以实现资源配置经济上的最优化。通常在完善市场的条件下，可以通过“价高者得”的竞争性定价机制实现。当存在市场垄断、外部性、信息不对称等情况时，就需要政府等通过规制非市场方式进行干预。从公平的角度来看，收费制度应有利于社会公正与平等。免费或按能力付费的原则通常被认为有利于实现社会公平。同时，按照效率及公平的原则，共享式科技基础条件平台服务应该区分不同服务内容和服务目的，合理收费。
2）科技资源的分类计费原则。
参照《国家科学数据共享工程专题研究报告》中对科学数据的分级坐标体系的构建成思路，对科技资源可以进行如下分类。①从所有者的性质看，科技资源可分为以下三种：国有科技资源：指由国家投资，以财政拨款或国家项目经费形式形成的科技资源，所有权归属国家所有，是国有资产的一种重要形式，合有科技资源：企业事业单位在完成科研任务的经费构成中，以国家财政拨款为主，不足部分中集体积累或向私人筹资等方式解决而形成的科技资源；私有科技资源。②按照科技资源使用者的性质，可分为以下三种：公务使用：即政府机构为开展公务需要使用的科技资源：公益使用：社会公益性事业。如科学研究、教育、福利或慈善组织开展公益性活动需要作用科技资源以及公众在生产生活中需要使用科技资源：经营性使用：企业或赢利事业开展经营商业活动需要使用科技资源。
目前，我国科技资源的绝大部分均为国有科技资源，而私有科技资源在整个科技资源存量中所占额甚小，但随着社会主义市场经济的发展和社会信息化程度的提高，未来私有科技资源的比重将逐渐增大。参照国际惯用策略，特别强调国有科技资源的无偿共享，而对于私有科技资源，各国通常的作法是在鼓励分开、公用的前提下允许商业性有偿服务。一般而言，基于国有科技资源的公务使用，应无限制、免费提供无偿使用（有保密规定的例外），对于公益性使用，包括社会公益事业和公众，应无偿提供或以成本价提供，对于企业赢利性质的使用，应以商业有偿服务方式提供。
对于基于国有科技资源，面向盈利性机构或个人专用服务，应按照公平原则，收取相应的国有科技资源部分成本补偿费。对于基于非国有科技资源，面向政府及非盈利性机构或个人的非专用性服务，政府从公共财政中给予成本补贴，或由用户通过适当付费来分担成本。对于基于非国有科技资源，面向盈利性机构或个人的专用性服务，应按照“成本分担，收益共享”的原则，参照市场机制收取相应的费用。
3．收费标准的确定及政府资助补贴制度建设
鉴于由政府主导的共享科技基础条件平台服务具有准公共产品及自然垄断的我，在通过制度创新和行政干预的方式促进科技基础条件平台建设，增加（确保）服务供给的同时，构建合理的收费制度，确定适当的收费标准，以及制定公共财政对平台建设及运行的资助补贴制度，形成生的经济激励机制，是确保平台有效运行的重要条件。为确保收费标准的合理性，收费标准的确定通常还需要通过由政府有关主管部门官员主持，用户代表，平台资源供应者代表，独立身份的同行专家代表参加的价格听证。
制定平台服务收费标准的方法包括：
1）基于成本补偿的收费标准。在确定基于成本补偿的收费标准时，对服务成本的界定和估算是关健性环节。通常需要区分源于公共科技资源的成本与源于非公共资源（集体或个人）的成本；确定成本的方法可采用实际支出核算法、参与市场成本法、同行专家估算法等。
2）基于市场机制的收费标准，由于科技基础条件平台服务具有准公共物品或自然垄断的性质，在确定其收费标准时，可以参考市场机制（市场信息），实行有规制的市场定价。例如：参考市场信息确定服务的成本及投资收益率，确定有管制的（允许在一定范围内自由浮动的）由供求关系调节的收费标准。
3）基于用户支付能力收费标准，科技基础条件平台服务带有一定的公共服务特性，因此在制定收费标准时必须充分考虑公众支付能力。这包括两层不同的含义：科技基础条件平台收费服务的内容应适应公众的实际需求，不应脱离公众的实际支付能力提供“奢侈品”，科技基础条件平台收费服务不能谋取暴利。通常可采取由政府扭亏为盈公众参与的价格听证来确保服务收费标准的合理性。
作为政府主导的科技基础条件平台建设，除了通过收费制度建立对相关主体的激励机制的同时，还必须从公共服务的角度，构建基于公共财政的科技条件平台建设与运行的属性及其数量与质量，由公共财政提供相应的资助补贴。在实际操作过程中，可以通过在政府财政预算单列平台建设资助项目，以及在已有的科技发展资助计划中，对平台服务相关的项目予以重点支持，总之，国家可以通过制度安排，确立各相关科技资源拥有者的责任、权利和义务，使其自觉自愿地参与到科技基础条件平台建设中来，同时规范行为。