（二）由于自治权力影响，农村集体经济组织管理运行机制不健全
　　村民自治组织因基层政权的委托，享有一定行政管理权，但行政权本身具有侵益性，村民自治组织常常僭越其公共事务管理的职权而代行农村集体经济组织的职能，致使绝大部分农村集体经济组织没有独立发挥作用，缺乏良好的运行机制，缺乏正常运行所必需的自主决策、经营管理及监督维护机制，无法正确行使财产管理权和经营权，许多地方农村集体经济组织处于名存实亡的境地。2010年10月新修订的《村民委员会组织法》虽然一方面明确了村委会自我管理、自我教育、自我服务的职能，应当尊重集体经济组织经济活动自主权，但另一方面却规定村委会管理本村属于农民集体所有的土地和其他财产。

　　（三）两者法人地位不明确
　　宪法中多次出现农村集体经济组织这一名称，显然，农村集体经济组织是一类法律主体，但是主体身份如何？究竟是法人还是其他组织？法律并未明确规定，只是在湖北省和浙江省的地方性法规中将农村集体经济组织确定为法人。尽管农村集体经济组织作为一类法律主体的地位是毫无疑问的，但是，由于法律对其设立、变更、终止、机构设置及功能等方面规定的缺失，导致农村集体经济组织的法人地位受到其他市场主体的质疑。其结果是，农村集体经济组织无法与其他经济主体签订合同，只好以村民自治组织的名义参与经济活动，无法办理资产产权证明，限制了对其资产的经营管理能力。近些年，广东、浙江等农村集体经济比较发达的地方，在谋求自身合法地位方面进行了广泛探索，但均未摆脱“政社合一”的经营模式，农村集体经济组织的法人地位模糊混乱，直接影响到村民自治功能的实现。

　　四、明确村民自治组织和农村集体经济组织关系的思考

　　（一）明确各自内涵
　　为解决目前农村集体经济组织定义五花八门的的现象，在立法中，应考虑到农村集体经济组织发展的历史继承性、现在股份合作制改革的实践以及部分地方的立法经验，在此基础上综合概括出来。可以这样定义农村集体经济组织，它是在农村集体所有制基础上建立的，以行政村为单位，以土地为核心的集体生产资料所有权的代表者，是农村集体经济的组织载体，是与村民委员会并列的经济组织实体。村民自治组织不是政权组织，尽管接受委托办理某些事务，但是以乡镇府的名义办理，是一种行政委托关系，不是直接行使行政权。所管理的村事务，法律已明确为公共事务和公益事业。因此我们可以考虑将村民自治组织的定义界定为，是指依法办理与村民利益相关的村内公共事务和公益事业，协助基层政权办理部分委托事务，实现村民的自我管理、自我教育、自我服务和自我发展的组织。
　　（二）明确各自职责和权限
　　村民自治组织和集体经济组织的职能是完全不同的。前者是农村公共事务管理者，而后者则是农村集体经济的经营者，两者的性质、宗旨都是不同的。作为公共事务者，村民自治组织受村民授权，它的宗旨是从事公益事务，不具有营利性，不承担市场风险。而农村集体经济组织，它拥有农村集体资产，其目的是用集体资产实现农民的生产和福利，会开展经营活动并承担一定的市场风险，它与村民自治组织不应当存在管理与服从的隶属关系。农村集体经济组织是经济组织，其法人财产完全按市场法则运作，有其独立的运营模式；村民自治组织是准行政组织，其运行遵循政治规则，农村集体经济组织以利润最大化为目标，村民自治组织以服务村民、贯彻执行党和政府的政策法规为目标，二者是各自独立的组织。因此应修改《村委会组织法》第五条中规定，删除村民自治组织有经济职能的规定。
　　（三）明确各自为独立法人组织
　　村委会是自治组织的的执行机关，是自治组织的法人代表。村民自治组织法人拥有自己的财产和经费以及在自治范围内从事公共管理活动的权利，以自己的财产或经费清偿债务，所需的活动经费来自于拨款和农村集体经济所得的收益。村干部在代表法人从事活动时，其人格被法人吸收，其行为名义上属于自治组织，其效果由自治组织承担。至于是何种法人，基于村民自治组织是村民自治、协助行政的组织，是为了减少行政权力直接介入村内事务，减少对集体经济组织的干预，体现“自我管理、自我教育、自我服务”的价值理念，体现村民自治的价值取向，符合村民自治私法化趋势，因此应当赋予其类似《民法通则》中的社团法人地位。要按照企业法人的发展模式对农村集体经济组织运行机制进行完善，完善其决策机构、经营管理机构以及监督机构，明确加入资格、财产范围、权利义务、资产量化、经营分配、活动安排、运行监管与责任追究等重大问题。