再次，单一治理机制的弊端。长期以来，我国在流域水污染治理方面都是科层治理机制在发挥主导作用，而且由于流域水污染治理的准公共物品属性，这种主导作用是必要的，它凭借命令——控制型的环境管制方式能有效地克服企业和公民个人行为缺乏规范性和自律性的弊端，强制性地约束经济主体行为，实现短期内有效遏制流域点源污染的目的，但这种治理机制也存在诸多弊端，比如这种管制方式“往往针对的是那些具体的、可以用指标量化的环境问题以及点源污染，但对点多面广的农村面源污染治理并不具有明显的效果” 以及它要“建立在统一的排放标准基础上，需要通过政府的全面监管和严厉惩罚来实现环境管理的目标。如果严厉的罚款能发挥效益的话，那么违法的成本大于其收益。由于违法的收益在不同的企业之间是不同的，导致罚款存在着不公平”。 此外，这种治理机制还会导致官员的寻租腐败、较高的政策执行成本、执行随意性等。

　　三、我国流域水污染治理政策选择

　　（一）践行科学发展观，重构科学的政绩考核体系
　　党的十六届三中全会首次明确提出科学发展观的理念。党的十七大进一步将其写进党章，标志着科学发展观正式成为我国执政党的基本纲领，并进一步提出建设节约型社会、环境友好型社会的目标，实现政治、经济、文化和生态环境和谐发展。由于各级党组织在我国的中枢地位，科学发展观必将进一步转变为对各级政府的基本要求，从而将转化为可操作的指标融入各级政府官员的考核和升降标准之中，实现经济发展与环境保护协调发展。
　　（二）打破或超越行政分割体制
　　打破行政分割体制即设立流域管理机构并强化其权威，从而实施流域一体化管理。在西方国家，流域管理机构往往具有管理和开发的双重职能，具有实际的权力，统一领导，自主经营，可以制定规划、颁布管理条例或法令、制定优惠政策等等。而我国七大流域虽有流域管理机构，但其是水利部的派出机构，并且在人事、财政上受制于各级地方政府，缺乏独立性和相应的权威，只具有参谋咨询作用。因此，可以借鉴西方的做法，通过立法确立我国流域管理机构的法律地位、功能、角色、权限等，赋予其实施流域综合管理的职能。这是一种较为激进改革方式，另外还有一种渐进的改革路线——超越行政分割体制，即实现流域各地方政府的合作以及跨部门合作。比如长三角各省、直辖市设立的联席会议制度以及长江三角洲城市经济协调会等，这些制度安排都一定程度上加速了长三角地区合作的步伐。而跨部门合作机制解决的是直接或间接涉及到流域综合管理的公共组织多部门之间的目标一致、合作决策、信息共享、联合行动等问题。它包括中央政府部、委之间的关系，中央部、委与省级政府之间的关系，地方政府各部门之间的关系。
　　（三）完善各种治理机制，丰富治理工具箱
　　在发挥科层治理机制在我国流域水污染治理中的主导作用的同时，引入市场机制和公众参与机制。在流域水污染治理中，不仅要重视行政、法律手段的运用，还要运用价格、税收等经济手段。政府在发挥主导作用的同时，积极实施民营化，实现污水处理设施的民营化或者采取BOT、TOT等公私伙伴治理方式，鼓励民间资本进入环保项目，实行市场化运作和企业化管理。另外，要进一步完善公众参与机制，提高公众的环境意识，健全公众举报制度和听证制度以及公众环境公益诉讼制度。在流域水污染治理的工具箱中，既有环境管制工具，又有各种经济手段以及包括硬法和软法在内的法律手段，最终实现流域水污染的有效治理，达到人与自然的和谐。