：入内阁。孝宗弘治五年，“中旨”给一革职者复官，溥等言：陛下“即位以来，未尝有内降（意即全都通过正常途径由内阁票拟），倖门一开，末流安底，臣等不敢奉诏”。八年溥等又言：“数月以来，奉中旨处分，未当者封还，执奏至再至三，愿陛下曲赐听从……”。“奏入，帝嘉纳焉”。同上卷一九○《杨廷和传》：世宗以孝宗侄、武宗堂弟身分嗣位，欲崇亲生父（兴献王朱祐杬，已死）为“皇”，群臣反对。帝召阁臣杨廷和等，“授以手敕，令尊父母为帝后”。廷和退而上奏说明理由后曰：“臣不敢阿谀顺旨”。“仍封还手诏”。世宗坚持己见，“当是时，廷和先后封还御批者四，执奏几三十疏。帝常忽忽有所恨”。廷和因乞退休。继任者蒋冕、毛纪继续不肯奉行旨意，毛纪且上言曰：“曩蒙圣谕：国家政事，商确（榷）可否，然后施行。此诚内阁职业也。臣愚不能仰副明命，迩者大礼之议（即崇兴献王事），平台召对，司礼传谕，不知其几，似乎商确矣，而皆断自圣心，不蒙允纳，何可否之有”（同上卷一九○《毛纪传》）。这是指斥世宗口头上表示与内阁商量，实际上拒绝众议，独断专行。
　　就在这僵持过程中，有一进士张璁上疏支持世宗，提出一套应尊崇兴献王为“皇”的理由与历史根据，“帝方扼廷议，得璁疏，大喜曰‘此论出，吾父子获全矣’！亟下廷臣议”（同上卷一九六《张璁传》）。后又有人支持璁议。以此为起点，经过讨论和施高压手段（给抗拒者廷杖等），世宗达到了目的。可是从此事也可看出，当张璁议奏上前，世宗虽是一个刚愎自用的人，却不敢硬性贯彻个人意志，独断专行，原因就是他理由和根据不足，不知道自己的要求是否违反儒家经典、礼制、祖训、故事，而这些正是内阁和大臣借以限制皇帝独断专行的法宝。君主专制制度的历史越长，这类法宝积累的也就越多。在尊崇兴献王这事上，如果没有张璁等议，世宗光凭手中皇权，是很难胜利的。而且即便有了张璁等议，拒绝中旨的斗争此后差不多又延续了两年多。这就足以说明，明代皇权受内阁、廷议的限制何等之大了。
　　也正因如此，在此之后，应信用内阁、而不应滥发中旨的意见，仍接连不断，没有一个皇帝在原则上加以拒绝。同上卷一九六《夏言传》：世宗时上疏言：“今陛下维新庶政，请日视朝，后御文华殿，阅章疏，召阁臣面决；或事关大利害，则下廷臣集议。不宜谋及亵近，径发中旨。圣意所予夺，亦必下内阁议而后行，绝壅蔽矫诈之弊”。“帝嘉纳之”。所谓“圣意所予夺，亦必下内阁议而后行”，等于说皇帝的决定要经过内阁讨论同意，方得实行。同上卷二四○《叶向高传》：熹宗时复入阁，疏言“臣事皇祖（神宗）八年，章奏必发臣拟。即上意所欲行，亦遣中使传谕。事有不可，臣力争，皇祖多曲听，不欲中出一旨。陛下……信任辅臣，然间有宣传滋疑议，宜慎重纶音，凡事令臣等拟上”。“帝优旨报闻”。这条材料和上面夏言疏文精神完全一致，而是用事实证明了这一制度的存在。
　　当然，由于君主拥有至高无上权力，各个君主的性格并不相同，每届内阁成员又各有特点，所以君主与内阁矛盾后，越过内阁，迳发中旨处理政务之事也不少。如同上卷一八一《李东阳传》：武宗时在内阁，“帝欲调宣府军三千入卫，而以京军更番戍边。东阳等力持不可，大臣台谏，