（2）审计机构设置不独立
内部审计最本质的特征是独立性，独立性是内部审计机构设假的前提要求。目前，事业单位内部审计机构的设立不平衡，有的把审计部门与纪检监察部门合并，有的把审计部门设在财会部门;有的甚至不设立专门的审计机构不配备专门的审计人员。这些设置方式都不能让审计机构保持组织上和业务上的独立性。
（3）内部审计人员综合素质偏低
内部审计是一项政策性强、专业能力要求高,涉及面广的工作，内部审计人员不仅要通晓财会知识、审计知识、法律知识、建筑工程知识，还必须掌握电脑操作等知识，并具备较强的综合分析能力及文字表达能力。但当前事业单位相当一部分内部审计人员是由财务部门、管理部门调配或临时抽调而来，一些人员知识结构比较单一，缺乏综合审计能力和技巧，同时又由于缺乏相应的专业培训和后续教育，不能适应日益复杂的审计业务以及最新的法律政策要求，保证不了内部审计的质量。
（4）内审缺乏利学完善的审计准则
由于没有一套完善的审计准则作为企事业单位内审工作的行为指南，从而使单位内部审计工作缺少法律地位及规范行为的依据，带来了执行政策上的随意性，给处理问题增加了难度，往往出现审计难、处理难的现象。
（5）内部审计职能定位不准
内部审计不同于国家审计和社会审计，是对事业单位内部经济活动的监督和服务。因此，内部审计机构必须定位在为单位领导的决策当好参谋助手，促进单位内部管理，提高单位的资金使用效率。只有这样才能体现内部审计的职能作用，才能衡晕事业单位内审工作的成效，才能发挥定位点上的作用。
2．事业内审存在问题的原因
（1）法律赋予事业内审在单位的地位根本没能到位
很难设想内审工作在没有独立机构或没有机构、没有配备或没有配齐内审人员的情况下能够独立行使审计监督权;也很难设想内审工作没有经济活动的参与机会，能准确提出提高经济效益、影响领导决策程度的建设性意见。
（2）事业内审双重地位的消极性
从内审机构在本单位的地位和内审机构与国有审计的关系中不难看出，当前我国的内部审计的地位具有双重性。它既是事业单位独立行使审计监督权的部门，又得在国家审计的指导与监督下开展工作。国家审计的职能与企事业单位自身的经济利益存在许多不相容之处，企事业单位建立的内审机构不完全是企事业单位在充分认识内审工作必要性的基础上的自觉行动，而是不同程度地体现国家和政府意志的被动行为。在这种情况下，当内审工作从维护本单位的权益出发，或是通过效益审计使单位获得了较明显的经济效益，或是依法维护本单位的经济利益，用好用足国家有关政策，抵制、反映侵犯单位利益的乱摊派乱收费等行为的，内审工作就会得到单位领导的肯定。而当内审工作站在国家审计的立场，使单位既得利益受到损害，内审工作就会遭到“白眼”受冷落。事业内审目前主要存在的问题就是事业内审双重地位消极性的具体表现。
（3）国家审计对事业内审指导与监督的力度不大
许多中直事业单位所在地的审计机关，多年来，对所辖单位的审计覆盖面不大。特别是远离特派员办事处的中直事业单位，有些根本见不到审计机关的影子，事业内审基本是在部委审计机构的指导与监督下工作的，而部委审计局由于种种原因又很难扩展审计覆盖面。这种监督指导和管辖权的分离，削弱了审计机关对事业内审监督与指导力度，不利于促进和推动事业内审的生存和发展。
四、加强事业单位内部审计工作的对策
1．争取领导的重视和支持
内部审计是一项政策性很强的工作，有极强的原则性领导的重视和支持是加强改进内部审计工作的保证。笔者了解到，一此单位的领导人不重视内审工作，认为内审人员可有可无，这就要求上级审计部门做好宣传工作，从领导思想上彻底转变旧观念要求单位领导督促、支持内审人员，依法履行各项规章制度，保障内审人员职权不被侵犯，并支持内审人员参加培训，提高内审工作的主动性。
2．独立设置内审人员
审计是一项独立性的经济监督活动，独立性是审计的木质，是审计的灵魂部门、单位的内部审计工作，必须遵循独立性的原则为了确保内部审计的独立性，内部审计机构必须单独设置，并配备专职审计人员，政府部门要重视内审工作，定编定员，完善监督职能。只有这样，才能不受各方面的干扰，坚持客观公正.作出公允、合理的评价和结论。
3．拓宽内部审计业务领域，找准内部审计的定位点
内审机构一定要围绕本系统的中心工作，以改善管理、堵塞漏洞、提高效益为目的开展同作，积极开拓审计新领域。如：内部控制制度评审、预算决策审计、政府采购审计以及经济责任审计、工程价款审计、专项审计调查等。同时也要充分发挥内部审计查错纠弊的传统功能，积极开展审计监督，为领导决策提供服务。
4．建立健全事业单位内审工作标准、行为准则，实现内审工作的规范化
在国家尚未形成完善的审计准则前，单位内审机构应遵循国家有关法律、法规和制度，结合本单位实际情况，制定出适合本单位内审工作的规章制度，建立一套比较严密而又切实可行的工作行为规范和考核标准，使事业单位的内审工作纳入法制轨道。