朱元璋总结前朝经验，总结宋元以来未行实施分封的教训，认为皇室羸弱的原因是关键时刻无人翊卫皇室，因此必须依靠宗亲力量，达到拱卫中央的目的。在《拟封诸子诏》中曾说：“众建藩辅，就可以使天下坚如磐石，大封土疆，就可以增进亲亲之谊，这个古今通谊的方法，我怎敢不用呢？”分封就是为了巩固中央集权。这与戮杀功臣的目的是一致的。在此，也有史学家提出过异议。认为明太祖朱元璋于建国后不久就立刻分封诸王，实则还有另一原因，即是北方蒙古是明朝的主要威胁，明太祖分封的皇子有半数布局于北边军事要地，他们皆管军务，俗称“塞王”。言下之意是朱元璋分封诸王是为了抵御北边蒙古的威胁。依笔者所查找的《明朝初藩王分封图》记载，明太祖朱元璋曾三次分封诸王，其中晋王、燕王，皆受命指挥边防大军，筑城屯田，大将军冯胜及傅友德，都曾受其节制，军中大事，二王得直接奏闻。宁王受封后，也拥有军兵，以防御北边。其余诸王中，秦、代、肃、辽、庆、宁、谷、安等王，大体上都分布在东北、北方和西北的一条边防线上。广东、福建、浙江邻近京师南京，不建藩府。山西、河南、湖广等省则藩府较多。长江以北的藩府数又大大超过长江以南。笔者认为，朱元璋分封诸王确实有一部分理由是出自于抵御北方蒙古的威胁，但是更多的是出于依靠朱氏子孙辅翼皇室，把握军权，以巩固统治的目的。
　　1370年4月始封诸王。明太祖对臣下说：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。朕非私其亲，乃遵古先哲王之制，为久安长治之计”。群臣对答说：陛下封建诸王，以卫宗社，天下万世之公议。（《明太祖实录》卷五一）。
　　基于以上认识，朱元璋的26个儿子中，除太子朱标外，只有一人没有封王。从明代的历史发展来看，这是朱元璋采用的一项重大决策，它标志着朱元璋将北部边防的军事领导权由元代宿将手中向诸侯王，尤其是“塞王”手里转移的开始，它对洪武晚期的历史产生了重大影响，也对明代前期的历史产生了重大影响。事实上来说，开国杀功臣是弱其统治的根本，分封诸王是强其枝叶，正好本末倒置。

　　三、居重驭轻，强干弱枝——兵力配置倾向于皇权直接掌控军队

　　明王朝确认“居重驭轻，立国之至计”（《昭代经济言》卷九王廷相《修举团营事宜疏》），并按照这个原则，布重兵于京师。“居重驭轻”原则，在唐、宋军制中都有突出的体现。唐朝前期实行府兵制，在全国建立634个折冲府，其中设在关中地区就有261个。全国府兵总额约60万，京师地区就有26万之多（《新唐书》卷五〇《兵志》），占全国总兵额的1/3强。这就是所谓“举天下之兵不敌关中，此居重驭轻之法也。”（《明会要》卷五九《兵二》））宋王朝沿袭这个原则，宋初20多万禁军，一半驻京师一半分驻外地。目的是“使京师之兵足以制诸道，则无外乱；合诸道之兵足以当京师，则无内变。”（《曲消旧闻》卷九）。
　　从洪武初年开始，朱元璋在兵力的配置上，就采取重内轻外，居重驭轻的原则，并按着这原则予以驻兵。他在京师驻有重兵，“积重势于皇都，宣弧威于塞徽，大约京师宿兵三十万，散辅三十万，边腹不下百五十万”（《明书》卷七二《戎马志三》）。单从数字上看，京城内外宿兵六十万，约占全国总兵力四分之一以上，其势不为不重，“京营之兵，专为京师而设，祖宗居重驭轻，强干弱枝，意甚深远”（《明经世文编》卷二七六杨博《会议京营戎政核实十事疏》）。
　　再从部署上看，京师军队集中，各地卫所军队分散；从装备上看、京营武器远优于外地卫所军队，尤其是当时最先进的火器，本着“利器不可示人”的精神，集中装备京营，一般卫所都不配置火器，只在边军中酌量配备一些，以壮军威，直到嘉靖以后，边事紧急，才给诸边配置佛朗机炮。以后，尽管全国总兵额时有增减，京营制度也多次发生变化，但保持京营的军事优势始终不变。明中后期，京营军额严重减耗时，朝廷仍想方设法调边军和募兵，以加强京师的兵力，使“辈毅之下，常有数万精兵，得居重驭轻之道”（《昭代经济言》卷一〇张居正《饬武备》）。

　　四、分权制约，勿设监军——用人制度上的相互钳制确定了皇权的话语权

　　朱元璋在用人制度上的分权制约主要通过设置对应的军事机关来实现的。明代实行卫所制。自京都至府县，在军事上重要的地方设卫，次要的地方设所。每卫大抵5600人，置卫指挥使统领；每卫下辖五个千户所，每千户所有兵1120人，指挥官称千户；千户所下辖十个百户所，每百户所有兵112人，指挥官称百户；一百户所下辖二总旗，每总旗下又辖五小旗，一小旗10名士兵。“大小联比以成军”。平时，各卫所官员统率本卫所士卒训练、屯种、守城。府县各卫归各省都指挥使司管辖，各都指挥使司又分别归统于五军都督府。比如，左军都督府下辖在京的留守左卫等若干卫，在外的浙江都司、辽东都司、山东都司；右军都督府下辖在京的虎贵右卫等若干卫，在外的陕西、四川、广西、云南、贵州等都司（《明史》卷九〇《兵二》）。于是，各都督府所辖在京各卫和在外各都司犬牙交错，互相牵制。“将无常帅，兵无常将”，就可以有效防止军队造反的情况出现。将帅的频繁调遣以及独立成体系的将领选拔制度就防止了用人唯亲、军阀割据的情况。我们可以概括出卫所制度的二个基本特点：第一，军户制度使卫所军兵源稳定，成份单一，寓兵于民”，有利于国家对士兵的控制。第二，明初的卫所制在用人上是相互钳制的，朱元璋能够不设监察机制就能掌控国家全部军队，主要是用人机制上的相互钳制起作用。上述特点表明，卫所制度可以确保皇权对军队的绝对领导，“权皆出自朝廷”，故终洪武一朝虽不设监军，朱元璋却能牢牢地掌握和控制军队，令其“俯首而听于治”。
　　在用人机制上，五府掌管军旅事务，却无权决定军官的选授、升迁、降调。“凡武职、世官流官、士官袭替、优养、优给”等，均由各府移文兵部请选，首领官听吏部选授。（《明史》卷七六，《职官志五》）。兵部选授后，再移送都督府，以下之都司、卫所。武职衙门的首领官（负责本署事务的官员）由吏部选授、给由。武臣的诰敕、俸粮、水陆步骑操练、屯科、军情声息、清勾替补、边腹地图、文册、器械、舟车、薪炭、荆苇诸事，各分移所司而综理之。（《明代政治史》，《第四章》）。在将领的任命上，也体现了分权和制约的原则。“凡京营操练，统以文武大臣，皆科道官巡视之”。调出作战，由武臣统军打仗，另派文臣巡抚、总督、科道员监察。各边防险要之处，“俱设镇守太监。总兵官、巡抚都御史各一员，后又添设镇守内官”（陆容《拔园杂记》卷五）。文官、武官、检察官互相监督，互相制约。“至于出兵，亦不只大将一人，必选二三人名位、谋略相等者相参用之。出师之日赐平贼、讨贼、平虏、平胡、征夷、征虏等印，或将军、或副将军、或大将军，随时酌与”，从而在纵向和横向的关系上对将领重重限制。
　　由此可见，洪武朝军事制度的特点是军政合一的领导方式，治军治国都集于皇帝一人之手。皇帝不仅掌管全国的政事，同时也对军队“犹如臂使”。在这其中，朱元璋作为明帝国的开创者，制定的一系列制度，造成了功臣惨遭屠戮、藩王掌权的“家族式”政治。他所确定的军事制度都是为了适应皇权对军队的控制的需要。这一系列的制度所对应的原则是兵将分离、居重外轻，分权制约。其中心就是对军队实行有效的管理与控制，以保证皇权对军队拥有绝对的指导权。但是其造成的后果也是极其深远的。它直接导致了燕王朱棣之变，藩王夺取了皇权，更为深远是造成了后续200多年明朝军队的积贫积弱。