当献帝想为两个早死的儿子“修四时之祭”，“以访于融”。孔融“稽度前典，以正礼制”，认为“不合礼仪，又违先帝已然之法”。至于黄巾起义，孔融更是认为“犯上作乱”，他到北海郡，即“收合士民，起兵讲武”。他虽然“志在靖难，而才疏意广，迄无成功。”这些皆说明孔融是儒家礼仪坚决守卫者。孔融后来竟以“败伦乱理”被曹操杀害，令人深思。
孔融的儒家思想，也还表现在他执着于“道”的人生价值观。执着于道是儒家的传统，孔子说：“志于道，据于德，依于仁，游于艺。”（《论语•述而》）孔子和孟子都执着于道，坚定不移，甚至不惜以生命卫道。孔子曰：“三军可夺帅也，匹夫不可夺志也。”（《论语•子罕》）“志士仁人，无求生已害仁，有杀身已成仁。”（《论语•卫灵公》）孟子说：“生亦我所欲也，义亦我所欲也；二者不可得兼，舍生而取义者也。”（《孟子•告子上》）“居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道；得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。”（《孟子•滕文公下》）身在江湖，心存魏阙，道之所存，身之所往，甚至总有一点“知其不可为而为之”的悲剧心理，这是从孔子开始起中国儒家知识分子所具有的文化特征。
孔融作为孔子的二十世孙，儒学家教培养了固守正统意识的政治根性。无论天下局势如何风云变换，军阀势力如何此消彼长，士人儒子如何趋炎附势，孔融始终亲附汉室，不移根本，这就是他所执着的“道”。所以他忤逆董卓，结怨袁绍，反对曹操，终于导致身死族灭，以身殉道。对此历代都有学者进行评论。苏轼在《仇池笔记》里说“北海以忠义气节冠天下，其势足与曹操相轩轾，决非两立者，北海以一死捍汉。”明代张溥说：“然令文举不死，亲见汉帝禅受，当涂盗鼎，亦必举族沉焚。” 皆是对孔融执着于道的精神的崇高评价。
（二）非儒思想
所谓“非儒”思想，是相对儒家思想而言。汉末儒学衰微，许多儒家越来越背离儒家教义，走上了融合儒道、甚至弃儒入道的道路。孔融后来思想发生了某些变化，我们称他那些典型对抗儒家思想的难以名状的情绪反应为非儒思想。
孔融的非儒思想首先表现在对儒家圣人的不屑和不敬，尧舜禹汤文武周公是被儒家奉若神明的万世楷模，但孔融却颇不以为然。《圣人优劣论》中，荀愔对圣人称赞备极，并引用孔子称“大哉，尧之为君也，唯天为大，唯尧则之。”（《论语•泰伯》）认为是“覆盖众圣最优之明文。”孔融却说：“尧作天子九十余年，政化洽于民心，雅颂流于众听，是以声德发闻，遂为称首。”认为尧没什么大不同，不过是天子做久了，人们才适应和认可他。并针锋相对地用《论语》口气评价尧：“大哉，尧之为君也，尧之为圣也明，其圣与诸圣同，但以人见称为君尔。”不屑之情溢于言表。又说：“犬之有韩庐，马之有骐骥，人之圣也，名号等设”。以骏马，骏犬来比圣人，以为“名号等设”，则是对圣人的大不敬了。孔融更在《嘲曹公为子纳甄氏书》中称：“武王伐纣，以妲己赐周公”。把圣明的武王、完美的周公与妖女妲己联系在一起，不但是圣人，整个儒学都让他给嘲戏了。
孔融的非儒思想的最主要表现，还在于他的大逆不道的言论。在曹操列举的罪名里，孔融主要以“不忠不孝”的罪名见杀。忠孝是儒学思想的核心，“不忠不孝”当然是典型的“非儒”思想了。关于孔融不忠的罪名，一般认为属于诬陷，这里不作讨论。关于他的不孝罪名为：“又前与白衣祢衡，跌荡放言，云：‘父之于子，当有何亲，论其本意，实为情欲发耳；子之于母，亦复奚为？譬如寄物瓶中，出则离矣。’”
观察孔融本人，“年十三丧父，衰悴过毁，扶而后起，州里归其孝。”则是一个地道的孝子。东汉末年士风以名行相高，故独行之士辈出，奇行怪语流传。面对曹操专擅，孔融无极可施，我们固可以把它看作是孔融在说“怪话”，但我们进一步考察，孔融这种“怪话”不是凭空产生，自有其历史根源。可以说，孔融不仅是说“怪话”，而且随着时代的变化，孔融的思想也悄然发生了变化。
东汉末年的黄巾大起义，打破了两汉四百年的大一统政权，也动摇了儒家文化的传统地位。社会的动荡不安，生命的苦难不宁，激荡着人们的头脑，冲击了人们的心灵。“户异论，人殊论，论无常检，事无定价。”（《典论•意林》）相当一部分士人思想发生变化，儒学的价值理想不再是社会的意识形态和儒者不变的追求。
曹操《举贤勿拘品行令》：“或不仁不孝，而有治国用兵之术，其各举所知，勿有所遗。”一纸命令，打破了两汉以来虚伪的选举制度，更冲击了儒学以仁孝为核心的价值理念，其意义非同小可。类似的思想在曹操的《求贤令》和《敕有司取士勿废偏短令》中也有表达。以曹操的地位和权威，它们对社会产生的冲击和影响是不言而喻的。
《古诗十九首•今日良宴会》：“人生寄一世，奄忽若飙尘。何不策高足，先据要路津，无为守贫贱，轗轲常苦辛。”诗中反映了士人的真实心态，具有非常典型的意义。理想与现实深刻对撞，思想的天平严重倾斜。执着于道是儒家的传统，忧道不忧贫是儒家的信念。然而此时，“道”被抛弃，信念被颠覆，个体生命的舒适与快慰成了士人现实的追求。它代表了汉末士人思想体系的坍塌和价值观念的转向。
王充的《论衡》此时已广泛流传。《后汉书•王充王符仲长统列传》注引《袁山松书》：“（朗）及还许下，时人称其才进。或曰：‘不见异人，当得异书。’问之，果以《论衡》之益，由是遂见传焉。”孔融直接接受其影响，反应最为明显。面对曹操专擅，他无计可施；面对儒学衰落，他无力挽回。就这样，孔融不仅是说怪话，而且他的思想也随着时代的变化而变化了。
（四） 思想价值
这里指的是孔融的非儒思想，关于孔融的非儒思想，历来评价比较多，而较多评论往往将这种思想夸张和复杂化了。如日本学者冈村繁说：“孔融这种揭去温情脉脉面纱的亲子无亲论，实际上却是出自于他正视当时现实矛盾，经反复思考而得出的结论。这种结论包括着孔融人皆平等的信念，反映出他对满目创痍之现实的深切关注。孔融如此冷峻正视当时亲子关系的现状，并无情凿开这种关系的基础。这不正是他对作为与儒教生命攸关的‘孝’观念，在实践和理论上的合理性所做的新的思考和解释吗？
我们认为，孔融的非儒思想具有可贵的价值，尤其是作为孔子的后代，他的“非儒”更具有他人无法替代的意义。但我们同时认为，孔融不是思想家，他没有创造一种新的理论来挽救汉末儒学衰微的主观愿望，儒家思想其实很根深蒂固地占据他的头脑。他的非儒思想相当程度是对曹操专擅的无计可施的傲诞反应。正如鲁迅所论：“不平之计，无计可施，继而变成不谈礼教，不信礼教，甚至于反对礼教。” 他的非儒思想是零碎和不成熟的，而其价值是在主体无意识中被创造出来。
孔融的一些言论在当时是极大胆的。例如有个叫管秋阳的人，与其弟弟及弟之同伴避难道中，逢大雪粮绝，管秋阳与其弟杀同伴而食之，从而得以生存。有人就此事问孔融，融答：“管秋阳爱先人遗体，食伴无嫌也。”荀侍中反驳说：“管秋阳贪生杀生，岂不罪邪？”融又答曰：“此伴非令友也，若管仲啖鲍叔，贡禹食王阳，此则不可。向所杀者，犹鸟兽而能言也，今有犬啮一狸，狐啮一鹦鹉，何足怪也！”（《全晋文》卷49）人命若草芥，汉末天下人食人的现象也许真的不足为怪了，曹操士兵口袋里的人肉干粮就是明证。这可能是孔融此番言论的背景，但他大胆与叛逆， 还是令人瞠目的。尤其是孔融他以平淡的口吻谈论一个血腥的故事，令人惊讶更令人警醒。后来的魏晋风度中，我们能看到它的影子。
