如，有些研究机构对中央的科技全局影响不大，但对地方的科技经济可以有大的贡献，就应该下放地方；有的研究机构科研效率低下，即使进行投资整顿也很难有所作为，就应考虑将其拍卖掉，借助市场的力量盘活；有的研究机构中的研究所对国家非常重要，且效率较高，而有的所相反，一直在扯后腿，就要考虑将不好的所进行剥离。总之，改革的方式应该是创新的，多种多样的，根据实际情况进行。由于涉及各方面的利益关系，这样的改革不会是一帆风顺的，科技部可以成立专门的改革管理机构，在调查研究的基础上指导、促进、协调及监督改革的顺利开展。

　　2.重新整合研究机构，实现国立研究机构的专业化、分散化。

　　在395家自然科学和技术领域的中央和部属国立研究机构中，中科院所属的研究机构有94家，占1／4之多，所以在对这类研究机构的改革中，对中科院系统进行重要的整合是十分必要的。

　　（1）从中科院的职能上看，新中国建立伊始，为了集中全国的科技资源尽快建立新中国的科研体系，成立了中国科学院。当时中科院的任务是：确立科学研究方向；培养与合理地分配科研人才；调整与充实研究机构。从当时的任务来看，中科院建立之初其实是为了执行一种科技管理部门的职能，而中科院也确实起到了应有的过渡作用。当真正的科技管理部门成立之后，中科院已经失去了其存在的意义了。中科院的职能完全可以被现有机构取代：其管理职能完全可以由科技部来承担，在已经有科技部及各级科委的条件下，再设立中科院不但是一种人为的条条块块分割，而且增加了行政环节和行政成本，完全没有必要。中科院的学科领导职能，完全可以由科技协会来承担，院士由科技协会来管理，这样不但有利于全国的不分条块的科学共同体的形成，而且可以平息院士日渐膨胀的权力，减少学术腐败的发生。

　　（2）从学术发展的要求来看，在中国特有的只能上不能下的体制中，完成历史任务的中科院不但未被取消，反而被冠以所谓的“全国最高的学术机构”称号。这个称号完全是没有意义的，学术的发展是无止境的，最高水平总是在被打破之中，既使是诺贝尔奖获得者也不敢说自己是最高水平。人为设置所谓的“最高学术机构”，不利于学术创新和科研机构之间的公平竞争和合作。

　　（3）从发达国家的经验来看，英美德等国家都没有中国科学院这样大而全的科研实体，国立科研机构都是专业化、分散性的，往往集中在某一个或者某些研究领域，一般的研究机构只有三四百人，大一点的也不过上千人，相对较小的规模有利于建立相对简洁的组织结构，从而提高内部管理的效率，便于监督，可以避免规模过大、组织结构复杂的研究机构诸如人员臃肿、权责不分、责任不明和人浮于事的弊端。

　　因此，要打破条块分割和降低科技行政成本，取消中科院是迟早要进行的。取消中科院后，其下属的研究机构要在保持其科技实力不变的情况下进行重新的整合，首先是按照军口和民口分开的原则，再是按照研究领域的不同分归相关部委或者下放地方或者划归有关高校进行管理，彻底打破中科院一直以来作为单独的一部分特殊科研系统造成的分割；解散中科院的研究生院，按照专业特点划归不同的高校。

　　对于人文社会科学领域的所谓的“最高学术机构”的中国社会科学院的改革完全可以参照对中科院的改革举措进行。

　　3.解散国务院发展研究中心，下属研究所与其他研究机构合并。

　　国务院发展研究中心是直属国务院的事业单位。主要职责是研究国民经济、社会发展和改革开放中的全局性、综合性、战略性、长期性问题，提供政策建议和咨询意见。因此国务院发展研究中心的功能定位是为政府提供咨询和政策建议，具有顾问性质。

　　国务院发展研究中心定位于为政府提供综合性的咨询，但是综合的后果就是机构规模过于庞大，存在与中国科学院、社科院基本相同的问题。并且中心很多研究与其他国立研究机构重复设置。我们的改革建议是解散国务院发展研究中心，其研究部和下属研究所可以按照研究领域分到各个部委，与部委研究机构合并；挂靠单位，例如出版社、基金会等实现社会化；核心研究部门可以与国务院研究室合并；或者参与组建国务院科技顾问委员会或者经济顾问委员会，真正发挥国务院发展研究中心的政府咨询和政策建议职能。

　　4.剩余的国立研究机构，涉及到极少数基础研究和国家安全研究的，由国家来养，要养好；其他的要引入竞争机制。

　　对于国立研究机构把应用开发类机构剔除之后，剩余的基础研究类和公益研究类研究机构，还要继续进行体制改革，减少国家拨款和直接经营机构的比重，保证国家该养的要养好，不该养的要坚决引入竞争。

　　如果对基础研究和公益研究类机构进行细分，我们可以看到大部分的基础研究、高技术研究、甚至某些军事技术的研究，不涉及国家安全，有一定的成果转化能力的，都可以引入竞争机制，可以采用项目竞争申请和合同管理的方式；而需要国家养的只有从事国防性的（如核武器）、需要巨额投资、风险大到民营部门不敢介入、以及纯粹公益性（如马克思主义研究）、民营部门不愿意介入的研究。

　　因此对国立研究机构，改制与保留必须并存。因为上述这些研究机构必须采用国家直属、财政拨款才能保证其正常运行。但是这类机构当然应该是越少越好，这样才能保证科技投入不过度分散，机构自身不必为到处争取经费和课题而伤脑筋了，政府也可以有足够的能力管理好这些研究机构。其他种类的研究机构则必须要引进竞争机制。转制是必然的，只不过转为何种体制尚有待研究，可以采用美国的国有民营体制，可以采用混合经济制，有些公益性研究所也可以推向行业协会管理等。

　　至于转制的比例，我们不能简单下结论，但是根据国外的经验，国立研究机构的数量在整个科研体系中的比例都是非常低的，如果根据研究机构从业人员数目衡量，我们所研究的英国、美国、法国、日本和俄罗斯国立研究机构从业人员比重是我国这一比重的一半。事实表明，这么少的研究人员完全可以担当起国立研究机构的研究任务，那么中国的国立研究机构中，直接吃国家拨款经费的人员完全可以大量减少，至少减少一半。

　　除了减少从业人员数量之外，国立研究机构的规模也不宜过大，可以借鉴英国的经验，每一个研究机构从事特定领域的研究，人数在三四百人左右，并且尽量减少固定编制的研究人员，增加兼职和流动性的研究人员，相对较小的规模可以发挥船小好掉头的优势，便于管理，提高研究效率；而流动性的人员设置可以不断为研究机构增加新鲜血液，并且人员的流动可以避免固定编制下可能出现的诸如职位升迁、人际关系、福利待遇等人事纠纷；研究人员在国立研究机构、大学和其他类型研究机构之间的流动也有利于研究人员互通有无，吸取各种养分，提高研究人员自身的素质。当然对于一些涉及国家安全的研究项目，在人员的选择和分配上要适当慎重。

　　5.取消科研院所的研究生招录培养权和学位授予权，使其更多致力于对青年学者而不是学生的培养。

　　我们国家科研院所的一个突出特色是几乎所有的科研院所都有研究生的培养计划，甚至有些军事研究机构都招收研究生。而据我们的研究，发达国家的科研机构都没有什么招收研究生的，因为这些国家科研机构与大学教育的分工非常明确，大学集中于高等教育，而研究院所致力于学术和应用性研究，招收并且培养研究生是大学的职责，而研究院所则是受过高等教育的人学以致用的场所。

　　而在我国，科研院所越来越多地向大学的职责范围延伸，当社会上对硕导、博导的炒作越来越火热的时候，科研院所的学位授予点也越来越多