（二）农民失地问题
    在计划经济时期，对失地农民采取了“谁征地、谁安置”的原则，要求由企业自行安置征地农业人员，但已安置的征地劳动力相当一部分实际处于失业状态。90年代以后，各地普遍采取征地时一次性地支付补偿金，让被征地农民自谋职业。自谋出路的失地农民，就业方面明显处于劣势地位，很容易陷入失地又失业的困境，目前相当一部分处于失业和半失业状态，失去土地后生活水平下降的现象相当普遍。实行货币补偿后，失地农民自行解决养老、医疗、失业等社会保险待遇，但从总体上看，失地农民社会保障覆盖面窄，保障水平低。失地农民既有别于农民，又不同于城市居民，成为一个边缘群体。他们既不享有土地的保障，也不享有同城市居民一样的社会保障，处于社会保障的真空地带。部分失地农民“种田无地、就业无岗、社保无份”，生活在城市的边缘，在就业、子女就学、社会保障等方面又享受不到有关政策，导致失地农民大量转化为城市贫民，已影响到城乡社会稳定。
（三）拆迁房屋权属确定难题
    农村集体土地产权不清，是农村房屋拆迁农民权益得不到有效保护的深层次原因。由于我国规划、土地管理起步较晚，在地籍初始登记时，缺乏统一严密的政策、步骤和方法，政策宣传不到位，农民法律意识淡薄，致使登记工作不规范，造成地籍资料不完整、地籍要素记载不详、土地错登记、漏登记等问题大量存在。又因时间跨度长，许多房屋的土地证记载与实际情况不符，导致在拆迁过程中对房屋产权难以确认。有些年代久远的无证老房，也因为使用人不能提供合法的权属凭证而无法确权。另外如知青房等有历史遗留问题的房屋，有的产权属于集体，有的产权属于个人，没有及时加以区分。而包括村民之间的房屋转让、外来户购房等问题也会因为没有及时变更产权登记在拆迁时引起纠纷。
（四）行政补偿的缺失
现行的征地补偿额度是与市场无关的政策性价格，过于偏离土地的市场价值和农民的经济预期。而且补偿费用分配也存在问题，现在我国的征地补偿中土地补偿占大头，由集体统一支配;其它补偿及劳动力安置费用占小头，归农民个人。但由于集体土地所有权的主体范围和客体范围都不明确、缺乏可操作性，对土地补偿费的使用也缺乏规范，结果乡(镇)、村、组层层截流，不当的使用又往往给农民造成更大的损失。
    对房屋拆迁补偿标准的确定，许多地方通行的做法是政府直接规定补偿方式和标准，单方定价，造成拆迁补偿价格与市场价格相去甚远，有的地方政府甚至根据其财力的承受能力制定房屋补偿安置标准，为了降低补偿安置标准，直接干预拆迁评估价格，暗箱操作。有的地方政府出台的房屋拆迁补偿标准多年不变，与近几年大幅度上涨的房价存在较大的差距。目前征地拆迁的行政补偿表现为:①补偿的标准偏低，大多是按照原房屋的建造价(建安重置价格)给予补偿:②补偿的范围偏小，基本上只限于财产权补偿，而财产权补偿也只限于直接损失的补偿。事实上，被拆迁人在拆迁过程中失去的不仅是房屋，他们的生活、工作都受到了影响，这些都未得到相应的补偿。
（五）补偿安置的标准不够完善
由于拆迁时间、区域的不同，特别是随着城市建设，开发区和工业园区的开发建设和社会各项事业的发展需要，地方政府对农民建房先后分批进行了控制，造成了农民建房的占地面积、建筑面积相差悬殊。同时农房拆迁一直沿用安置人口这个标准。造成乡与乡、村与村、户与户的农民得到补偿价格、安置房面积相差悬殊，贫富差别越来越大。突击装修、制造有利事实，拖延时间等情况比较突出。目前拆迁中普遍存在农民一旦得知拆迁消息， 第一件事就是突击装修，装修不仅在室内，墙面、墙壁，还在院内，外墙、房顶上动脑筋向空中发展，使拆迁补偿单价的提高包含了不太合理的部分。还有部分拆迁户采取改变原房屋用途，临时租开小作坊、小工厂、回迁户口等手段要求多补偿安置。也有人与拆迁人打持久战拖延时间，讨价还价迫使拆迁人做出让步。
（六）政府行为和职能的偏差
征地拆迁与城市房屋拆迁有很多不一致，不能按照城市房屋拆迁的规定来实施，更不能由土地行政主管部门以外的其他部门按照城市房屋拆迁的有关规定来实施征地拆迁。征地拆迁存在的问题与政府工作的职能和方式有着密切关联。征地拆迁中的权力约束机制和利益平衡机制的缺乏使政府行为失范和政府自利性膨胀。由于拆迁情况纷繁复杂，政府及其受托人在集体土地房屋拆迁过程存在着许多非规范的行为。1）超前颁发拆迁许可证。个别项目拆迁在没有拿到《项目建设用地批文》之前，为了赶工程进度，提前发放《集体所有土地房屋拆迁许可证》，拆迁程序不到位，造成老百姓对政府的不信任。2）私下给房屋评估机构定盘子。在实际操作中，拆迁人事先给评估机构(人) 框定一个补偿总盘子，使拆迁评估成为既定方案下的分项数字游戏。这样的评估只是给政府的拆迁行为披上了一件公正的外衣。3）擅用自由裁量权，引发农户间补偿不公平。拆迁人必须要与每一位农民签订拆迁协议后，才能实施拆迁。因此，拆迁人为了防止农民夜长梦多(不断增加补偿项目，如装修)、为了确保建设项目的工期、为了获得拆迁进度奖励，非常希望尽快与每位农民签订协议。面对每个农民提出的不同要求，只要不超出其底线，拆迁人总是尽量满足，但要求农民个体一定“保密”。这样就造成即使相似结构、相似朝向、相似用途、相似成新度的建筑物或其它装演物品的补偿价格差异悬殊，这种悬殊更多地出现在相邻村社。实践中，不同区域相邻村社同一相似房屋补偿金额可能相差10万元以上。4）强行拆迁时有发生。不管农民对拆迁补偿是否满意、分配是否合理、过渡房是否找好、迁建问题是否规划好、搬迁是否准备好，有些地方对不愿拆迁的农民采取强制拆迁。